Databoard and SCL enchancements.

Mapping for generic java.util.Map and java.util.Set references.
Moved databoard-related SCL definitions to a new Databoard module.
Added documentation string to Databoard.scl.
Added a few SCL bindings to potentially useful methods in the Binding
class.

refs #6738

Change-Id: I07369ca5a5ae23966b11ce5ff9787ab07e38af29

Merge commit '55ca14c'

Sync git svn branch with SVN repository r33303.

refs #6740
refs #6726
refs #6739
refs #6735
refs #6731
refs #6730
refs #6729
refs #6728
refs #6724
refs #6701
refs #6669

Improve Databoard's dynamically typed data capabilities.

refs #6738

Change-Id: Iddbcf7e875aefa1bc70430b918cef3656ad97501

Merge commit '0580ea8b675c868685993b0780c9ecc31010f681' into master

refs #6726

Merge commit '3b5069d' into develop

refs #6726

Sync git svn branch with SVN repository r33290.

refs #6726

Logger fixes after merge commit:fdbe8762

refs #6724

Change-Id: I4559a65783b104aadbf8a5797aa6b3edbe128fea
(cherry picked from commit a0b1831418eba8870ca849ef2cd85823aa7bfa0a)

Logger fixes after merge commit:fdbe8762

refs #6724

Change-Id: I4559a65783b104aadbf8a5797aa6b3edbe128fea

Merge commit 'bf75fd9'

Resolved conflicts:
bundles/org.simantics.charts/src/org/simantics/charts/Charts.java

refs #6724
refs #6723
refs #6704
refs #6495

Sync git svn branch with SVN repository r33269.

refs #6724
refs #6723
refs #6704
refs #6495

Add Koloboke API and Koloboke Compile to target platform

refs #6725

Change-Id: I279092cc2136525bf6098502eeb75f4affd8bad9

merged svn r33251, contains graph.tg changes

Merge commit '9d2bb8d'

refs #6684

Sync git svn branch with SVN repository r33251.

refs #6684

Fixes for non-compiling code after merge 5930811a7

Merge commit 'ffdf837'

Resolved conflicts from:
bundles/org.simantics.db.procore/src/fi/vtt/simantics/procore/internal/GraphSessionVirtual.java
bundles/org.simantics.db.server/src/org/simantics/db/server/internal/SessionI.java
bundles/org.simantics.db/src/org/simantics/db/Database.java
bundles/org.simantics.db/src/org/simantics/db/service/ClusterSetsSupport.java
bundles/org.simantics.modeling/src/org/simantics/modeling/SCL.java
bundles/org.simantics.workbench/src/org/simantics/workbench/internal/SimanticsWorkbenchAdvisor.java
bundles/org.simantics/src/org/simantics/SimanticsPlatform.java

Sync git svn branch with SVN repository r33249.

Upgrade pdfbox to 2.0.3 and fastutil to 7.0.13 in target platform defs

Change-Id: Id16d9d58850a655efc5fbe779ea11233ab2d4fb8

Merge "Upgrade pdfbox to 2.0.3 and fastutil to 7.0.13."

Upgrade pdfbox to 2.0.3 and fastutil to 7.0.13.

Change-Id: I46b772c2a6c15347d33564f87ae2d52b095444e4

DB-client fixes

* XSupport.rollback for checking if database rolled back
* Separate read and write directory setting and updating in
ClusterSetsSupport

refs #6710

Change-Id: I3395c7042ab3faf2291ed215d4e5830d80b6d2fa

Work around one active experiment per model limitation for FMI studio.

refs #6711

Change-Id: I78a98ca08b81828a728f8bd0ab4c338a064a04fd

Fixing SpreadsheetBookRemover to not fail with URIless resources

refs #6568

Change-Id: Idcf961b7d21ad29fd94010013590e555eaba4c5b

Acorn: Fix WriteRunnable.runReally() and other fixes

Lets hope this crlf thing is over after this

refs #6709

Change-Id: I4e69d8eebf790c2bf4352c1bc8130ba62f126d2f

Merge commit 'd1a82fe'

Allow selection of modules to rename through checkboxes and Select All/Clear Selection buttons.

refs #6708
[PRIVATE-11320]

Allow selection of modules to rename through checkboxes and Select All/Clear Selection buttons.

refs #6708
[PRIVATE-11320]

Merge commit 'bb1507f'

Sync git svn branch with SVN repository r33219.

refs #6706
refs #6704
refs #6702
refs #6701

Utilize slf4j

Changed System.out/err prints to use logging in several places. Removed
org.simantics.Logging and replaced all uses by slf4j.

