Workaround for query cache returning Exceptions instead of throwing them

gitlab #540

Change-Id: Ia43c3827b4ed16f02f038f4782894852b5c266d9
(cherry picked from commit 549142b0107e4a73d557fc4fc777e6ab77469625)

Merge "Counting of pending nodes does not work if null text is saved as """

Use element transform when doing pick check

gitlab #537

Change-Id: I5fc0d21ce99daca3aa0db210f86382db74fba155
(cherry picked from commit 995f91f4eb4feac37fbee766fb2b16f8d919c5e3)

Counting of pending nodes does not work if null text is saved as ""

gitlab #535

Change-Id: Ia4e8a0389659ce115d9cfb8febc23be0061fe3be

Fix change comparison expressions in mapping rules

gitlab #534

Change-Id: Ib82f78be739e172b77c0499f034b8180ecc9e779
(cherry picked from commit ef0aeadaa15a3655c7f2a3b4377ad62b26e186e3)

Handle all AttributeRelation properties

gitlab #128

Change-Id: I62926e825fdef2e6ccced6805cac1e13012c0d3b

Fix GetComponentLocation to work with procedural UC instances

Previously it would return ComponentLocation.isInsideStructure = false
for Variables representing the insides of a procedural UC instance.

gitlab #532

Change-Id: I26ae30c8e4217e7c4cde03b884604ee59aa7e85b

Replace scheduleAtFixedRate with scheduleWithFixedDelay

ScheduledExecutorService.scheduleAtFixedRate tends to run enormous
amounts of runnables that would have been scheduled during a machine is
in sleep, after the machines wakes up from sleep, retroactively.

This is not good and can be avoided by using scheduleWithFixedDelay
which is usually good enough regarding the delay between executions.

gitlab #531

Change-Id: I4ac3b11f1f9236d411debb352fce610c33410659

Include org.simantics.graphfile.ui{,.ontology} in org.simantics.platform.ui feature

gitlab #516

Change-Id: I8860d684ee67c86159cb7e5fa33c6a061e0efc7a

Fixed CSVFormatter mind floating point inaccuracy when resampling

These changes prevent the resampling export mode from dropping samples
that have timestamps closer than 1e-13 sec to the last exported sample
time stamp.

gitlab #529

Document recommended Eclipse IDE setup in root README.md

gitlab #524

Change-Id: I27a3596169117f5a32c522089de5bc394b0ea557

Fixed subscription item data file searching to use groupItemId as well

This fixes problems where subscription item data CSV export used the
wrong data files to read the data related to the subscription item
because it wasn't matching the data file based on both groupItemId
(subscription item GUID name) and variable ID, which can be overlapping
if a new subscription item is created for a variable that has had a
previous subscription.

gitlab #528

Change-Id: If1ddef78e4b152cf6721f82afc21b37ec5fbb074

Merge "Use RuntimeEnvironmentRequest2 where applicable"

Removed settings.xml as unnecessary.

Change-Id: I7192aa6186a0f6cc5e304a25d9450db6e99bd65f

Use RuntimeEnvironmentRequest2 where applicable

This allows e.g. procedural user component substructure expressions to
use SCL functionality included by the user component's local SCL modules
instead of only having to rely on functionality included by the SCLMain
at the containing index root.

gitlab #527

Change-Id: I7bcb22910737851771f2be54aafecd7480d1c81b

UC SCL script/procedural code editors respect L0.readOnly

Marking the input resource with L0.readOnly now makes the editors
consider the input immutable in the document provider.

gitlab #526

StructuralUtils.isImmutable now takes L0.readOnly of input into account

Introduced new utility method Layer0Utils.isMarkedReadOnly for easy
checking L0.readOnly value of a Resource.

gitlab #525

Move platform to only work with JDK's >= 11

* Several javax-prefixed packages are being removed from JDK (such as
javax.xml.bind) and one has to provide javax.packages via new
jakarta-bundles. See: http://openjdk.java.net/jeps/320#Java-EE-modules

Java 11 is LTS and we don't want to require anything beyond that at this
point. Next LTS will be 17 which will be the next target.

