Simulator toolkit enhancements

The basic simulator node manager and its supporting structures have been
moved to org.simantics.simulator[.toolkit] and stripped of any
dependency the Simantics database interfaces.

org.simantics.simulator.toolkit.db now contains the parts that bind the
simulator toolkit interfaces to the Simantics DB.

refs #7782

Change-Id: I266faaec323c772767d7a32331ed27e9f893f473

Fixed Acorn deadlock during snapshotting

refs #7713

Change-Id: Ibb3e87bb6ab4d13bfb6445bf55e16ca8555bee29

Use Logger in Debug.scl timing-functions

refs #7791

Change-Id: Ib2b27db232cf91052b1880d41f4e3f6ed9897f77

Remove debug printing from indexing & change debugging level to INFO

refs #7785

Change-Id: Idc1bb5aba5dfa217449e2c587e03d67016b8d8b1

Added more createRun utility functions to ExperimentRuns

The new functions directly take WriteGraph as input to allow clients to
create an experiment run within one write transaction and still work on
it afterwards.

refs #7790

Change-Id: I49c86df960ec9a42d7dfa3fdba95315398ec6f65

Add logging to indexing & replace File-API with NIO Path-API

refs #7785

Change-Id: I38a1d2fe7425bf06c97e1178c7b26b3566f1126b

Bumped master target, org.simantics.sdk and desktop versions to 1.34.0

refs #7788

Change-Id: I979284151c186c678d4219a3a810a23727caacfb

Include simantics/3d and gold-members/proteus in release train

refs #7712
refs #7788

Include gold-members/proteus in release train.

refs #7712

Include simantics/3d repository in release train.

refs #7712

Fix to a NatTable-based graph explorer issue (fixes #7787)

Change-Id: I53e073f06fe4f487e2145879d8c545292a5de08d

Fix to NatTable graph explorer issue. (fixes #7786)

Change-Id: I4de3502e86eebc5de915ca91311a4026edac3f5a

SimanticsPlatform.startUp ensures updateness of installed feature groups

Previously the installed feature group update code was only executed
when the workspace was first initialized. This does work when new
features are installed into Simantics programs running on existing
workspaces.

refs #7005

Change-Id: I5879c398c966dc5d0e15344569b37610703d5e51

Defer change set disposal in State.commitWriteTransaction

The change set was still used after disposal in notifying db change
listeners.

refs #6233

Change-Id: I3e9f49ea084703afdc2129162402ab592f2f3f72

Fixed InvertBasicExpressionVisitor.invert to keep inverted value type

Previously the code would convert all Number-values to Double instead of
passing the inverted value to Variable.setValue in the same type the
original non-inverted value was in.

refs #7777

Change-Id: I78771698d3e2222ede47969e3cceea2166c23a75

Don't report ResourceNotFoundExceptions when looking for browse context

This changes the code to behave like it did before commit 1dfeb7d5 as
intended.

refs #7719

Change-Id: I4fa9ae5114713d4e61acd1363a5369d16e1a5043

Dispose ClientChangesImpl ChangeSets to minimize memory footprint

This change stems from the fact that
org.simantics.db.common.changeset.GenericChangeListener gives ChangeSets
as an argument to DB requests which can leave strong references to the
ChangeSet instances in the DB QueryProcessor until the DB client
garbage collects these requests. Usually DB client request parameters
should be immutable, but in this case the request is never listened to
for changes so it is OK dispose of the ChangeSet parameter after all
DB ChangeListeners are notified.

This change adds a Disposable implementation to ClientChangesImpl which
minimizes the memory footprint of the class down to 192 bytes compared
to ~2^17 bytes. The instances can take up a very considerable amount of
memory if not disposed. It has not been uncommon to see multiple
gigabytes of memory being spent by these byte[] buffers that are not
really used anymore but still referenced.

Once more note that this is not a case of memory leakage but simply bad
use of memory through over-sized buffers that were GC'ed eventually.

refs #6233

Change-Id: I2e96754f106602a4986c37187a9af3bbd64356dc

(refs #7776) Fixed module export for javaImports

Change-Id: I50a5f635445d1b1d1df9dfc3ea0195f0859f86c0

Removed unused but similarly buggy code to fb2f890c from WriteBindings

refs #7770

Change-Id: I3750d0272c3fd4a228fe2c943dcf331955cbcee5

Improvements to HTTP client SCL API

Added support for: POST, PUT, DELETE, asynchronous requests, forms,
media types, multi part content, reading response status.

