Variable optimizations for documents (Simupedia)

* Added ProxyVariableSupport - a mechanism to re-parent a Variable

gitlab #169

Change-Id: I2852ef1895003a7b1735e1fa2505ac20d6a8ba46

Fixed Bundle-SymbolicName to org.apache.commons.compress

gitlab #196

Change-Id: I840a069cf3ee426e2589b1a62670a129f6fd42c7

Sorted lines alphabetically

gitlab #196

Change-Id: I20d4fa4bcf234b338d0834939bfa0a8323bfdfa0

Added org.yaml.snakeyaml 1.23 to external components

Also upgraded following external components:
* org.apache.commons.compress 1.12 -> 1.18
* org.jsoup 1.8.3 -> 1.11.3

gitlab #196

Change-Id: Iaf365bc8953d8d9ab4c411ad6dbbc6debb984a9d

Merge "Utilize SVGNode's transformation when generating SVG image"

Utilize SVGNode's transformation when generating SVG image

gitlab #195

Change-Id: Ibc3199eff5a342f24dba66eb483cacaf6f0a9e59

Wake DynamicExperimentThread task runner up when state changes

Prevents the thread from getting stuck when it is shut down from stopped
state.

gitlab #194

Change-Id: Iaf5ad6238aae8925c42d029078ea5f2a2ffa3e8c

Merge "Variable optimizations for documents (Simupedia)"

Variable optimizations for documents (Simupedia)

* More control over computational values served by ReadGraph.
* More cacheable Connections (Connection2)

gitlab #169

Change-Id: I304de13f97c25661fed2905e33887e315144591e

Added -f SCL/Module/function argument for BaselineCreatorApplication

This allows the baseline creator to run a custom SCL initialization
function that is included in the currently running platform after the
platform has been started up and before the platform shut down.

gitlab #193

Change-Id: I68565cf638365aaf816845282e3c7a24eb45dd31

Merge "Add customisation possibilities for SelectionNode"

Obey Indexing.isDependenciesIndexingDisabled

gitlab #192

Change-Id: If02e02fd4fc7f5ee65d3b80cb70fde3e0a5224cb

Add customisation possibilities for SelectionNode

gitlab #191

Change-Id: I400ef4099128845792498377e058103e8fbff065

Fixed GraphExplorerImpl to set selection upon keyboard-based selection

Previously scrolling the selection using the keyboard and then pressing
Enter to open the selected resource would result in the wrong resource
being opened because the selection hadn't yet propagated through the
postSelection event.

gitlab #184

Change-Id: Ib1f837b3cb8eb70b32508e4abee36cfa995886ed

Still fixes history collection value band endTime setting and rendering

Previous changes set value band end time to be the same as the next
value band's start time. However this caused the problem that there is
no way of telling during rendering where exactly within the previous
value band did the band's value go out of dead band and since t_end does
not tell us this. This means that line-rendering (not stepped sample
rendering) will get drawn invalidly if t_end > t_begin within a value
band.

The fix was to set t_end to the last timestamp where the value was still
within deadband, i.e:
```
|t0    t0_end  |               VALUE BAND #0 t0 < t0_end
|      |       |t1      |      VALUE BAND #1 t1 = t1_end
|      |       |t1_end  |
|      |       |        |t2... VALUE BAND #2
ts0----ts1---- ts2------ts3---
v=0    v=0     v=1      v=2
```

gitlab #35

Change-Id: I073d1aed0d3ce0ffe30081937fdd7ff1c22dc107

Usability fixes for GraphExplorerImpl -related WB selection propagation

GraphExplorerImpl now uses JFace's OpenStrategy to implement the post
selection provider mechanism which should work just like in JFace
Viewers.

SWTExplorer no longer listens to both selection and postSelection
changes, which caused large amounts of unnecessary selection propagation
to happen. It listens to postSelection if IPostSelectionProvider is
available and selection if not.