Classes are also now compiled for Java 11.

gitlab #486
gitlab #524

Change-Id: Ib2edf9401ada203412569fadef4f092344b1c553

Add missing influxdb-client-core to target platform

gitlab #523

Change-Id: Ic8135cd8deb353baad8eae64971033bb11e9577b

Removed ALT+SHIFT+Q S shortcut for opening SCL Console

It collides with a built-in shortcut that opens the Search view.

gitlab #521

Change-Id: Ic9aa1b2043ba013e44cade62d3fd5306a3a5f9d8
(cherry picked from commit 9d26073293397701d9de90ccd81f766314e06769)

Jersey package imports are optional, update target platform

gitlab #486

Change-Id: I936f507570644457fd8ac7092bdacd0b0077693c

Do not require bundles in jersey but make package imports optional

gitlab #486

Change-Id: I2ed718fe7fdd94152677db2aae688a1cb46d9247

jakarta.activation-api imports package `com.sun.activation`

* This import shall be made optional as jakarta has taken over EE

gitlab #486

Change-Id: I4114e83cfab287196a4422feb124b5a8f6e85f91

Jersey bundles require jakarta.activation-api to work

(Forgot to increment bundle version)

gitlab #486

Change-Id: I058ddf6f1139ebcff2a6660c920830c416921046

Jersey bundles require jakarta.activation-api to work

gitlab #486

Change-Id: I889cce9c365f9f3b158fdc230aa66a213b6e39a4

Add jersey-hk2 bundle to target platforms

* Also using relative paths for `.tpd` inclusions for more convenient
target platform updates

gitlab #486

Change-Id: I186d4dade09e6e29a9fda5da4152e31ec8557e1a

Merge "Improvements to styling of connection lines"

Add missing jersey-hk2 bundle for InjectionManagerFactory implementation

gitlab #486

Change-Id: Ice1a459bda550f19fec2e8b37d065baa9d1165d4

Merge "SimanticsExcel interface refresh"

SimanticsExcel interface refresh

gitlab #514

Change-Id: I9c205730f0cbfb8d75f88c69483155dd8cafd4b2

APIs for skipping state restoration for non-undo synchronization events

gitlab #520

Change-Id: I50491d4b514db05b8854bcbefff58e7bb9c3b13e

Update simantics target definitions with updated jersey bundles

gitlab #486

Change-Id: I029957cc0c6041be5afa63d192b0a638e0bf3175

Merge "Add missing javax.servlet-api bundle requirement for jersey bundles"

Add missing javax.servlet-api bundle requirement for jersey bundles

gitlab #486

Change-Id: I0f1bffdfd5c404477d92ea895766f7d2e3a57fd7

Improvements to styling of connection lines

gitlab #519

Change-Id: Ic08546e5aab985d6e4c365dc9877a692829b0ab2

Take rounding field into account in equals and in hashCode

gitlab #518

Change-Id: If96bc1da15494a6041473ee919a074bf997e2455

Round corners between non-axis-aligned connection lines properly

gitlab #517

Change-Id: I8eb1fba0ecf419834f9a830bbe2aa0fb0e8d21fd

Move some GraphFile UI from Simupedia to platform

gitlab #516

Change-Id: I01793863c377c7a44ca4cf5938e850f7d91e154c

Merge "Configurable connection crossing styles"

Export did not manage case differences (mode vs. Mode)

gitlab #452

Change-Id: I8d4d8908c2dc14ac50c0d7544f7886317689098e

Configurable connection crossing styles

gitlab #515

Change-Id: I859ce915743c13c37be9ca13cdb0c71a2f077d87

Merge "Revert "Prime SCL BindingRegistry to shave ~0.5s from startup""

Revert "Prime SCL BindingRegistry to shave ~0.5s from startup"

This reverts commit 8f99af83cee60676d80cf2334177ab94f82b7959.