refs #7774

Change-Id: I5220ae0a3bb07b616f9e54c0668a52607114b7a1

Add Future to SCL API

refs #7772

Change-Id: Ibcc74f90e3111b720d8969a393e2b115bbeefd72

Add support for strings that are longer than 127 characters

refs #7770

Change-Id: I60990b0f3a0c8051abc43b824df1a88afc07bc87

setSystemProperty function to Simantics/Misc SCL-module

refs #7769

Change-Id: I6e1969bf09f0267b706242ad80b483fd11db140d

Remove fixed "testlog" as client id and read from system property

refs #7768

Change-Id: I673f29eccc06c8375811fe5da557d506737209c2

Merge "(refs #7771) Fixed invalid inline"

(refs #7767) SafeDynamic module

Change-Id: I7691aa77ab048f71b7906512bd6962bd52b2e230

(refs #7771) Fixed invalid inline

Change-Id: I7b28d6915e792bc9fe858c701d1138f9082dcea3

Modify createTempFile to make files to $TEMP by default

refs #7761

Change-Id: I834187ce78d2c23d9a92ddb77e9a5257b826910f

Added more TransferableGraphs.writeTransferableGraph methods

* writeTransferableGraph(RequestProcessor,
                         TransferableGraphSource,
                         File,
                         TGStatusMonitor)
  writes the specified TG source into the specified file as a variant
  (i.e. datatype + data)
* writeTransferableGraphVariant(RequestProcessor,
                                TransferableGraphSource,
                                RandomAccessBinary,
                                TGStatusMonitor)
  writes the specified TG source into the specified output binary file
  as a variant (i.e. datatype + data)

refs #7758

Change-Id: Ia50a1ce9c461681ac10be73674fa0e5e9c22b404

Fixed index query regression in L0.Entity instance queries

L0.Entity queries no longer returned any results after the changes done
in #7415.

refs #7753

Change-Id: I7f24b200b410606f93b5f8be7dd0c50de4fd7097
(cherry picked from commit bd2e11cd11e6f5caca215c7546e870564d2c80d4)

Merge "Query control functions into Simantics/DB"

Query control functions into Simantics/DB

refs #7752

Change-Id: I6de90fddcf5cb3b1834a096c8238f63ea6a7d33a

Fixed org.simantics.modeling.tests to be a normal plug-in

Previously Tycho's pomless build seems to have thought
of it as a test-plugin automatically because of its name.

refs #7422
refs #7712

(cherry picked from commit cd63fe4ecc67014d294685faeb1bd4334b74d658)

Added org.simantics.modeling.tests to org.simantics.sdk.feature

refs #7422
refs #7712

Merge "(refs #7751) Added orElseM"

(refs #7751) Added orElseM

Change-Id: I365c89a1d4ad60b1763854b6d6cd0a3a94e1ab49

Another version of shared ontology import which returns the roots (SCL)

refs #7749

Change-Id: I01079e807e23efa123d3ac025ddc793f663b8017

Merge "Customisable selection padding on diagrams"

Customisable selection padding on diagrams

refs #7747

Change-Id: I884be9b927a35e77ef23167c06eb7b836297002d

(refs #7746) Fixed applications with intermediate effects

Change-Id: Ida2b7c8e96cbfd45361838e69900a7307e69e343

More options for SCL progress monitoring

#7744

Change-Id: I10169845aa780ce6f351ea54fde814d8d2f0eee8

AbstractResponseHandler uses wrong identity

refs #7743

Change-Id: I3faabdf8b096758a5fd67c5229a011601083de49

Fixed yet another fallout bug caused by commit b9b77f42

refs #7742

Change-Id: I2a267c11e5e9a151352d08beab38b604368fbdc1

Fix rollingFileAppender fileNamePattern in logback.xml

refs #7740

Change-Id: Ibcc6f3b19f4d159ee75a42640f000299061ac5c9

Add SubMonitor features to UI/Progress SCL-module

refs #7738

Change-Id: Id65d40a133f443b005f8dbe93c015d6c6150f6ee

Fix opening of SCL-definitions

refs #7733

Change-Id: Iffab8f3330d2b491c6ec29728271c2f1a260d3b4

Fixed leftover problems in unification of *Array and Vector types

The fix was to remove the leftover `Show DoubleArray` instance from
Prelude.

