Fixed Acorn deadlock during snapshotting

Backported from original change, conflicts occurred
in cherry-pick due to commit 1dfeb7d5.

redmine #7713
gitlab #229

Change-Id: Ibb3e87bb6ab4d13bfb6445bf55e16ca8555bee29
(cherry picked from commit 751ee12501d220832b672dd433655a4d65806fd9)

Allow ExecutorWorker thread pool shutdown

Also made the pool spawn daemon threads to allow shutdown regardless of
whether the pool is shut down or not.

gitlab #29

Change-Id: I680e15407c0fd0586070a212d291efd44dc28f5d
(cherry picked from commit 951846b17c8c02759b7a319b0f2952cafacb8bea)

New parametrisation of OpenDiagramFromConfigurationAdapter.openEditor

The new method allows giving Resource model and RVI arguments for
ResourceEditorInput2 externally.

gitlab #130

Change-Id: I1c70e2e7548047a376b4a8b0f3797a70564f0dc0
(cherry picked from commit 08f4d03f521f01e2482c9dda8b314571ea8c35c3)

Fixed NPE from ConnectionPointNameStyle.applyStyleForNode

gitlab #129

Change-Id: I7d5f3be3cc695e5a6e8f9cf131fcc24b275a5e85
(cherry picked from commit df479ad3f602a36c39374d95c0e205b27c868f94)

Fixed diagram mouse wheel zooming for HiDPI monitors with zoom

SWTMouseEventAdapter now upscales coordinates which previously were just
passed to G2D as SWT API coordinates, not pixel coordinates.

gitlab #119

Change-Id: Icd3e00d1e515007f8573f7910783762a26916615

Added new ExperimentRuns.createRun utility

The new method was added because more control was needed on whether
attachStateListener is invoked or not.

gitlab #126

Change-Id: I7132cb1bd2bd734403382b2d35c169510c8ea433

Small fix for SWTDPIUtil to prevent uninitialized use

gitlab #119

Change-Id: I27779078dca87927b9700a1acc3b26aed7cca308
(cherry picked from commit 1adc3807dea544d29512510dc9546ec65b72e389)

Small but effective HiDPI fixes for platform G2D

* GalleryViewer now scales accoring to swt.autoScale setting
* SWTPopupMenuParticipant now properly downscales pixel coordinates to
  SWT API coordinates
* Default symbol title font size is now 12 which is more readable by
  default now that the font size is scaled more correctly than before

gitlab #119

Change-Id: I1ed83913c66b1ea5f330c714fb828f2e5e12b09a

Added null check for getPossibleObject return value

gitlab #124

Change-Id: Ia5deaafddd4f15c25351feed19d32b4634349544

Added null check after getPossibleType(STR.Component)

gitlab #118

Change-Id: I9b2d5f82ca9eb7a769cde44d925ff93437461175

Fixed SCLCompletionProposal.validate to allow complete matches as well

This fixes a case where the SCL module editor stops showing content
proposals once they fully match with the typed word, which is really
annoying.

gitlab #3

Change-Id: I7b1119bff4cb08063a838a441a628a785344220b
(cherry picked from commit 2790c2eced1ae3e229972ede7173dc6831834760)

ToggleFocusabilityHandler now updates UI state on active part change

gitlab #93

Change-Id: I1e9fd3f5190149529d6b3f9882b238c62745c154
(cherry picked from commit f4b65f5afe961edc8d5e1696f32c8efbb8ea48f6)

Backported StreamingTransferableGraphFileReader 69d8f2b1 changes

These changes add support for reading identities in TG files that have
names longer than 127 characters.

This was first fixed in release/1.34.0 and this backports the changes to
release/1.32.0.2.

gitlab #33

Change-Id: Ie78804976457e1bff86842a09d5d76c727df514a

Backported b75a6bbc for release/1.32.0.2

Previous too-optimized implementation had multiple flaws:
* Index calculation did not have enough parenthesis in it which meant
  that the value table index was sometimes calculated incorrectly.
  This lead to string literal values being read incorrectly.
* Did not take into account string literals longer than 127 characters
* Did not take into account that string literals are modified-utf-8
  encoded and simply decoded them as US-ASCII bytes. Essentially all
  resources with name containing special characters were indexed
  incorrectly up until now.