Reason for revert: Breaks selection view and other aspects about systems using Variables

gitlab #491

Change-Id: I15003096cd13d738870278dd0c922bd9d0ed4ef5

Merge "All tgs do not reference L0.ConsistsOf and L0.HasName"

Handle SelectionOutline interface implementation in SCLScenegraph

Created custom SelectionShapeNode class for outline highlights, so that
SCLScenegraph can process outline as selection.

Change-Id: Ieeaa47618a8c94f07d9b482c9a3d77044852f2ba
(cherry picked from commit 37c78d83578e57c8bb858d51591446994405b617)

All tgs do not reference L0.ConsistsOf and L0.HasName

gitlab #422

Change-Id: Ie4a5bae2d1f05b6787a38e376cb827610ed975cd

Merge "QueryListening sync is slow"

QueryListening sync is slow

gitlab #503

Change-Id: Ied3aaf386094c3d52b3840d000fb9de01c9ebd03

Merge "Support pending values in NodeManager"

Support pending values in NodeManager

gitlab #511

Change-Id: I75b309dffe494d552c442c65e672cc62c3c334ad

Special RuntimeException to emulate checked exceptions in SCL functions

gitlab #512

Change-Id: Ifd787d23aa263fcb6ca8f59c0f957a891cdd2e15

Exceptions for many functional objects are broken

gitlab #510

Change-Id: Id79a72ad4cf73a2e27351612d05721d6333d2941
(cherry picked from commit 5485802a9eee47cf47e50ef2e96da843417133e5)

Improved element reordering performance

Performance was especially poor when moving element from top to bottom
as it caused changes all elements in the ordered set.

gitlab #508

Change-Id: I140bf8ad552f06477751842f6e3da9e0d294e247

Fixed moving elements up/down on diagram

gitlab #509

Change-Id: I47ab51cb5ff07499ed0637e9f7012ec16c5ae7a7

Fixed the order of shear x and shear y elements

gitlab #507

Change-Id: Id055e482465eaf0d65292df0cbedbba5b1e318f8

Fixed InvertBasicExpressionVisitor bugs with subtractions and divisions

Minus expressions and divisions were both computed the wrong way around,
i.e. a-b as b-a and a/b as b/a.

Consolidated duplicate InvertBasicExpressionVisitor code into single
base class.

Also noticed that the basicexpression parser doesn't parse e.g. `a*5/4`
but parses `a*5 / 4` just fine. Didn't dive into these parser problems
for now. Hopefully we can retire this code entirely at some point in
favor of SCL expressions.

gitlab #505

Change-Id: I74eaeae1dbec080a10ffc43c0c321705c0b0ea86

Expose proxied subject in GroupProxySymbolItem

gitlab #506

Change-Id: Ia7a3c6a10e901aba3b22d91e28b7a018ba448373
(cherry picked from commit 7e2af4ac725e0f663f0598f8c85a0896618bd237)

Added `possibleInvertibleExpressionReferencedTransformedProperty`

This allows retrieval of the gain/bias applied to direct property
references in derived properties of user components.

Also switched DatasourceAdapter to use SLF4J logging instead of
java.util logging, which should not be used anywhere.

gitlab #505

Change-Id: I753b89fa1738e378e3e1ad5eac2a44e4dba9692f

Added Chart Preferences action to time series chart editor context menu

gitlab #502

Change-Id: I901c2c4b92fb75b255aee3a123b0f5802f5c2fb3
(cherry picked from commit fa107b33201040a66ef237f3705395d74b22bb97)

Improved Copy Visible Data usability in time series chart editor

The action now first opens a preference dialog with only the CSV export
preferences shown which allows the user to know what settings are being
used to copy the data before actually copying, and also cancel the copy.

