Fix CopyAdvisorUtil.copy2 to copy IsRelatedTo-statements left out before

This implementation works so that it copies any IsRelatedTo statements
where both the subject and object have been copied during the normal
(old) copy process. The statements are marked as pending during the copy
and post-processed after everything else has been copied.

gitlab #607

Change-Id: I9170a448c127e0c7de6eae4260db5799ad7644bb

Added org.apache.commons.csv to target definition

gitlab #602

Change-Id: Ib4de0682ad5996d5ebe2dde0998951ff25644cab

Update license.html to better match current 3rd party components

gitlab #598

Introduce DebuggerCanvasProxy to avoid compile time AWT toolkit init

gitlab #593

Change-Id: Ie625f8bc7becbce47f7d035ba6f73eec0ba5566c
(cherry picked from commit c8112ea7b21b56ef632d80765a7f4d113a7d3468)

Merge "Add utility class org.simantics.modeling.help.HelpContexts"

Add utility class org.simantics.modeling.help.HelpContexts

The new class gathers headless code related to reading help context ids
from the database that was previously crammed into a very illogical
package org.simantics.modeling.ui.modelBrowser.handlers.

gitlab #588

Change-Id: I4cbc00919d2dfef50a779ccee7f31eeb6d61eee5

Fixed route graph splitting and diagram mapping race condition problem

RouteGraphConnectionSplitter.doSplit now always splits the connection so
that part #1 is always the part that stays with the existing diagram
connection and part #2 contains the entities that are moved to the newly
created route graph connection resource. Part #1 is the part where the
"output terminal" attached to the connection lies. This simplifies and
clarifies the implementation of doSplit and does not require moving
diagram mapping statements around.

Also, more importantly RouteGraphConnectionSplitter and FlagUtil changes
ensure that diagram mapping is *not* executed in FlagUtil.join, which
was the main cause of the previous corruption. Diagram mapping is only
activated once for the affected diagram(s) after everything else is
done.

gitlab #549
gitlab #586

Change-Id: Icf7479e8e111bf663f637d6909419267cfa4eec4
(cherry picked from commit cc78488e2230fea07726acb86db3c7dd245b39ce)

Fix NPE from flagTransform

The bug affected loading of route graph connections about to be split in
half when attached to diagram flags at either or both ends.

The NPE caused the flag terminal position to receive identity transform
as value which is plain wrong. This in turn resulted in the splitting
position being completely wrong compared to what the user requested and
the result looking very strange.

This fixes the immediate problem but still doesn't work properly if the
flag is actually attached to a diagram template flag table. In this case
the terminal's position will be incorrectly calculated since
runtimeDiagram is null. This needs another issue.

gitlab #586

Change-Id: If09524c71c701f2c1190d0f915aafbb972c51da4
(cherry picked from commit 2526602db10c29f0c30c4a3cffaf33012d9c4a0e)

Listen to changes in page settings in DiagramSceneGraphProvider

This is needed for use cases where diagrams are transformed to SVG and
viewed through browsers.

These changes also fix PDF printing to force page border rendering off
when not fitting PDF pages to diagram content, but to diagram page size.
This avoids printing ugly black half-visible borders around diagrams
where page borders are enabled.

gitlab #563

Change-Id: I7f666dec34c650489264f3d23cbd72d5102b2f14

Removed unnecessary dependencies on org.apache.log4j

gitlab #579

Change-Id: If0496edc82f46b3d49c30240bf0ba978324714de

Get new subscription item unit value from previously stored defaults

See ChartAndSubscriptionItemDialog:345 for why this change works.

gitlab #578

Change-Id: I737627e37551222c255b18af0e228e4134352ce2

Inherit HandleEventRequest from UnaryRequest to support request caching

gitlab #577

Change-Id: I352fff5f444c74006deb774eee8ddd762d90385c

DB query swapping to file system

gitlab #572

Change-Id: I3609ab9207fd01710aeb7c00debae259d1dc08c3
(cherry picked from commit 51cf547b475df8309ca0207c35f97fda0d26abd0)

Merge "ShapeNode with separate stroke and fill paints"

Add missing ValueType for G2D.Color

gitlab #575

Change-Id: I32c0311d375365f7c42c20197c7f2f919329168e
(cherry picked from commit aae726bded7290935c256796fc87921f63787083)

ShapeNode with separate stroke and fill paints

gitlab #574

Change-Id: I49c640f925a2933b9c5f36255fad38ac54e1ad67
(cherry picked from commit f1e832f8b1172fd6370ae37f34461823f03adaa8)