Change-Id: Ib0a9f4f87b945fd59130a9dfd02fe02d39ee0eac

Changing existing log4j logging to use slf4j

Removed org.simantics.utils.logging.{Logger,LogManager}. Anybody using
those should just switch to using slf4j. Removed their use from
org.simantics.spreadsheet.graph.

Also changed org.simantics.utils.FileUtils to use slf4j instead of
log4j.

Also added .keep to org.simantics.logback.configuration/src folder to
help it compile properly.

refs #6705

Change-Id: Ib6d78ee964e0a05aedb332167456aee4eea2a4d7
Signed-off-by: Tuukka Lehtonen <tuukka.lehtonen@semantum.fi>

Adding configuration logging for Simantics platform with SLF4J and
Logback

Adding logback.xml file to org.simantics.logback.configuration bundle
for configuring logback logging

refs #6705

Change-Id: I67abe04ed0d6a54b6a45fb3591bbb6b5a3991b2a

Changed database driver of TestSCLOsgi to acorn

Change-Id: Ie8d92025bb3976a210a8f4d36a0e2d74eea5eb09

Automatic execution of SCL tests in Maven

This includes both compiler tests (in
tests/org.simantics.scl.compiler.tests) and a test that checks that all
SCL modules in org.simantics.sdk feature compile (in
tests/org.simantics.scl.osgi.tests).

This commit contains also some modifications to make all SCL
modules compile:
* Disabled Data/Json, because it does not compile (missing jackson)
* Committed away Simantics/Image/linkImage

Change-Id: I22a460d756f65139971f1e7d2cc8624a7a6b8ffb

Merge "More Enhance logging for Simantics platform with SLF4J and Logback "

More Enhance logging for Simantics platform with SLF4J and Logback

Changing pom.xml to override generation of ch.qos.logback.classic

refs #6705

Change-Id: I512378d6a583b062c74bffc8c46b743eb2d68305

Enhance logging for Simantics platform with SLF4J and Logback

Fixing typo in feature.xml

refs #6705

Change-Id: I2984a5017265389ebede223111c8d78627117ada

Enhance logging for Simantics platform with SLF4J and Logback

Include the new logging bundles in org.simantics.rcp.feature.

refs #6705

Change-Id: I0711950cbb858a1bbcf0b3a14f648b98707dc1ca

Merge "Open module when pressing F3 on import or include declaration"

Merge "Rebuilt graph.tg with latest graph compiler version"

Rebuilt graph.tg with latest graph compiler version

refs #6692

Change-Id: I13172185137f8b6164efdf235d18d6e0d288f784

Open module when pressing F3 on import or include declaration

Change-Id: If53a968b8a29a7c6a18ae9f1e44bac06df13bbd4

Check that do block is not empty.

A new check is needed, because parser was modified before
to allow empty blocks.

Change-Id: I7fa51c7ef25cae6a51e69f9a39378780094c0d8e

Fixed target platform e4 tool location content.

Change-Id: Ic4a58eebb4cf864db0d4c4cc6cfee361c635a13a

Merge commit '12468c2'

Sync git svn branch with SVN repository r33219.

refs #5039

Merge commit 'a371783'

Sync git svn branch with SVN repository r33218.

refs #6692
refs #6568

Merge commit '8e4e41fa135641b23f68e205832e0696951c5f63'

Sync git svn branch with SVN repository r33216.

refs #6653
refs #6699
refs #6700

Merge remote-tracking branch 'origin/svn'

Change-Id: I6de2fe5c0e54e45498ef01e5ee398325dee1a2a7

Merged changes from SVN

Merge "Small improvements to statement collision reporting."

Merge commit '621bec7'

Sync git svn branch with SVN repository r33205.

refs #6692
refs #6695

Small improvements to statement collision reporting.