ModelledView did not implement IPostSelectionProvider at all and
provided just an ISelectionProvider to the workbench. This partially
caused other parts, like the property view to always react to model
browser selection changes via immediate selection events instad of post
selection events.

The important lesson here is to just listen to either postSelection or
selection, not both.

gitlab #184
gitlab #185

Change-Id: I57fd7b6663bfa06f05105f6fa01e8d9a710c0ce0

Merge "Function printingToLogging redirecting print commands to logging"

Added empty .keep file to org.simantics.jdbc.ontology/src

Change-Id: I671d1ac2789661e15fba0f5766b270e654f0e433

Function printingToLogging redirecting print commands to logging

gitlab #178

Change-Id: I4ec4f47c463c3a641eb3de513f91d7212125b931

Add DatabaseJob.inProgress() checking to certain UI-handlers

gitlab #186

Change-Id: Ib8d547a54ffefde6ebf887e162d3adc8479c6de4

Initial support for concurrency in databoard, bindings and serializers

* This fixes the parallellization problem in PlatformUtil.getAllGraphs
where parallel streams can now be used.
* VariableBinding is removed because it hasn't ever been used and it is
deadlock prone and not very useful
* Removed SerialisationSupport field from ResourceBinding as it has been
commented out for ages now. If we need this at some point, let's add it
back.

gitlab #180

Change-Id: Ic4240921b5e60ea8d642feb85e9608f936272190

Add org.eclipse.ui.monitoring to org.simantics.rcp feature

This allows users to enable UI freeze analysis in products making it
easier for developers to analyze freezing problems without building
debug versions.

gitlab #183

Change-Id: I6eeac7371914cd60a1d58ddbc3c708678a0f7f2f

Fix ErrorLogger e.printStackTrace() calls to utilize Logger

gitlab #182

Change-Id: I5903cd25c70de18b4bf21714d4a1106ccf3dfed7

Change L0.Value => L0.Property to fix variable exceptions

gitlab #181

Change-Id: Ie4896ad911681d6047f05002c2e2e1a96b1f5416

Added Simantics/Diagram/{withScale,transformElement,transformElements}

Also added some documentation to the SCL module.

gitlab #179

Change-Id: Ia00785d38036f640c7636d53fdc7fde102c38d65

Added support for creating markers and changing MDC in SCL logging

gitlab #178

Change-Id: Id2996c969d3812a6ff9c20fca88307d629be7354

Merge "Added inline filtering support for property name editing in UC editor"

Added inline filtering support for property name editing in UC editor

This makes it easier to implement filters like uppercasing and replacing
certain characters as one types.

gitlab #161

Change-Id: Ic7785c78d51660654e2afe26fd524a96179ceafc

Added first and last functions to MList module

gitlab #177

Change-Id: I6cdcbbbe91f5074747eba64a9439e4f3ed123d60

Add zeroturnaround to p2 site build's pom.xml

Simantics p2 site now includes org.zeroturnaround:zt-exec
Added .target and .tpd definitions

gitlab #176
closes #176

Change-Id: I254712ce6cbed2d258cb6eb19f1d1b9882a87ad5

Merge "Fixed invalid comparisons which were identified by Eclipse IDE 2018-09"

Fixed ComponentTypeCommands.setUnit to support unit == null

If unit is null, also L0X.HasUnit should be removed.

gitlab #161

Change-Id: I0e6ba32917e6281803c7bbe8b94832291e58db9a

Fixed invalid comparisons which were identified by Eclipse IDE 2018-09

gitlab #171

Change-Id: I357469f6cbef6c099e59d3a378ef531c0eca8e5f

Added missing Automatic-module-name headers and fixed split package

org.simantics.jdbc and org.simantics.jdbc.ontology had a split package
problem with package org.simantics.jdbc. JDBCResource was moved to
org.simantics.jdbc.ontology as it should have been.

gitlab #125
gitlab #165

Change-Id: I308d53c968ba0812f86554e38b8bbd0b487434b6

Utility for creating NodeContext with NodeType from SCL

gitlab #170

Change-Id: I88b163f6ca30d5dfebc42ff3aa590a7426614e48

Merge "Variable optimizations for documents (Simupedia). There will be multiple incremental commits for this."