Method for manually recompling a SCL Module

gitlab #571

Change-Id: I4f09857cfbce03a869551e9e52430bb61792a7ad
(cherry picked from commit 64a47f48bceb4683c6e0d96924e1404ae5ddff9b)

Simple implementation for Issues property tab

gitlab #567

Change-Id: If675e438e23229347c9fe5e47748ffcb7bb8fc05
(cherry picked from commit f64c5fbbb51c58e122a67299c67494af573c1104)

Include component type SCL scripts in textual ontology dump

Also procedural component type substructure code is now dumped into the
same __contents__ file.

refs #561

Allow Issues and Profiles to be used on non standard diagram viewers

As in diagram viewers that are not based on Diagramming/Modelling
ontologies.

gitlab #564

Change-Id: Ia6f4c94f76b085e0741e62a1312b2e1fd457fe86
(cherry picked from commit e08dd487037529baf1d6f873c09564133d53f51c)

Improve IDE setup instructions based on problems encountered

The Java compiler compliance setting is completely separate
from the Installed JRE's setting and must be set as well to
have the platform working.

Change-Id: I1af2185293cc86c8a8960e56c1d7189ecc0fec2f

Fix non-compiling ReadGraphImpl.hasStatement implementation

The commit picked from release/1.35.3-sulca wasn't directly intended for
master branch.

Amendment to 638ce7e010a6292fedc677de18173676db305881

Added transient caching for BrowseContext construction

This helps avoid some cost of repetitive recomputation of BrowseContext
ChildContribution and VisualsContribution structures.

gitlab #557

Change-Id: I1281c89a7f1b9563e3bf36cc4b51650a7ee9af84
(cherry picked from commit 7ff29c2c126d7f7cd4ca45f216acca7290d9409a)

Merge "NatTable based Graph Explorer styling fixes"

Merge "Optimize ReadGraph.hasStatements(s,p) to not use getObjects(s,p)" into master

Change-Id: I9ae1118fc2473af570d6ec4bd37610a321d28496

Optimize ReadGraph.hasStatements(s,p) to not use getObjects(s,p)

Depending on the predicate asked for, hasStatements(s,p) can be
optimized to not realize the entire [object] result list created by
getObjects(s,p).

gitlab #558

Change-Id: I7be1d2000396ce6c1e4595cabaafef5db4224de9
(cherry picked from commit ac990d10ff2d1d1042a68f0594489aed23a27453)

Start of AdapterRegistry2 internal query caching.

Doesn't do anything yet, more for safekeeping.

gitlab #555

Change-Id: I9d72ee72ac6ecf32353f367b235461e79fa70d14
(cherry picked from commit 67c59e5e66ba411e770545a6137b13fe3de60aab)

Merge "Fixed bug in cluster collection logic that caused it to not operate"

Synchronization can now read children for multi-instantiated composites

org.simantics.structural2.Functions.structuralChildDomainChildren
getVariables implementation still relied on getPossibleType(ReadGraph),
which returns null for multi-instances. The previous similar flaw was
fixed in #259.

gitlab #562

Change-Id: I55421a32310c7a55c089637faeb3186dd43a0e4b

Fixed bug in cluster collection logic that caused it to not operate

In case the first encountered resident cluster happened to be large
enough to cover the requested cluster collection size, the code would
collect no clusters at all.

Also contains improvements to dynamic cluster collection.

gitlab #556

Change-Id: I75773c688a4fec75d303493ca861c9a73071deac

Option to copy diagram selection to clipboard as SVG graphics

The feature can be enabled on UI e.g. by adding a menu contribution to
context menu with commandId "copyAsSVG".

gitlab #554

Change-Id: Ide7022b684232639bea1a32553b01933fe6f4002

Propagate ignoreNulls parameter recursively in bounds calculation

Change-Id: Iea4cc6b2da17967944d0f67fc8da362c579d70a6

ignoreSTSTestAction has wrong signature

gitlab #552

Change-Id: I0463972dc0089f833e615f12991c4c28c6dee463

Fix stupid NPE from DiagramViewerLoadJob

gitlab #550

Change-Id: I62acd0448f5ae8519d24f060ce0475e295b8a64a
(cherry picked from commit 291073d664e133feb7befd845f08f35502d92292)

Fixed HistoryUtil.importHistoryArchive to open file in read-only mode

gitlab #551

Change-Id: Ifc915ecc9d78db492a8cd14b37f31e6c08c9a9ba
(cherry picked from commit 06d9d4c83f447b3b7c4712a4a441871ced1af3ac)

Avoid useless reallocation of empty TreeMaps and map iterators

The problem was that when the database is doing work, MainProgram.run
runs in pretty much busy loop mode and previously it was always
allocating a new TreeMap on each round and also calling Map.entrySet()
to get construct iterators for empty TreeMaps which eventually
accumulates up to somewhat signinificant amount of memory allocated.

