Added memory leak test and fixed the leak by removing references

refs #7352

Change-Id: Idc412759d49314f3226e6b1648881aaab8248fe9

Delete temporary files after use in delayed writes and model TG export

Also, delayed writes no longer create temporary files for commits that
create under 512KB of committed data.

refs #7091
refs #7092

Change-Id: Iff75738b9cc41a52eb88df32b51ddc7cd8af812d

Fixed changes made in commit 3a10ce85.

refs #7339

Change-Id: Ib47a5eb67c83a716d82526a5f61c303d9e34f235

Merge "Add hashcodes from URI's as id if no component is found for SVG print"

Add hashcodes from URI's as id if no component is found for SVG print

Change-Id: If278ef81d6006aff9ac487e2d34f014e0b671f28

Fixed ResourceEditorSupport.scheduleEditorClose wrong thread invocation

Now using safer means to gain access to an editor's containing shell
than previously.

refs #7349

Change-Id: I0c5ff9711703608fd34a17cc474ed9490e5ab4d5

RouteGraphUtils.readConnectionStyle returns default value if necessary

Fixed problems in casting to BasicConnectionStyle introduced in commit
e571f799.

refs #7323

Change-Id: I22a74322c44764da6fba61d6af5c16a4f71c712e

Ignore ModuleCompilationOptions

for now until UnsupportedOperationException in CHR is fixed..

Change-Id: I701cc6156a2f02b6eb2b5f84949f961a340dd286

Diagram to SVG enhancements and stabilization

* Introducing the possibility to map component identifiers from default
to something else in order to stabilize SVG printing of same diagrams in
different databases

refs #7340

Change-Id: I2338703a4b0e04fe1680854f749c9e8a28db134e

(refs #7346) Give a proper error message about unresolved relations

Change-Id: I0819c0cbc1c58e1090ac79f8457bcf308796cd23

Reduce the amount of annoying Retry mutex acquire print

refs #7175

Change-Id: If9505ec6b79aeee38971f523bb6f1909493abd81

Merge "View for used SCL expressions"

View for used SCL expressions

refs #7344

Change-Id: Ic2e902fc9742afce80e1ead764528e8eb35704a6

Polling and pollingfunction fixes

Added primitivevaluevariable and handles polling function issues.

Amend: Removed syserr printline and put stackstace to logger.

refs #7342

Change-Id: Iba326499fe5bc00d6a512fc290420ba735d62642

Layer0Utils.addL0Identifier to prevent possible differentiation of code

refs #7339

Change-Id: Idfe7a61e1baacbeb782317f0cc0688ee5d0c4a9b

Use parent name in JUnit STS test identifiers

Previous implementation groups all tests under
ModelledSTSTestRunner.class.getName() which is not desired with modelled
STS tests

refs #7338

Change-Id: Iead3594ef081fa82071ccc30a9f4a33dcd3d7ceb

Layer0Utils.claimAdaptedValue does not support type adapting

refs #7336

Change-Id: I31cf518661eaf30dd1484bdba812c4c3b0d9db4d

CommonDBUtils possibleRelatedString/Integer were not "possible"

refs #7335

Change-Id: Ia71f156e7c3b047582d5568343d8782003af7025

Fixing Shared libraries property tab to list shared libraries

Due to changes made in #7303 shared libraries were not listed in Shared
libraries property tab

refs #7334

Change-Id: I0c7d33237157005d06ce70ee3968b781ab1207cd

Added two missing features to org.simantics.sdk feature

The two missing features are org.apache.lucene4 and com.lowagie.text
which are included by org.simantics.db.client org.simantics.modeling
features respectively.

refs #7332

Change-Id: I60265627d442ce62720c859b593feb207e679e0b

Added README for target platform definition files

refs #7263

Change-Id: Idc8b8a8d87cc1b38be8cd2b963ba577a2fa30b05

Merge "Ordering of RouteGraphs RouteLines is nondeterministic"

Added DirectorySizeTracker for tracking total size of a directory tree

The implementation is based on the Java 7 NIO WatchService API.

refs #7330

Change-Id: I257649ed1ea88f53f88c45ac3177dce544527ade

Ordering of RouteGraphs RouteLines is nondeterministic

refs #7320

Change-Id: Ibac54bc6d16578e812542360573cb0836db7deab

Fixed URIDocumentRequest to work also without IConsoleSupport.

refs #7329

Change-Id: Ie84d3ae1e2213fe7656c30e573f71bceda3c1b96

Allow external customization fo TG Root type URIs.