ConstraintEnvironment.reduce now produces better error output in cases
where reduction cannot be completed due to multiple remaining matches.

refs #7734

Change-Id: Id970c1090f5bf951c94e99e645664e86b1adb42d

Fix TG export regression caused by commit b9b77f42

refs #7728

Change-Id: I37bba678fbc756484b8b58514461f68f9b12e5f6

Safely set part name and tooltip in ResourceEditorPart

refs #7737

Change-Id: I5704e9189d18baf449f419026a1876cca3c02870

Getting rid of *Array and replace with Vector * (SCL)

refs #7734

Change-Id: Ibc97edbd65de8363dcd77e141ac518287a07bff2

Adding getBytes for String in SCL

refs #7732

Change-Id: Ic340712ffbbc6944c0b31e2420f6adfacce29eaf

Fix annoying editor focus jumping with Ctrl+Shift+D/M

refs #7733

Change-Id: Ie3fd1bb97b67de77b3a6e82bc5690835caec08e2

Added syncActivateModel function for deterministic SCL script execution

syncActivateModel works directly by invoking the old activeModel
function and then waiting until all related activities are finished by
using the old trusty Simantics/Misc/syncGraph function.

refs #7730

Change-Id: Ib75bc3c33e1dcf6b5c46d61dffdcd106f451730a

Clean up and support internal seed resources in tg export

refs #7728

Change-Id: I95abd44fe4dea1ec639c4b8a328bdbfb0de3d4ae

Fixed SCL Console Clear Console active-state when imports are erroneous

Current imports were set too early in SCLConsoleView which before the
SCLConsoleListener that enables the buttons is registered.

refs #7727

Change-Id: I7cb0645bea5dc48a4ad54f2147c83cb8dfb2f35f

Removed graphviz dependency from org.simantics.browsing.ui.model

refs #7721

Change-Id: Ie4aec36287f8f37d11a75d560180350b283fbad4

Fixing Logger fallout from commit 1dfeb7d5

refs #7719

Change-Id: I1aa2844d7c794d5e162cf1d98d4b73f19dd5ec22

Moved org.simantics.issues.ui.ontology to org.simantics.issues.feature

org.simantics.issues.common depends on org.simantics.issues.ui.ontology
now anyway, and the ontology plug-in, albeit is UI related, does not
have any direct dependency to any UI code anyway.

refs #7720

Change-Id: Ie42682895cb7de1a455f849f2ea481317144b4f7

Add RollingFileAppender to default logback configuration

refs #7719

Change-Id: I2e04f76b3b5ce13f984e796901bf76ac81f8766a

Replace System.err and System.out with SLF4J Logging

refs #7719

Change-Id: Iae42f94b542b17bc2e1aa839f506a6e1a46928ae

Added migration step implementation for changing InstanceOf statements

refs #7717

Change-Id: I0f427b5f222feae9b74d9e2d3d82becb0cda46af

Use transient listener caching for NodePropertyTester requests

refs #7718

Change-Id: I6ccb4ef720c4fe8677c78e58fe7ee273caa7ddae

Added Variable/Resource type information for DnD'd entities to JSON

refs #7715

Change-Id: I238e9b036a9c781ef8910bd5d6125b220e32f41e

Export auditlogging package & fix server address prefix check

refs #7684

Change-Id: I8d6cb285256d9fa909cae7c458b04be4290db54a

Minor NPE fix for auditlogging

refs #7684

Change-Id: I86f892bf133b1965d9631ce82ddf02b78ec88a5a

Updated release engineering instructions

refs #7712

Change-Id: I511149845a69a686832665bcc95ac854ee00bbe4

Bumped master target and org.simantics.sdk versions to 1.33.0

refs #7712

Change-Id: Ifd56d8887366e0988b9b148dfe663fb09904e830

Improved exception message

refs #7422

Change-Id: I5179ed29a7b660f4574101f5358820a860e66c72

Fixed MigrationUtils.importTo root activation to use virtual graph

Also made the activation optional based on the new migration state key
MigrationKeys.ACTIVATE_ROOT_IF_NONE_ACTIVE.