The preference page also shows which options are not used if resampling
is not enabled.

gitlab #501

Change-Id: If998d322f4286841c2c6bd3cbad479b8032b19ae
(cherry picked from commit 3af10e1cdc24856c072df9dc7cdc5c964756a533)

Switched to tycho 1.6.0 for minor build speedup

Change-Id: I782e859805523e806f56b569e69f78950fc10a63

Don't create degenerated transient RouteLines to RouteGraph

This change addresses the trivial cases. If multiple bends are required
we still get degenerated lines if the terminal is at the corner of the
bounds.

gitlab #495

Change-Id: Iac5d139ba805955c38d4b4e4906eda4795871a66
(cherry picked from commit 1aedad590d55facc132e458a578064300bac833c)

Added more literal type resolution logic to claimLiteral

If the Class of the value doesn't tell which layer0-builtin type
resource to use, try to use the Datatype provided by the binding to
resolve the builtin type resource. If that fails also, resort to the the
old fallback behavior.

gitlab #496

Change-Id: Ie55984d2812bafa84c12f0a776b0d6de7e6a905d

Merge "Fixed ProfileObserver.update race with multiple query threads"

Direct and synchronization-free access to Layer0 resource class for DB

Also converts plenty of legacy Logger use to slf4j Logger.

gitlab #493

Change-Id: I0009ed3fd0c039312b1b9f74804cc2de2c39ec9a

Fixed ProfileObserver.update race with multiple query threads

gitlab #499

Change-Id: I79fcc0c67e6ac2850e8c6949e499219b5c43cfcf

Prevent exceptions in procedural substructure requests

gitlab #497

Change-Id: Iaec7ce4ac40fb07d7b91ab2d6d9f3609b10facaa

Fix handling of property variables with no predicate resource.

gitlab #498

Change-Id: Iacbfdddca8d143b12950dd5166a835eefc44d270

Merge "Fixed StyledtextContentAdapter to overwrite existing content properly"

Expose diagramHints for customization

gitlab #494

Change-Id: I7545e9ff469cc819a07b48bbdfe3e781c8455b5d
(cherry picked from commit 59504249e01a0d803c5c4fdd4ba581d8272fee18)

Bumped master version to 1.44.0

Expose bounds based line routing case calculation.

Custom shaped terminals require bounds based case calculation, without
routeToBounds set to true (causes problems in web editor)

Change-Id: Icaadca88f37a574cf2de53f56a361684bfadba62
(cherry picked from commit 161fad9a336aa19d8dde691c213016907c412b83)

Fixed StyledtextContentAdapter to overwrite existing content properly

gitlab #492

Change-Id: I58e4feb40b13f8a9c6b0619776cf496d5f21a80b

AsyncBarrier.dec runs into refcounting problem

gitlab #490

Change-Id: I47b3e917a11038b444a326f03b46352d5671cbe0

Prime SCL BindingRegistry to shave ~0.5s from startup

gitlab #491

Change-Id: Ibbb04dce327697b81fdce894e10569af6b62c309

Merge "Fixed platform ontology sync startup failure problems after installs"

Fixed platform ontology sync startup failure problems after installs

Installing a new plug-in that contains multiple ontologies that depend
transitively on each other caused startup failure due to database
requests not finding the newly installed ontology that the second
installed ontology depends on.

The solution is strategic query cache flushes before and after the
installation into immutable contexts.

Read more about it in the issue.

gitlab #464

Change-Id: I1ad28585a85ad3a31cac8e058d0c6872e894be92

Support fox six component Json array

gitlab #489

Change-Id: I01617086a1abab7a8400fe2b14456bce2647d22e
(cherry picked from commit 3bfc832da98007484d90add605f5fc0fb056f676)

New version of hdf.hdf5 feature required due to upgraded slf4j dep

Maven has cached hdf.hdf5 feature build in many places with version
1.10.2 which has a strict dependency on org.slf4j.api 1.7.25. SLF4j was
just upgraded to 1.7.30 meaning this feature no longer resolves properly
because Maven will use the old cached artifact. We need to bump the
feature version with a qualifier suffix `.b0001` to get maven to get the
fetch the new version.