All of these flaws have been in the code for ages.

gitlab #86

Change-Id: Ibd5ecbaa1cdd1b8be759905bd8c29b9f8e012207

Modified UTF-8 decoding fixes for TG reading and indexing

gitlab #33

Change-Id: Ibd4239b76d1d88fe4303bec9d7cc407d15e8505b
(cherry picked from commit 2bbecd30ee49d821a0abeaf6d417b5a7fdbe015f)

Render last known value in time series chart hairline value tip

Previously if a history item's data stream did not (yet) contain a value
with a timestamp >= than the chart hairline time, the value time on top
of the chart would not paint any value at all for that item. The best
thing the chart can do in such circumstances to prevent unwanted visual
skipping in the UI is to paint the last known sample's value regardless
of its endTime value.

gitlab #85

Change-Id: I362a19b8699c8c4a96240ddfc3fd68a91d6bbd06
(cherry picked from commit e2e0b33c6a7b55c4b0f7a268dd37e545feefc5a2)

Fix target platform name versions to 1.32.0.2

gitlab #80

Async utilities for SCL

* scheduleAtFixedRate
* scheduleWithFixedDelay
* schedule

gitlab #23

Change-Id: I72ab85f4458a17a83fa4de95bc668d8fadac1d50
(cherry picked from commit 3bf1cf8f931ff10ea17f0c92b94cc49eb42d07d2)

System.currentTimeMillis to "Simantics/Misc" SCL-module

refs #7867

Change-Id: Ib7a26a7e982dca3de316cb203763a0f720a12b84
(cherry picked from commit 269ebef90930b55f6bfb61caa559d5df93be67ce)

setSystemProperty function to Simantics/Misc SCL-module

refs #7769

Change-Id: I6e1969bf09f0267b706242ad80b483fd11db140d
(cherry picked from commit 4e4e1a6afd61fb03feaba789d99bd24c0ce68e8c)

Add Future to SCL API

refs #7772

Change-Id: Ibcc74f90e3111b720d8969a393e2b115bbeefd72
(cherry picked from commit 8e8367aa523006cefa590f8cda8ed30818a6eb71)

Added exception safety for createHistorySamplerItem2

gitlab #9

Change-Id: I2a5894b73a638aad3e05ee42d0b10e40d60f3270
(cherry picked from commit 44e8128ac39960e863368b235e81a44303a94633)

HistorySampler.sample(HistorySamplerItem2, ...) now uses mipmapped data

Implemented selection of sampled history data source based on the
seconds/pixel (= timeWindow / maxSamples) ratio provided to the sampler.
This is one way to attempt not sampling too much data for trend views
that cannot inherently handle large amounts of data.

gitlab #9

Change-Id: I8c67068d6e832d33d4ac3adef270d31f1cb0e722
(cherry picked from commit e3940e67813aa0988bdd0fe6161500034e6e7518)

Added another sampling method to HistorySampler

This intentionally doesn't replace the original history
sampling function since it might be used elsewhere.

gitlab #9

Change-Id: Ie7ea8f37f29a5a277a6678e7716e340884d30e69
(cherry picked from commit f3617565a8ffe49d63016f0c1d78e0d4282214b0)

Configured release/1.32.0.2 branch for SDK builds

Worked around Windows FS problems in IndexedRelationsSearcherBase

See https://blogs.msdn.microsoft.com/oldnewthing/20120907-00/?p=6663/

gitlab #19

Change-Id: I0bdcdc4945bde80446da20f18f7e471af0a97c07

Fix for empty cancelled write transactions leaving scheduled updates

gitlab #15

Change-Id: I844dab6a59df56f2097a507bcd6b6d3ec75124b1
(cherry picked from commit 4b3689543c26ac085970dd200218a9a6c122467b)

Fixed version

gitlab #17

Fixed target platforms for release/1.32.0.1

gitlab #17

Fixed ComponentCopyAdvisor to account for L0.TypeWithIdentifier properly

The previous fix done for the same problem in Simantics redmine issue
7842 and commits
c912edf13bf5a91b2f6dc855f54d8728aa0a64f5,
803c42fd316859809eaeb3dc6a88b22cbf86b4b6 and
0cfc6a9b8b186ba432bc6758c089726b1471fd1f was simply wrong. Using
ModelingUtils.needsIdentifier is the most proper way to fix this.