refs #7686

Change-Id: I8b7c5868231c3b258bb1ad7f63fa96ba42390f24

AuditLogging improvements for easier unit testing

refs #7684

Change-Id: I6f4b10d2344b4588582f2558b9fda75f6d20145a

Fixing duplicate entries from SCL search result page

refs #7683

Change-Id: Ie57502323d18be7106f1264688b2a500bc37465d

claimWithInverse & possibleInverseOf function to DB.scl

refs #7709

Change-Id: I2869df644ca01b77212d34ffbf11af85c3da7946

write method to Files.scl

refs #7707

Change-Id: I9c7e249461da388b94d3b12af48f17523cddddf5

CDATA support to Data/XML

#7708

Change-Id: I6a2e9e05b4f79e83a11b4051658832053feadff9

List SCL references in order of reference location in search results

refs #7683

Change-Id: I8842ffad7133a4dddf98e691f741ba8dbe48a95c

Add more Throwable & Exception handling functionality to Prelude

refs #7705

Change-Id: Ie335d3e8f7dacb0da66d0bb1491862fb054c61cb

Added <Proc>-effect for function pmap in Async module

refs #7703

Change-Id: I435c69382b0e7a242c393f8529fd6ca40b4a68ed

Added a new function pmap to Async module

refs #7703

Change-Id: I848203393d115a0c8f9bbbfbf80e47f35f17616d

Fall back to HasName if HasResourceName not available for GraphFile

Also adding watching of externally opened files and writeback for data
changed by the external editor

Now with hashed URI based filename

refs #7699

Change-Id: I2eadb539d599b0e55840e0fd7f141e44004833fc

Merge "Print console messages to IDE by default"

Fixed a bug related to the extent of variable frames (see test case)

refs #7698

Change-Id: I18879f6cffb9f796f673f697711249c962b1e073

Print console messages to IDE by default

#7697

Change-Id: Ibb08764c4d41f17cd7bc084b6d1b99ed2af09bdd

Move scaling of SelectionNodes to upper g-element with transform

refs #7696

Change-Id: Ibc4502c9adad9be6fb71801b042ec8464baac283

Add missing feature requirement from o.s.tests.modelled.ui.feature

refs #7694

Change-Id: I70eaafce289ec07dc77282f239798da4e53d2022

Compilation of SCL expressions from SCL

refs #7695

Change-Id: I053be9e6d4197ad563a31f09e21c6bea89c3e5ed

Generic HTTP REST Client/Server AuditLogging framework

refs #7684

Change-Id: Ia861758f0e23a4bc55edeffd946030fff4e52121

Use listener as listener in TimeoutingRequest

refs #7692

Change-Id: I94aafae16131f3d7a9c688d3861db5b3f56dea1b

Read previous BTree modification count from the graph

Modification count is used when generating unique names for the
resources. We should continue from the previous modification count
whenever creating new BTree object to work on.

refs #7690

Change-Id: I446af8ad22157a1c64c984071ae6c36cae374935

Fix possible NPE in SCLExpressionIssueProvider

refs #7689

Change-Id: If7c4cad3b5ae238d90dd03e1d40f2aec2f597276

nameOfFile into File module

refs #7687

Change-Id: Ieebb374f811c3d9641065fdd3d8e34c631988eb7

Fixing missing eclipse.search references.

refs #7688

Change-Id: I047e913267620c2c3fc59ddd311f87f022b957ee

Disable model activation during model migration

refs #7686

Change-Id: Ide98ff661dba6b863923ebe4ca795bf03d77a2e1

Find SCL references in SCLModuleEditor with Ctrl+Shift+G

Add missing .project-file to org.simantics.scl.ui.feature

refs #7683

Change-Id: I2faf6c39b74a011e841704a6c7ff54aa0fdf9763

Find SCL references in SCLModuleEditor with Ctrl+Shift+G

refs #7683

Change-Id: I553e61518a16f2b711b82f41576e07b3f99df1ba

DB client state gets corrupted

refs #7685

Change-Id: Ic6a8b7f2f9e327c8aba774a86f834d160a9c4c66

First test on Simantics documentation using gitbook

Only few parts transferred and somehow quickly reformatted for now.
Lots of work remaining.

refs #7674

Change-Id: I1cf8b6a3da5ec14064f79d0a0c765899be1d8872

Replace OrientationRestorer TimerTask usage with ScheduledExecutor

Timer can exhaust the system with TimerTask-runnables that are queued up
e.g. during computer hibernate and sleep. According to documentation:

If an execution is delayed for any reason (such as garbage collection or
other background activity), two or more executions will occur in rapid
succession to "catch up." In the long run, the frequency of execution
will be exactly the reciprocal of the specified period

With heavy tasks this is very bad

refs #7682

Change-Id: I5a097c8bc5e1ea2a5abe30905b2a46fa8b8386f8

HTTP/Client SCL module for HTTP requests

Also adding builtin type for Class in SCL

refs #7681

Change-Id: Id794bfce7ff5deb3e13127dfa9107bc31aceef30

Merge "Added MMap.clone"

Added MMap.clone

refs #7680

Change-Id: I4ed5c23709f5f0fc02937deba9af0f58eca3ea5d