The customization happens by writing the type URIs into
TransferableGraphConfiguration2.RootSpec instances which then get
translated into TG Root identity definitions by
ModelTransferableGraphSource.

refs #7328

Change-Id: I3ba23ac39009ecc6486b4ef55ead4d5971e5f130
(manually picked from commit f0546930e05223a2575b37ff9a6de08322542b5c)

(refs #7326) Better handling of exceptions in Java->SCL interface

Change-Id: I31573bc72f48d601c7f92faa491e59594eefdf59

(refs #7325) Fixed incorrect call of write in FilterCRWriter

Change-Id: Ifecf88cd5239301b25a19846fec8fa39f6821857

Fixed org.simantics.data feature to include two missing dependencies

org.simantics.databoard depends on org.apache.commons.collections
[3.2.1,) and gnu.trove3.

refs #7324

Change-Id: Ie06ea17fc92a3df4ce584612a18748307ad7186b

RouteGraphUtils.readConnectionStyle returns default value if necessary

Previously the code would crash with NPE if the ontology/model was not
created to contain STR.HasConnectionType information accordingly. Now it
will just return ExampleConnectionStyle if there is no modelled
information available.

refs #7323

Change-Id: I3d5b5ba6a4e615d7ae120e42aa003c787617b8d0

Print AssertionError to SCLReportingHandler

refs #7319

Change-Id: Idb97cbec59532d8a48db8f5e412a7df036a2c510

Add .gitkeep files to ontology plugins src-folders

refs #7317

Change-Id: Iad353904a36c1832837feb0b0f235e87962bd9d1

More meaningful debug printing to PrettyPrintTG

Also removing commented out code

refs #7276

Change-Id: I1aee2b8424444a7ee0b3a08be31dbc3375b3e21f

Merge "(refs #7316) Improved error locations for invalid field access"

(refs #7316) Improved error locations for invalid field access

Change-Id: Ie901cd59e0cf45ece1c99932d44ac1863da97565

Fixes to SCLLabelRule definitions

refs #7315

Change-Id: I9e1ae08ab39a440c60e5abf3d37edfeb4419e96f

Fixed diagram profile monitor DnD regression.

CTRL+dragging diagram profile monitor values from diagram to Model
Browser chart/subscription nodes now works again. The code now processes
also dragged data that contains an RVI in String format.

refs #7313

Change-Id: I0154414df73ea96c29a8e5aa44881781f5d62675
(cherry picked from commit b9d4701787a7aba852ec02aaef6149b8203344b3)

DocumentRequest performance enhancements (Simupedia)

refs #7303

Change-Id: I719ac5a0c0c1dc02850d5ed140e7234ae280cdf6

Merge "Revert "Default property editing restores assertions""

Revert "Default property editing restores assertions"

This reverts commit c4c152bf639475b85efad1e8bd6ea007c08a9e1f.

Reason: If user has set the value of a property to X, he expects it to stay as X until all eternity instead of the value changing when the assertions in the ontology change.

refs #7302

Change-Id: I5cd33d17413b118f522456b37b27df757f42861b

Merge "Default property editing restores assertions"

Fixing exclude filter bug & adding query cache flushing

refs #7305

Change-Id: I16b48b8d0aa4cb19a1cbc60084d046ec83d20187

Fixing PrettyPrintTG to not concatenate strings in logging

However, creates unnecessary Object[] now..

refs #7276

Change-Id: Icc78a9c39f147f52f5b75ed5b7fcedf200293ea8

Merge "(refs #7307) Added features field to SCL module header"

(refs #7307) Added features field to SCL module header

SCL language features are now enabled in the module header with syntax
module { features = [chr, fields] }
instead of
module { chr, fields }

Change-Id: Ibc533bc246efb29313e66576988913b09839b380

TransferableGraphUtils.getObjects2 for fixing not-found handling

refs #7306

Change-Id: I1d8dfefb51d579b1cb5ca9e15df82c0a8e347619

Lots of fixes for PrettyPrintTG

* Ordering predicates alphanumerically for deterministic ordering
between two databases
* Filtering L0.identifier statements
* Hash-based naming for blanks for ordering output print

Still needs some optimiziations to improve performance lost with these
changes..