gitlab #10

Change-Id: Id7cdc32a6596588154913fced742d751ce6ba864

Better fix for ClusterTable maps going out of sync

ClusterSmall.toBig was not copying importance over to the constructed
ClusterBig causing importanceMap to go out of sync on the first call to
ClusterSmall.toBig.

refs #7724

Change-Id: I6e56b7f94962de3ec243a9d50775e649f930d0d2

Fixed ClusterTable cluster hash/importance map book-keeping problem

The main problem was that importance values should have been started
from 1 and 0 is considered an invalid importance value. This prevents
ClusterTable.replaceCluster from making mistakes in importanceMap.

refs #7724

Change-Id: Ie15a2d11bef2b8bdbcee2f5baba47633faa97826

Allow changing DisposingPolicy max queue length

Needed to suppor preference-configurability of diagram editor background
disposal.

refs #7863

Change-Id: Ibf9f29dde2c06f5b055bfd42f989368c7573f327

Fixing problems in the database unit testing environment with Acorn

* Removed static map from org.simantics.acorn.FileIO.
  Moved the map into a session service as org.simantics.acorn.FileCache
* Changed org.simantics.db.testing.common.Tests utilities to use Acorn
  instead of ProCore (AcornTestHandler). Did not introduce abstraction
  for this for now.

refs #7855

Change-Id: I92fdce70a1e436cc13af3cf0738a7e227fddd682

Support diagram profile activity store/restore in model export/import

Diagram profile selections are stored in the "profiles" workspace
persistent virtual graph. They cannot be done in the persistent database
because we do not want the profile selections to be part of the database
version/undo history. This just doesn't fit the current way of using
diagram profiles.

The code introduced in this commit needs to be put to use in
product-specific custom export/import logic and copy/paste handlers to
take advantage of it.

refs #7854

Change-Id: Ib996144f1afa376a1563e4309fe41421ee4da529

Use synchronized hash map instead of ConcurrentHashMap in LazyModule

refs #7826

Change-Id: I660f5f3312a7d1db49441f02d55864e36c950d74
(cherry picked from commit fca6027f6beef8081d719b078e80b98fb56f7a8a)

Race condition fix caused deadlock, allow parallel recomputation

refs #7826

Change-Id: Ib0515c2ae7d3e6d1474f991965307969a439baf7
(cherry picked from commit 1c75fce06a3e89c74d3dccd055a7082e9d0375d7)

Fail-safe import can now be disabled with a system property

Use the system property -Dorg.simantics.tg.import.failOnMissingEntities@
to disable fail-safe import by settings its value to true.

refs #7850

Change-Id: I2c29d1795ba0c04b16be1798c237651556326bd9

Improved subscription CSV export wizard page initial selection handling

Now it supports chart/chart group/chart item selections as well to
initialize the subscription item selection.

refs #7849

Change-Id: Idbfbd979116b932f0d54958a63b01142401366a6

Improved network-drive-resilience in index directory creation

In a product, the removed Files.exists(p) && !Files.isDirectory(p) code
threw an exception because the examined path was not guaranteed to be in
a coherent state at the time of examination but Files.createDirectories
would still take care of throwing any exceptions if there were any
problems in creating the directory.

The worst thing was that this exception was hidden and not even logged.
Luckily a problem case forced the find.

refs #7845

Change-Id: Ic3ae84afeb798772996057eee33f7467c448f3e7

Only claim new identifier if instance L0.TypeWithIdentifier

Fixed long-standing bug from CopyComponentAdvisor which added
identifiers for non-STR.Component instances which has started causing
problems in team server products in version comparisons.

refs #7842

Change-Id: Iac3e604993ec579cd8feb443843af944a8fa01f3

Improved usability of shared library export wizard

Now allows selection of the exported shared library from the combo box
and does not allow the user to export any model-browser-selected
resource but only shared ontologies.