Possibly an even more efficient way would be to have the Map be a closed
hashing hashmap instead and then sorting the data for iteration
separately.

gitlab #548

Change-Id: Ib2208dc35b270c9d682362d45f24f1fe01bb8969

NatTable based Graph Explorer styling fixes

* Do not use trim for cell content.
* Use custom font for selected and hover cells.

gitlab #547

Change-Id: I6d358f829e75a9bb0fd43efdbab9f1961e079f99
(cherry picked from commit d162802f90f0d913d53c0244505a023b6c0f08cd)

Changed SCLTypeUtils to not log warnings for non-property relations

For example procedural UCs and their substructure requests would report
tons of these all the time, which is worthless.

Also added an SCL type for MOD.ChangeInformation to avoid having to see
warnings about the SCL type of MOD.ChangeInformation not being
available:

```
WARN  [...] org.simantics.modeling.SCLTypeUtils: SCLTypeUtils.getType
cannot transform data type '{
    createdBy : String,
    createdAt : Long,
    modifiedBy : String,
    modifiedAt : Long
}' to type. Returns a as default.
```

gitlab #546

Change-Id: I30210fb3055a4d844fe6e9b07c64490a45c14ecd

Contextual adapters must throw instead of returning null

gitlab #540

Change-Id: I98cb667afcc6e54d41afc6c0a25051c5ee7b49b3

Added identity-providing constructor for IconButtonStyleBase

This is needed to support proper implementation of styles inheriting
IconButtonStyleBase. Otherwise query identities of the mentioned class
fall back to getClass which does not work in general.

gitlab #544

Change-Id: I7bfea53b1ce23e644da03ada3cb027fd34a4780a

Set initial priority for GroupStyleProfileEntry

This ensures correct ordering of profile monitor text stacks

gitlab #543

Change-Id: Iaabc59674f6fb51bd1cb0fd77e224b8da6f9454d
(cherry picked from commit 24bc1bb36da76bf82768b33c2aa07fe2a0324461)

Added system property for controlling writing of MOD.changed tags

You can set -Dorg.simantics.modeling.writeChangedTags=false to disable
writing of MOD.changed tags. The property can be set dynamically at
runtime also.

gitlab #428

Change-Id: I4867c1742b62d2a4a449d5f98a115e4ce36e0257

Workaround for query cache returning Exceptions instead of throwing them

gitlab #540

Change-Id: Ia43c3827b4ed16f02f038f4782894852b5c266d9
(cherry picked from commit 549142b0107e4a73d557fc4fc777e6ab77469625)

Merge "Counting of pending nodes does not work if null text is saved as """

Use element transform when doing pick check

gitlab #537

Change-Id: I5fc0d21ce99daca3aa0db210f86382db74fba155
(cherry picked from commit 995f91f4eb4feac37fbee766fb2b16f8d919c5e3)

Counting of pending nodes does not work if null text is saved as ""

gitlab #535

Change-Id: Ia4e8a0389659ce115d9cfb8febc23be0061fe3be

Fix change comparison expressions in mapping rules

gitlab #534

Change-Id: Ib82f78be739e172b77c0499f034b8180ecc9e779
(cherry picked from commit ef0aeadaa15a3655c7f2a3b4377ad62b26e186e3)

Handle all AttributeRelation properties

gitlab #128

Change-Id: I62926e825fdef2e6ccced6805cac1e13012c0d3b

Fix GetComponentLocation to work with procedural UC instances

Previously it would return ComponentLocation.isInsideStructure = false
for Variables representing the insides of a procedural UC instance.

gitlab #532

Change-Id: I26ae30c8e4217e7c4cde03b884604ee59aa7e85b

Replace scheduleAtFixedRate with scheduleWithFixedDelay

ScheduledExecutorService.scheduleAtFixedRate tends to run enormous
amounts of runnables that would have been scheduled during a machine is
in sleep, after the machines wakes up from sleep, retroactively.