refs #7276

Change-Id: I6848b319094863a8c85e4deca91df721b1642ce7

Add inclusion filter to modelled STS tests

refs #7305

Change-Id: Iad8b19ceddaad0c493a2b8a8b5d267ab0abb0a8a

Some minor fixes for pretty printing TG

#7276

Change-Id: I838c99e0151c68e8efc9c54189cc1c94e26f55c2

Default property editing restores assertions

refs #7302

Change-Id: I6e3b189cae025bcea85ae1265b4c80ade2dc9d16

Merge "(refs #7298) Automatic refresh to SCL Console"

(refs #7298) Automatic refresh to SCL Console

Change-Id: I2799a6d1afa3d3e4724c55dda81ef88cc06b975e

Improved PDF diagram export wizard user experience

* Page number addition is now an option in the wizard page
* The diagram selection tree no longer automatically expands itself
  fully when any node is (un)checked. Automatic expansion is only done
  up to the second node level only.
* The diagram filter now works with a 500ms quiet time delay which means
  writing in the filter shouldn't slow down the UI like it used to.
* Initial selection is more properly taken into account when
  initializing the wizard page. The containing model/index root is
  always sought based on the selection and the diagrams contained by the
  selected resource are then initially selected for that model in the
  diagram list.
* The Select/Deselect Visible buttons have been removed and Expand and
  Collapse buttons have been added instead for expanding and collapsing
  the selected tree nodes.
* The Select All and Deselect All buttons now work differently. If any
  filter is applied to the current tree view, only the diagrams shown in
  the tree are selected/deselected when either button is pressed. If no
  filter is applied, all diagrams will be selected/deselected.

refs #7297

Change-Id: I078a80528ba91c337f9921422d08a75c95cad45f

Added URIUtil.encodeFilename2 which encodes only necessary characters.

The new method uses the same '%' URI style encoding as
URIUtil.encodeFilename but encodes only characters that cannot be
present in Windows file names, i.e. the following: <>:"/\|?*

This method can be used to convert arbitrary user-given names to valid
file names in wizards etc.

refs #7301

Change-Id: Ia7e264e5304ff0533376c73f5ae9312e197ccf15

Use proper URI encoding/decoding in fail-safe import

Earlier implementation didn't handle correctly cases where missing
resources had slashes in their names. Also fixed error reporting logic
to not remove error messages from sibling resources with matching
prefix.

refs #7300
Change-Id: Ia3ff0b09e592ff63fbb2872fa9329c3a471ed382

Fixed URI of the root resource in fail-safe import

URIStringUtils.splitURI returns root URI in non-standard format, so fix
it manually as a workaround. Otherwise ExternalEntities cannot be
created under the root resource.

refs #7299
Change-Id: Ie548eebba5c267617cb845df684b025b59c069f5

(refs #7296) Improvements to SCL module tree

Separate folder for StandardLibrary. Handling of module names starting
with http://.

Change-Id: I695e6ca75a06b636c33e63cab259334ea989a429

Fix stackoverflow from excel import

refs #7295

Change-Id: I4a6815fa42ccd4d337f37ff0f527e0d46a129598

Editor for modelled STS variables for easier debugging

refs #7294

Change-Id: Ie100c751bf2e6e1cf8b173dd02de724959aadcc3

Merge "Enhancements to modelled tests"

Merge "(refs #7284) Fixed SCLAnnotationModel to cope invalid error ranges"

Take Tycho 1.0.0 into use.

Set useProjectSettings=false to keep backwards compliant.

refs #7288

Change-Id: I3b1735cb27676baae89549a4e4281e6003f5bbf7

Updated external dependencies and p2-maven-plugin

* eclipse collections 7.1.0 to 8.1.0
* fastutil 7.0.13 to 7.2.1
* removed gnu.trove 2.1.0

refs #7285

Minor wording update to release engineering instructions.

refs #7263

Change-Id: I8cc31482fb4db482aa76e4798623f62e4948655f

(refs #7284) Fixed SCLAnnotationModel to cope invalid error ranges

Change-Id: I346088d720595a213445c8cb988de442cfb90863

Enhancements to modelled tests

* Added an assertion for long strings
* Unique test descriptions even though they are similarly named
* equals and hashCode for ModelledSTSTest

refs #7277

Change-Id: I25bb7a96291050a81e9346e78306a67666b87877

(refs #7278, refs #7279) Small fixes to InternalCompilerExceptions

Change-Id: I771fb27ecc98a7cd4f05aaf5e23a4763a6a0ca52

E4WorkbenchUtils.getMPartById to create the part if not already created

refs #7275

Change-Id: Iff469ad0586c8ad16f411ab232ffc5a47825ef72

Merge "Do not merge TG if it is not set as immutable"