refs #7130

Change-Id: I19356805e37242967cb3bec7f26bb96689248d89

Allow client-logic in component type interface property name editing

refs #7838

Change-Id: I17cebd2f303b2713444eeba5b4480657e3fba057
(cherry picked from commit 6bf51de1941aa1dc5ee0a3aa8c50d53168b0c068)

Include Jaxen in org.simantics.scl.feature to keep JDom2 happy

refs #7833

Change-Id: I3848de2b6118dc2cde2da19e762af1a99c809762

Included Jaxen in the platform's external-components

JDom2 requires Jaxen in its classpath to perform non-validating XML
parsing and it is not available at the moment in its classpath.

refs #7833

Change-Id: I961370f9c09c10dd61fe49f0147cd32716f010ef
(cherry picked from commit 7552ff1578c53bb92e7bba8af9d69d50dcdc2f29)

IndexedRelationsSearcherBase possible deadlock with semaphore

refs #7805

Change-Id: I0a3e7d03b648d2b03b187baf171c0c95b4b7abb9
(cherry picked from commit 3826e289058a51d09310b7ba1251e959dc0ed3d0)

Fixed race condition in getValues/Relations/EntityTypes

refs #7826

Change-Id: I30842b6fe067b58c6916679804f56ed20b821ada
(cherry picked from commit 9ea5cf59a4d87c3db3a486e86d7b54efffd5516d)

Export org.simantics.modeling.ui.scl package from os.modeling.ui

refs #7823

Change-Id: I299da65fed3a7670ead3fae1b02ea6166124100b
(cherry picked from commit 3e4f9c4926e49efb26785e47a234de013a7ef15e)

Added more createRun utility functions to ExperimentRuns

The new functions directly take WriteGraph as input to allow clients to
create an experiment run within one write transaction and still work on
it afterwards.

refs #7790

Change-Id: I49c86df960ec9a42d7dfa3fdba95315398ec6f65
(cherry picked from commit 52f757730dc0355e187d36e745cb7b57375766ee)

Fixed InvertBasicExpressionVisitor.invert to keep inverted value type

Previously the code would convert all Number-values to Double instead of
passing the inverted value to Variable.setValue in the same type the
original non-inverted value was in.

refs #7777

Change-Id: I78771698d3e2222ede47969e3cceea2166c23a75
(cherry picked from commit 4f743d81482d51262a7bc07d2a4874cdd0856a17)

(refs #7771) Fixed invalid inline

Change-Id: I7b28d6915e792bc9fe858c701d1138f9082dcea3
(cherry picked from commit cc611d5d42a8d44c967dccdc201e0569b692e0c9)

Remove fixed "testlog" as client id and read from system property

refs #7768

Change-Id: I673f29eccc06c8375811fe5da557d506737209c2
(cherry picked from commit 59fb587c2dae32a2e865c9198aa20ffcad7f3c7f)

Fixed SCL Console Clear Console active-state when imports are erroneous

Current imports were set too early in SCLConsoleView which before the
SCLConsoleListener that enables the buttons is registered.

refs #7727

Change-Id: I7cb0645bea5dc48a4ad54f2147c83cb8dfb2f35f
(cherry picked from commit dbe0a77f0869111219b69d412d0bb90d17c391c1)

Added syncActivateModel function for deterministic SCL script execution

syncActivateModel works directly by invoking the old activeModel
function and then waiting until all related activities are finished by
using the old trusty Simantics/Misc/syncGraph function.

refs #7730

Change-Id: Ib75bc3c33e1dcf6b5c46d61dffdcd106f451730a
(cherry picked from commit a0c282689925d3b29dbb5239426163decc61689d)

Fix opening of SCL-definitions

refs #7733

Change-Id: Iffab8f3330d2b491c6ec29728271c2f1a260d3b4
(cherry picked from commit bcf2330da2396b0fab4d01e0e41cb8cb8fee84ac)

Fix annoying editor focus jumping with Ctrl+Shift+D/M

refs #7733

Change-Id: Ie3fd1bb97b67de77b3a6e82bc5690835caec08e2
(cherry picked from commit de6536eb0ff08cf9b3f75a25b35ff44b33a6038b)

Fix rollingFileAppender fileNamePattern in logback.xml

refs #7740

Change-Id: Ibcc6f3b19f4d159ee75a42640f000299061ac5c9
(cherry picked from commit a4db45c33974b536813afb60c3f7f0f1a8bfc9fa)