This is not good and can be avoided by using scheduleWithFixedDelay
which is usually good enough regarding the delay between executions.

gitlab #531

Change-Id: I4ac3b11f1f9236d411debb352fce610c33410659

Include org.simantics.graphfile.ui{,.ontology} in org.simantics.platform.ui feature

gitlab #516

Change-Id: I8860d684ee67c86159cb7e5fa33c6a061e0efc7a

Fixed CSVFormatter mind floating point inaccuracy when resampling

These changes prevent the resampling export mode from dropping samples
that have timestamps closer than 1e-13 sec to the last exported sample
time stamp.

gitlab #529

Document recommended Eclipse IDE setup in root README.md

gitlab #524

Change-Id: I27a3596169117f5a32c522089de5bc394b0ea557

Fixed subscription item data file searching to use groupItemId as well

This fixes problems where subscription item data CSV export used the
wrong data files to read the data related to the subscription item
because it wasn't matching the data file based on both groupItemId
(subscription item GUID name) and variable ID, which can be overlapping
if a new subscription item is created for a variable that has had a
previous subscription.

gitlab #528

Change-Id: If1ddef78e4b152cf6721f82afc21b37ec5fbb074

Merge "Use RuntimeEnvironmentRequest2 where applicable"

Removed settings.xml as unnecessary.

Change-Id: I7192aa6186a0f6cc5e304a25d9450db6e99bd65f

Use RuntimeEnvironmentRequest2 where applicable

This allows e.g. procedural user component substructure expressions to
use SCL functionality included by the user component's local SCL modules
instead of only having to rely on functionality included by the SCLMain
at the containing index root.

gitlab #527

Change-Id: I7bcb22910737851771f2be54aafecd7480d1c81b

UC SCL script/procedural code editors respect L0.readOnly

Marking the input resource with L0.readOnly now makes the editors
consider the input immutable in the document provider.

gitlab #526

StructuralUtils.isImmutable now takes L0.readOnly of input into account

Introduced new utility method Layer0Utils.isMarkedReadOnly for easy
checking L0.readOnly value of a Resource.

gitlab #525

Move platform to only work with JDK's >= 11

* Several javax-prefixed packages are being removed from JDK (such as
javax.xml.bind) and one has to provide javax.packages via new
jakarta-bundles. See: http://openjdk.java.net/jeps/320#Java-EE-modules

Java 11 is LTS and we don't want to require anything beyond that at this
point. Next LTS will be 17 which will be the next target.

Classes are also now compiled for Java 11.

gitlab #486
gitlab #524

Change-Id: Ib2edf9401ada203412569fadef4f092344b1c553

Add missing influxdb-client-core to target platform

gitlab #523

Change-Id: Ic8135cd8deb353baad8eae64971033bb11e9577b

Removed ALT+SHIFT+Q S shortcut for opening SCL Console

It collides with a built-in shortcut that opens the Search view.

gitlab #521

Change-Id: Ic9aa1b2043ba013e44cade62d3fd5306a3a5f9d8
(cherry picked from commit 9d26073293397701d9de90ccd81f766314e06769)

Jersey package imports are optional, update target platform

gitlab #486

Change-Id: I936f507570644457fd8ac7092bdacd0b0077693c

Do not require bundles in jersey but make package imports optional

gitlab #486

Change-Id: I2ed718fe7fdd94152677db2aae688a1cb46d9247

jakarta.activation-api imports package `com.sun.activation`

* This import shall be made optional as jakarta has taken over EE

gitlab #486

Change-Id: I4114e83cfab287196a4422feb124b5a8f6e85f91

Jersey bundles require jakarta.activation-api to work

(Forgot to increment bundle version)

gitlab #486

Change-Id: I058ddf6f1139ebcff2a6660c920830c416921046

Jersey bundles require jakarta.activation-api to work

gitlab #486

Change-Id: I889cce9c365f9f3b158fdc230aa66a213b6e39a4

Add jersey-hk2 bundle to target platforms

* Also using relative paths for `.tpd` inclusions for more convenient
target platform updates

gitlab #486

Change-Id: I186d4dade09e6e29a9fda5da4152e31ec8557e1a

Merge "Improvements to styling of connection lines"

Add missing jersey-hk2 bundle for InjectionManagerFactory implementation

gitlab #486

Change-Id: Ice1a459bda550f19fec2e8b37d065baa9d1165d4

Merge "SimanticsExcel interface refresh"

SimanticsExcel interface refresh

gitlab #514

Change-Id: I9c205730f0cbfb8d75f88c69483155dd8cafd4b2

APIs for skipping state restoration for non-undo synchronization events

gitlab #520

Change-Id: I50491d4b514db05b8854bcbefff58e7bb9c3b13e

Update simantics target definitions with updated jersey bundles

gitlab #486

Change-Id: I029957cc0c6041be5afa63d192b0a638e0bf3175

Merge "Add missing javax.servlet-api bundle requirement for jersey bundles"