Added possibility to directly schedule filter setting type URI

Also changed the typeURI load to directly set the filter text instead of
scheduling it to be set after a quiet time (500ms). This makes way for a
bit cleaner UI experience.

gitlab #140

Change-Id: If999ccf69182e56da2f520e2922ba2a7ed26ffdc

Variable optimizations for documents (Simupedia).
There will be multiple incremental commits for this.

gitlab #169

Change-Id: Ia97ac85a5f83a52e24bb3147f0a9f9f294e2c87d

Assertion template for L0.SCLValue

gitlab #167

Change-Id: Id70da776333c56e70516a3449bdbff03df18fa40

Add missing grpc and aries spifly dependencies to simantics.target

gitlab #166

Change-Id: Ifd26fc7f242d007a3194477bccd757aff34c4a83

Merge "Added Automatic-module-name to all bundles for Java 9 JPMS compatibility"

Merge "UI locking fixes for GraphExplorer implementations"

Merge "Refactoring of simulator toolkit"

UI locking fixes for GraphExplorer implementations

GraphExplorer implementations contained ExplorerState restore code that
was ran synchronously in the UI thread. It will possibly require DB read
transactions which locks the UI up. Persisted explorer state loading has
now been moved into a Job from GraphExplorer implementations and
GraphExplorerComposite.

Also contains fixes for doSetColumns of all graph explorer
implementations which was using a Map with the wrong keys.

gitlab #160

Change-Id: I879fe4a099db70d5d8bbba185b4dc9d745c80911

Refactoring of simulator toolkit

gitlab #162

Change-Id: Id68f68667a1ad5840eccbd53a4b8ec81483c0cdb

Added editable unit for derived properties

gitlab #161

Change-Id: I81a7dc60fa0c4d4173dbfa128a509e7e2bfa18e9

Added Automatic-module-name to all bundles for Java 9 JPMS compatibility

gitlab #165

Change-Id: I3794e574412221557effd8c0dabf9e10dfa5bbe3

OpenJ9 compatibility for SCL compiler's naming of ontology modules

The problem was these errors coming from ClassLoader.defineClassImpl
when the generated class name contained two '/' characters in a row:

java.lang.ClassFormatError: JVMCFRE068 class name is invalid;
class=scl/http_58_//Projects/Development_37_20Project/Model/SCLMain,
offset=0

More escaping was added to fix this.

gitlab #159

Change-Id: I01f8b17b1230cbf06051848b23c805e8d2d61c96

Merge "New implementation NearestOwnerFinder of CommonDBUtils.getNearestOwner"

New implementation NearestOwnerFinder of CommonDBUtils.getNearestOwner

Deprecated CommonDBUtils.getNearestOwner and replaced most of its uses
by new methods in the class NearestOwnerFinder. Note that this modifies
the behavior in some previously unclear cases.

gitlab #163

Change-Id: Ic56671ee549765ce67fa574967c103f2ab7aac0e

Merge "Prevent infinite recursion in getNearestOwner"

Use AlphaNum sorter in Symbol Library

gitlab #158

Change-Id: I753ff1f6fcb0acda780f18645f489850147a5c4c
(cherry picked from commit 05269c19e7da21a4d1412c033c234d3baa97cc48)

ConnectionTool fixes for overlapping terminals

gitlab #157

Change-Id: If011efcf774e18165e6ae1e62907dffe2c6a21f0
(cherry picked from commit 2deeabb9a7e3ff22bfd7abe2c7c812df9da45189)