gitlab #486

Change-Id: I17411c99e474dff6d121862e99ccc8f814507af4

Added simple instructions on IDE installation

gitlab #486

Mirrored CBI TPD tool and eclipse collections to simantics.org

Also added a maven pom for running the tpd to target converter from
command line at releng/org.simantics.sdk.build.targetdefinition/build.

gitlab #486

Change-Id: Ic30c685556797249c28f50936727dccb58484bd9

Regenerate simantics.target after eclipse collections changes

gitlab #486

Change-Id: Ice9dc7307c1f616bb2d5bffba057d48227e76340

Fetch eclipse-collections from p2 repo to get OSGI version automatically

gitlab #486

Change-Id: Ifc15996271c165300212368bb90b09427d24a850

Update simantics.target with new external component versions

gitlab #485
gitlab #486

Change-Id: I85f3deab323b09ed6b4811306df692d0fb9ab934

Merge "Tons of dependency fixes and updates"

Tons of dependency fixes and updates

* Removed unused JARs from org.simantics.scenegraph and re-exported
  org.apache.batik from there instead of including three old batik JARs
  internally to export the batik parser.
* Replaced all dependencies on org.apache.commons.collections with
  org.apache.commons.collections4
* Removed version specifiers from all org.slf4j.api and
  org.eclipse.collections.eclipse-collections* dependencies
  to avoid the need to modify them down the road with new major releases
* Explicitly specified all Jetty dependencies to be on version 9.4.24
  in an attempt to avoid OSGi (Felix) bundle wiring performance problems
  experienced by Marko in recent developments.

gitlab #485
gitlab #486

Change-Id: Id5a3d62a007fad4a45f601b4d471f061395e556b

Export jersey internal packages for jersey-media-multipart

gitlab #486

Change-Id: I4fb177fa365babfab7950a920784328f2976569d

Update rest of external components & explicitly export javax.ws.rs*

gitlab #486

Change-Id: I858750bb69a0ebade617c72f29ee76330394954e

Update rest of external components

gitlab #486

Change-Id: I7f3bed6a5d6271fa94f1f1e7e6f3619fa7c85d02

Updating external component versions & add influxdb-client

gitlab #486

Change-Id: I4348db51b082aedaf26bd8c9458f1b81cef0f512

Thread safety changes in objmap2

gitlab #483

Change-Id: I3a831732961ff7fc3ac6db3a2fdb94c2e9361d7a

Eliminate unnecessary storage of graph objects in map objects.

gitlab #482

Change-Id: Id600bda6892857a376cd169219636dc0300763d4

Flush listener registrations before garbage collecting queries/listeners

gitlab #481

Change-Id: I5aa5c3ef420faebba4a2c347cd999035bada675f

Finish exception handling in AdapterRegistry2

gitlab #480

Change-Id: I339986806570a4373456e4fb92a7b7712f531f7b
(cherry picked from commit 8eea274269dd791b7ef95ca03bf891654e0c4ffc)

Separate TextNode handling for SCLSceneGraph

gitlab #476

Change-Id: Ib50bf50f7b6b39573fceae8ff1cc87f7ef203885
(cherry picked from commit fc7afa94bb7704fedf0dd2f3da7923d6aa732ea3)

Merge "Add line bounds to highlight bounds to get actual bounds."

Merge "Temporarily added debug logging to MipMapBufferedImage for debugging"

Temporarily added debug logging to MipMapBufferedImage for debugging

gitlab #477

Change-Id: I553d4f7ed99c0b48cf1fe386669ae46d6ca68de2

Add line bounds to highlight bounds to get actual bounds.

This fixes text clipping with italic font

gitlab #475

Change-Id: I7223d6b7e960f28c61644ba7bc608b46530a58a1
(cherry picked from commit 5d435de8ba4147560a795f8873d234a0489050b2)

Remove single quotes from font-family value

gitlab #474

Change-Id: Ic63ff4a33739835f809e9a87dc8f31a3d375346d
(cherry picked from commit 738c0625bf766316b39aa7c9884a47d3711d548c)