Add RollingFileAppender to default logback configuration

refs #7719

Change-Id: I2e04f76b3b5ce13f984e796901bf76ac81f8766a
(cherry picked from commit f8324fc5a564f6eb45af8318471cb7197490f74e)

(refs #7746) Fixed applications with intermediate effects

Change-Id: Ida2b7c8e96cbfd45361838e69900a7307e69e343
(cherry picked from commit e515d1fda563f0fa3b8b71f9099696cf49a06d25)

Fixed index query regression in L0.Entity instance queries

L0.Entity queries no longer returned any results after the changes done
in #7415.

refs #7753

Change-Id: I7f24b200b410606f93b5f8be7dd0c50de4fd7097

Fixed org.simantics.modeling.tests to be a normal plug-in

Previously Tycho's pomless build seems to have thought
of it as a test-plugin automatically because of its name.

refs #7422
refs #7712

Added org.simantics.modeling.tests to org.simantics.sdk.feature

refs #7422
refs #7712

(cherry picked from commit 2d4412b39adec45db06b74948ba835ea1449b699)

Moved org.simantics.issues.ui.ontology to org.simantics.issues.feature

org.simantics.issues.common depends on org.simantics.issues.ui.ontology
now anyway, and the ontology plug-in, albeit is UI related, does not
have any direct dependency to any UI code anyway.

refs #7720

Change-Id: Ie42682895cb7de1a455f849f2ea481317144b4f7
(cherry picked from commit 91469ec9b9d3fea2767f44adb75fe3bc009efbe3)

Added migration step implementation for changing InstanceOf statements

refs #7717

Change-Id: I0f427b5f222feae9b74d9e2d3d82becb0cda46af
(cherry picked from commit c13c4179bda758e77fe1f2032d3c4268bb9e3120)

Use transient listener caching for NodePropertyTester requests

refs #7718

Change-Id: I6ccb4ef720c4fe8677c78e58fe7ee273caa7ddae
(cherry picked from commit 72186a982dc8b076bef48313fbbd22ecc78c08bc)

Added Variable/Resource type information for DnD'd entities to JSON

refs #7715

Change-Id: I238e9b036a9c781ef8910bd5d6125b220e32f41e
(cherry picked from commit f94662db8f48e79c706844ace3692734dd6c2f48)

Export auditlogging package & fix server address prefix check

refs #7684

Change-Id: I8d6cb285256d9fa909cae7c458b04be4290db54a
(cherry picked from commit 5d11e5fb4cbf16686caa91a4ae7df7c1116ee87e)

Minor NPE fix for auditlogging

refs #7684

Change-Id: I86f892bf133b1965d9631ce82ddf02b78ec88a5a
(cherry picked from commit aaa0aa90d9fdfc8350e36da4e0629c3f5916f68c)

Configured release/1.32.0 branch for SDK builds

refs #7422

Change-Id: Idc14a640e531768df289e3f6eacfae52d9431166

Improved exception message

refs #7422

Change-Id: I5179ed29a7b660f4574101f5358820a860e66c72

Fixed MigrationUtils.importTo root activation to use virtual graph

Also made the activation optional based on the new migration state key
MigrationKeys.ACTIVATE_ROOT_IF_NONE_ACTIVE.