Prevent infinite recursion in getNearestOwner

Change-Id: I58e0646daba1e41d9013085501bc1cee8fde1f13

Possible variable browse without URI

gitlab #154

Change-Id: I394bac9a1aa74abeb5f261fa77cd08cbdf0b90ea

Fixed history data collection minmax stream updates and plot rendering

After commit 30ca6dab the chart was rendering all plots as SAMPLING
instead of LINE because the commit changed all stream items' endTime
update logic to actually for all streams instead of just the minmax
stream. The fix was to change the plot rendering to still render
diagonal lines instead of step functions regardless of of the start and
end time of each history stream value band are. The lines vs. sampling
settings is now solely based on the chart rendering preferences.

gitlab #35

Change-Id: I9f8872994870bdedbf0708bb77beceab1c884313

Merge changes If756e157,I80cfb90e

* changes:
  Support Json content as drop data in Graphical Debugger
  Support DnD from diagram to graphical debugger

Support Json content as drop data in Graphical Debugger

gitlab #153

Change-Id: If756e157b7057534ea55a61745feb560904a64c0

Support DnD from diagram to graphical debugger

Change-Id: I80cfb90e6f6a009c0fc4c6b84523c7bc7de05ff0

Fixed context menu popup location for HiDPI displays with display zoom

gitlab #152

Change-Id: If7ca761cf305daa4ecfd837af75c93eae285df1a

Faster bounds calculation for zoom to selection and navigate to target

gitlab #151

Change-Id: If72f62ea8c5ce4789bc8331eb598668091158ab6

Made SCLExpressionIssueProvider component requests synchronous

gitlab #149

Change-Id: I1104380dd544f3bc957cd008e46e9b284dd2f207

Added resourceId and GUID to diagram DnD content

gitlab #150

Change-Id: I2a012199f5d7e11991b640d7187132e7b5f0d2f3

Merge "Removed extra modules OntologyModule imported to namespace"

Removed extra modules OntologyModule imported to namespace

While fixing the problem, added some error logging in OntologyModule
implementation

gitlab #131

Change-Id: Ib36590f0901ed8a542afe4c9a225606c1f2109d8

Merge "Log some information about missing property in SCLLabelRule"

Log some information about missing property in SCLLabelRule

Change-Id: I6237c54f3760603a1184c015d81de99f1302a3ae

Fixed a typo in Viewpoint ontology

Change-Id: I0929253a6c8f7a4da0a19a73dd8e96c2a2696770

Fix org.simantics.scl.tutorial classpath and build.properties

Removed source and bin directories from build path since there is no
source code in this bundle.

gitlab #138

Change-Id: I72cfc2a47d6a8d8b85239b4cec095160c7d9d107

Merge "Use PossibleResource query to check if the project resource is present"

Adding column data to tooltip event could cause NPE

gitlab #146

Change-Id: I4ce48cc851638fd5cd38bab77763fdfec9c48ed9
(cherry picked from commit f024c0a7208e379a82f0ab51a71a123f9bb2a2bb)

Use PossibleResource query to check if the project resource is present

Earlier implementation logged unnecessary ResourceNotFoundException when
creating the project resource for the first time in Platform startup.

gitlab #148

Change-Id: Ic75180dfdd88770f9a91a2468f639e59afea99e0

Fixed another source of deadlocks in DynamicExperimentThread.

gitlab #136

Change-Id: Iabeef360c93d617a38cbc7883533c3cb487ae6f2
(cherry picked from commit 685ae86876e6c246694bc6a94eac717ccb1e28cc)

Fixed NPE problems from ParentNode by reintroducing child map sentinels

gitlab #65

Change-Id: I63778c368f197a4b92e71c96a37fd569ad7cb51c

Merge "Log an error if there are two resources with the same GUID."

Removed graph compilation nature from org.simantics.jdbc

gitlab #125

Change-Id: Ia49ed5cba4c7a402f7b9ebf63497c6b9ead58945

Log an error if there are two resources with the same GUID.