Fixing NPE with modelled tests

refs #7277

Change-Id: Ie3dc4c982fe01e469a0e302f3ace0e5f484737f6

Do not merge TG if it is not set as immutable

refs #7274

Change-Id: I8a13dc2b0bb0cc3cc98c5f661da8b46dae7e0455

Merge "Resolve some dependency problems with SDK features"

Resolve some dependency problems with SDK features

* org.simantics.db.client.feature should include necessary compression
plugins in order to work

refs #7273

Change-Id: I73085731826803cb6e49884384a709dab309baeb

Enhancements to modelled tests

* Single test has now an isolated and own SCL CommandSession
* Tests can depend on one another and the SCL variables are available
for the depenent tests
* Added support for declaring SCL variables under the test definition
(suitable e.g. for large literals for comparison)

refs #7277

Change-Id: I5089bca479f681b42ee955851ab50ce24a3158a3

Make prettyPrintTG available via SCL from Simantics/DB-module

refs #7276

Change-Id: I640f4cb6d929482577ed8874e6b8fadcaa05ba64

(refs #7250) Merged feature/modularCHR to master.

Change-Id: Icad6e8c9594826f70d929792f7d258c5514d0550

(refs #7250) Support for record syntax for CHR relations

Change-Id: I8dd80eb5216a1b6023ab9097af58d4f1aaa077b2

Merge "(refs #7272) Support updating named Graphviz windows"

(refs #7272) Support updating named Graphviz windows

Change-Id: I72080ec1cba333cf9639a9801814e5fc100a8309

Merge "Optionally print also into IDE console"

(refs #7250) Error messages for undefined existentials

Change-Id: Iaddc3d0536350eef85086b0a73a5c1b08055398c

(refs #7250) CHR bugfixes, cleaning up unit tests

Change-Id: If0f255ce74938029ab91975a2db7a09c517473aa

(refs #7250) Merging master, minor CHR bugfixes

Change-Id: I11c76beee0e73ff78370f72bbfb88fdbdf6c7616

Merge "Improved Statement API in Simantics/DB"

Merge "(refs #7264) Better updating of SCL module tree"

(refs #7250) CHR rules modularization (first working version)

This change adds a complete implementation of CHR modularization. New
top level declaration ruleset allows to define rulesets that can be
included into other rulesets (see CHR{5,6}.scl).

Change-Id: I3a188d788602fa27f863e16969f956d79c9684a9

Optionally print also into IDE console

refs #7226

Change-Id: I52c900d8b495cb68eed028cc219dd56965447e7c

Improved Statement API in Simantics/DB

refs #7270

Change-Id: I3780a424247bea8eaeeaa204595625844f3b0883

Merge "Removed print"

Removed print

refs #7173

Change-Id: Ie6d163943cafebbbde14253590d6298525327b03

(refs #7264) Better updating of SCL module tree

Change-Id: I0f8c7f1314335b301bcfe84422d9e5eb4df36593

Updated release engineering documentation.

refs #7263

Bumped master target and org.simantics.sdk feature versions to 1.30.0.

refs #7263

Merge "(refs #7260) Added a new DerivedProperty to SCLValues"

Merge "(refs #7259) Added Iterator.filter and MSet.filterInPlace"

(refs #7260) Added a new DerivedProperty to SCLValues

DerivedProperty prevents certain optimizations applied for private
values. This is needed because mechanisms deriving values are assuming
that certain Java methods will be generated.

Change-Id: I1ca9d839b6a4a4c9faa63e5faaa832e49f2d76d8

Merge "Moved passing tests from UnimplementedTests to ModuleRegressionTests"

(refs #7259) Added Iterator.filter and MSet.filterInPlace

Change-Id: If8d9ff797a2747346e42e3242da292dc78784e9b

sclChildRule template for defining child rules with SCL code

refs #7258

Change-Id: Id6a898d5d194ab909101add4babe9ee5bc0ae463

(refs #7250) Added new grammar rules for modular CHR rules

Change-Id: I55851a496fda5b1bc135a17d37f28770b36f5007