refs #7686

Change-Id: I8b7c5868231c3b258bb1ad7f63fa96ba42390f24

AuditLogging improvements for easier unit testing

refs #7684

Change-Id: I6f4b10d2344b4588582f2558b9fda75f6d20145a

Fixing duplicate entries from SCL search result page

refs #7683

Change-Id: Ie57502323d18be7106f1264688b2a500bc37465d

claimWithInverse & possibleInverseOf function to DB.scl

refs #7709

Change-Id: I2869df644ca01b77212d34ffbf11af85c3da7946

write method to Files.scl

refs #7707

Change-Id: I9c7e249461da388b94d3b12af48f17523cddddf5

CDATA support to Data/XML

#7708

Change-Id: I6a2e9e05b4f79e83a11b4051658832053feadff9

List SCL references in order of reference location in search results

refs #7683

Change-Id: I8842ffad7133a4dddf98e691f741ba8dbe48a95c

Add more Throwable & Exception handling functionality to Prelude

refs #7705

Change-Id: Ie335d3e8f7dacb0da66d0bb1491862fb054c61cb

Added <Proc>-effect for function pmap in Async module

refs #7703

Change-Id: I435c69382b0e7a242c393f8529fd6ca40b4a68ed

Added a new function pmap to Async module

refs #7703

Change-Id: I848203393d115a0c8f9bbbfbf80e47f35f17616d

Fall back to HasName if HasResourceName not available for GraphFile

Also adding watching of externally opened files and writeback for data
changed by the external editor

Now with hashed URI based filename

refs #7699

Change-Id: I2eadb539d599b0e55840e0fd7f141e44004833fc

Merge "Print console messages to IDE by default"

Fixed a bug related to the extent of variable frames (see test case)

refs #7698

Change-Id: I18879f6cffb9f796f673f697711249c962b1e073

Print console messages to IDE by default

#7697

Change-Id: Ibb08764c4d41f17cd7bc084b6d1b99ed2af09bdd

Move scaling of SelectionNodes to upper g-element with transform

refs #7696

Change-Id: Ibc4502c9adad9be6fb71801b042ec8464baac283

Add missing feature requirement from o.s.tests.modelled.ui.feature

refs #7694

Change-Id: I70eaafce289ec07dc77282f239798da4e53d2022

Compilation of SCL expressions from SCL

refs #7695

Change-Id: I053be9e6d4197ad563a31f09e21c6bea89c3e5ed

Generic HTTP REST Client/Server AuditLogging framework

refs #7684

Change-Id: Ia861758f0e23a4bc55edeffd946030fff4e52121

Use listener as listener in TimeoutingRequest

refs #7692

Change-Id: I94aafae16131f3d7a9c688d3861db5b3f56dea1b

Read previous BTree modification count from the graph

Modification count is used when generating unique names for the
resources. We should continue from the previous modification count
whenever creating new BTree object to work on.

refs #7690

Change-Id: I446af8ad22157a1c64c984071ae6c36cae374935

Fix possible NPE in SCLExpressionIssueProvider

refs #7689

Change-Id: If7c4cad3b5ae238d90dd03e1d40f2aec2f597276

nameOfFile into File module

refs #7687

Change-Id: Ieebb374f811c3d9641065fdd3d8e34c631988eb7

Fixing missing eclipse.search references.

refs #7688

Change-Id: I047e913267620c2c3fc59ddd311f87f022b957ee

Disable model activation during model migration

refs #7686

Change-Id: Ide98ff661dba6b863923ebe4ca795bf03d77a2e1

Find SCL references in SCLModuleEditor with Ctrl+Shift+G

Add missing .project-file to org.simantics.scl.ui.feature

refs #7683

Change-Id: I2faf6c39b74a011e841704a6c7ff54aa0fdf9763

Find SCL references in SCLModuleEditor with Ctrl+Shift+G

refs #7683

Change-Id: I553e61518a16f2b711b82f41576e07b3f99df1ba

DB client state gets corrupted

refs #7685

Change-Id: Ic6a8b7f2f9e327c8aba774a86f834d160a9c4c66

First test on Simantics documentation using gitbook

Only few parts transferred and somehow quickly reformatted for now.
Lots of work remaining.

refs #7674

Change-Id: I1cf8b6a3da5ec14064f79d0a0c765899be1d8872

Replace OrientationRestorer TimerTask usage with ScheduledExecutor

Timer can exhaust the system with TimerTask-runnables that are queued up
e.g. during computer hibernate and sleep. According to documentation:

If an execution is delayed for any reason (such as garbage collection or
other background activity), two or more executions will occur in rapid
succession to "catch up." In the long run, the frequency of execution
will be exactly the reciprocal of the specified period

With heavy tasks this is very bad

refs #7682

Change-Id: I5a097c8bc5e1ea2a5abe30905b2a46fa8b8386f8

HTTP/Client SCL module for HTTP requests

Also adding builtin type for Class in SCL

refs #7681

Change-Id: Id794bfce7ff5deb3e13127dfa9107bc31aceef30