Change-Id: I377e9a68eda631efe7e78354cf2d3ee8e3756ce4

Expose helpContextId resolving to other implementations

gitlab #147

Change-Id: I34fd73a223a8ca00b89397f59870b6442411d4c6
(cherry picked from commit d3b12a1a36b0b89dc985fceb4fa02523aeb71ed4)

Allow column specific tooltips in the GraphExplorer

gitlab #146

Change-Id: I8c07e3013783ffd31fba95391e0b8ba35b855b84
(cherry picked from commit d4cdaa8ea386ab9f6432854db9481f42c70983fd)

Fixed ProfileObserver to remove entry from correct map

gitlab #145

Change-Id: Iab891836783d5de591ec686577769ed480dd5752

Merge "Use proper environment to resolve SCL types in ontology module"

Use proper environment to resolve SCL types in ontology module

gitlab #131

Change-Id: I9b16546633d8d566cb3d38d48d609878e794eae3

Deprecated methods in o.s.scl.compiler.Types class for parsing types

Change-Id: I7df83c111edb0267c59585cf0d5c544d0c985dbf

Merge "Documented difference of RuntimeEnvironmentRequest and Runti...quest2"

More debug information for BufferUnderflowException in ReadGraphImpl

gitlab #144

Change-Id: Idca98155061c535d54465e29f682694a6f7449d8

Documented difference of RuntimeEnvironmentRequest and Runti...quest2

Removed also all cosmetic differences between the classes to make
comparison possible.

Change-Id: I83e96d09a6e33594a9076df83de887b733d4de46

Fixed Job to return Status.OK_STATUS instead of null

gitlab #74
gitlab #143

Change-Id: Ib1c59eca854b6daafb21bad3aa90971deb8f5481

Performance improvements for ParentNode in scene graph

gitlab #65

Change-Id: Ib1cb9da01e8531b1d9617f0696a20f806037dc38

Goodbye db-client.log

gitlab #142

Change-Id: I9d4c076e608bf427933083dc277c5333dead9c93

Fixed Acorn MainProgram and GraphClientImpl2 to use Logger

Previously the t.printStackTrace() in MainProrgam.run caused an
unexpected error that killed MainProgram to go down the drain.

gitlab #141

Change-Id: If68244b0e0f029ca43bbc45159936d3d89e49262

Type specific graph explorer filter area

gitlab #140

Change-Id: I62c0323cabfcf448f037f7cf3cc4fd3f7d2b65d6

Fixed StandardCopyHandler SWT threading regression

IStatusLineManager is now invoked properly from the SWT thread again.

gitlab #74
gitlab #133

Change-Id: I8e4a9ad3fc26b4ab2a04ebe26c64114d12eda9a0

HiDPI scaling for diagram ruler and model activity tracker

gitlab #137

Change-Id: Icc3cf5cd828aa4580699dde01635b1ea669b0a0c

Merge "Replaceable Defined Component Types fixes"

Merge "Fix to OrderedSetTemplate, preference for autocompletion"

Fix to OrderedSetTemplate, preference for autocompletion

gitlab #139

Change-Id: Ib7b811533cb16d59896f385b964d67b03909364a

Replaceable Defined Component Types fixes

gitlab #83

Change-Id: I581cc150ec8d042868428c1d47da10a3864afca6

String formatter property using SCL function instead of adapter

gitlab #135

Change-Id: Ibecb72ea24a00112c49b8f381ad1fd9b7eee438f

Import org.simantics.scl.tutorial from incubator SVN repo

gitlab #138

Change-Id: Ic3590a2992612847294a0db960e485dd3c7bbbf9

Fixed synchronousness problem in drag event transferable handling

Previously handleEvent would post the event for asynchronous handling
while handling the drag starting via Transferable requires the drag to
be started synchronously within the AWT drag start event handler.

Added syncHandleEvent to AbstractEventHandler to support this.

gitlab #112

Change-Id: I694844fbfc1be74b9f6b620afc8fc441a0ab4d31