Add missing javax.servlet-api bundle requirement for jersey bundles

gitlab #486

Change-Id: I0f1bffdfd5c404477d92ea895766f7d2e3a57fd7

Improvements to styling of connection lines

gitlab #519

Change-Id: Ic08546e5aab985d6e4c365dc9877a692829b0ab2

Take rounding field into account in equals and in hashCode

gitlab #518

Change-Id: If96bc1da15494a6041473ee919a074bf997e2455

Round corners between non-axis-aligned connection lines properly

gitlab #517

Change-Id: I8eb1fba0ecf419834f9a830bbe2aa0fb0e8d21fd

Move some GraphFile UI from Simupedia to platform

gitlab #516

Change-Id: I01793863c377c7a44ca4cf5938e850f7d91e154c

Merge "Configurable connection crossing styles"

Export did not manage case differences (mode vs. Mode)

gitlab #452

Change-Id: I8d4d8908c2dc14ac50c0d7544f7886317689098e

Configurable connection crossing styles

gitlab #515

Change-Id: I859ce915743c13c37be9ca13cdb0c71a2f077d87

Merge "Revert "Prime SCL BindingRegistry to shave ~0.5s from startup""

Revert "Prime SCL BindingRegistry to shave ~0.5s from startup"

This reverts commit 8f99af83cee60676d80cf2334177ab94f82b7959.

Reason for revert: Breaks selection view and other aspects about systems using Variables

gitlab #491

Change-Id: I15003096cd13d738870278dd0c922bd9d0ed4ef5

Merge "All tgs do not reference L0.ConsistsOf and L0.HasName"

Handle SelectionOutline interface implementation in SCLScenegraph

Created custom SelectionShapeNode class for outline highlights, so that
SCLScenegraph can process outline as selection.

Change-Id: Ieeaa47618a8c94f07d9b482c9a3d77044852f2ba
(cherry picked from commit 37c78d83578e57c8bb858d51591446994405b617)

All tgs do not reference L0.ConsistsOf and L0.HasName

gitlab #422

Change-Id: Ie4a5bae2d1f05b6787a38e376cb827610ed975cd

Merge "QueryListening sync is slow"

QueryListening sync is slow

gitlab #503

Change-Id: Ied3aaf386094c3d52b3840d000fb9de01c9ebd03

Merge "Support pending values in NodeManager"

Support pending values in NodeManager

gitlab #511

Change-Id: I75b309dffe494d552c442c65e672cc62c3c334ad

Special RuntimeException to emulate checked exceptions in SCL functions

gitlab #512

Change-Id: Ifd787d23aa263fcb6ca8f59c0f957a891cdd2e15

Exceptions for many functional objects are broken

gitlab #510

Change-Id: Id79a72ad4cf73a2e27351612d05721d6333d2941
(cherry picked from commit 5485802a9eee47cf47e50ef2e96da843417133e5)

Improved element reordering performance

Performance was especially poor when moving element from top to bottom
as it caused changes all elements in the ordered set.

gitlab #508

Change-Id: I140bf8ad552f06477751842f6e3da9e0d294e247

Fixed moving elements up/down on diagram

gitlab #509

Change-Id: I47ab51cb5ff07499ed0637e9f7012ec16c5ae7a7

Fixed the order of shear x and shear y elements

gitlab #507

Change-Id: Id055e482465eaf0d65292df0cbedbba5b1e318f8

Fixed InvertBasicExpressionVisitor bugs with subtractions and divisions

Minus expressions and divisions were both computed the wrong way around,
i.e. a-b as b-a and a/b as b/a.

Consolidated duplicate InvertBasicExpressionVisitor code into single
base class.

Also noticed that the basicexpression parser doesn't parse e.g. `a*5/4`
but parses `a*5 / 4` just fine. Didn't dive into these parser problems
for now. Hopefully we can retire this code entirely at some point in
favor of SCL expressions.

gitlab #505

Change-Id: I74eaeae1dbec080a10ffc43c0c321705c0b0ea86

Expose proxied subject in GroupProxySymbolItem

gitlab #506

Change-Id: Ia7a3c6a10e901aba3b22d91e28b7a018ba448373
(cherry picked from commit 7e2af4ac725e0f663f0598f8c85a0896618bd237)

Added `possibleInvertibleExpressionReferencedTransformedProperty`

This allows retrieval of the gain/bias applied to direct property
references in derived properties of user components.

Also switched DatasourceAdapter to use SLF4J logging instead of
java.util logging, which should not be used anywhere.

gitlab #505

Change-Id: I753b89fa1738e378e3e1ad5eac2a44e4dba9692f