Change-Id: I18469fcc69d11f1fcd652ad7f8ffd52496064d30

Merge commit 'fd452722e97db9cf876f4f03a9e44fe750625a92'

Sync git svn branch with SVN repository r33203.

refs #6695

Merge commit 'a4c65e9'

Sync git svn branch with SVN repository r33200.

refs #6493

Merge branch 'master' of ssh://www.simantics.org:29418/simantics/platform

Merge commit '728147df5d63a3333daff3d8c0e9bfd4f5597e3a'

refs #6694

Sync git svn branch with SVN repository r33199.

refs #6694

Fixed the version range of ANTLR dependency of graph compiler

Change-Id: I80f240a913ef4f5d7d2aa839c53c595d75b2e4dd

Merge "Rebuilt graph.tg's with latest graph compiler version"

Rebuilt graph.tg's with latest graph compiler version

refs #6692

Change-Id: I9cda9b562958aff6b3edc647c5f882718204f1e7

Merge "Check statement collisions"

Merge commit 'd11239c402eec37ba28edcfa7ea6ca7c1f01147f'

Sync git svn branch with SVN repository r33198.

refs #6688
refs #6692

Check statement collisions

Added a new validation step that checks whether the result
of graph compilation contains the same statement more than once.

Change-Id: I3d1f5941048d62538e4f732f30cd55099a015513

Merge commit '2bcb7e8598e769cf21fa6525fc244e1da3eceb31'

Sync git svn branch with SVN repository r33196.

refs #6692

Resolve a clash between two implementations of org.w3c.dom

The bundle org.apache.batik contained its own version of
org.w3c.dom and other basic xml packages. This change
adds javax.xml as a required bundle for org.apache.batik
and removes corresponding import package declarations.
Import package declarations didn't work because of
split packages.

Change-Id: Id49851c63e37ebe12cb9dbab557dc0b3a32b7f58

Merge commit '606a8f7'

Sync git svn branch with SVN repository r33191.

refs #6685

Merge "Added target-folders that Maven creates to .gitignore"

Added target-folders that Maven creates to .gitignore

Change-Id: I1cb9ff5b0bee6cfd21f12e0a08d73dd3b989ac98

Merge commit 'b809a171b6dfb81ed9ef9e84870dcbcbc5912f0e'

Sync git svn branch with SVN repository r33189.

refs #6653
refs #6684

Merge "Small SCL changes"

Merge "Removed standard xml packages from apache and import them from elsewhere"

Merge "An initial implementation of Json module."

Small SCL changes

Removed error message from subsumption constraints that
cannot be simplified away, because the simplification is not
working correctly in certain standard cases.

Removed Json2 from StandardLibrary

Small efficiency fix in Prelude

Check if the input block expression is empty in ExpressionEvalutor.

Change-Id: I1b1843cb7847886618aea5063aff53fef35814cb

Removed standard xml packages from apache and import them from elsewhere

Change-Id: I9499e63a4905bea38461d9ead48dcea68ea6f77b

An initial implementation of Json module.

Change-Id: I33668d8cfdcafd91f7f205a49d5660337f2f0c46

Add missing external dependency plug-ins to SDK build platform.

refs #6475

Add missing external dependency plug-ins to SDK build platform.

refs #6475

Added org.simantics.fileimport{,ui} to bundles POM.

This fixes the SDK build.

refs #6475

Added com.fasterxml.jackson.core.jackson-core version 2.8.2 to ext-deps

refs #6683

Change-Id: I187c6edff7e58e26093a879b4f184c38f02ac663

Refresh native part of org.simantics.fastlz compilation instructions.

Added Visual Studio 2012 solution/project for compiling with Microsoft
Platform SDK for Windows Server 2003 R2.

Renamed libfastlz-darwin-x86_64.jnilib to libfastlz-darwin-x86_64.dylib
since .dylib is what System.mapLibraryName adds to library names. Also
updated compile.sh to produce .dylib on Darwin.

Removed LZ4 codes from the native codebase, they are already elsewhere
and don't belong here anymore.

refs #6675

Change-Id: I8dc95c5f91bc906c627b47e32ee1b9d1b6a4cb6d
Signed-off-by: Tuukka Lehtonen <tuukka.lehtonen@semantum.fi>

Merge branch 'master' of ssh://www.simantics.org:29418/simantics/platform

Merge commit '0e8cf1e'

Sync git svn branch with SVN repository r33184.

refs #6621
refs #6679
refs #6682

Merge "Re-implement URIStringUtils escape and unescape using Unicode"

Sync git svn branch with SVN repository r33176.

refs #6677

Sync git svn branch with SVN repository r33176.

refs #6677

Re-implement URIStringUtils escape and unescape using Unicode

Now escape only performs the absolute minimum amount of escaping
necessary. All String inputs are treated directly as UTF-16 characters
and only the smallest amount of 7-bit US-ASCII characters are escaped.
These characters are " ", "%", "#", "/" and "&". All other unicode chars
(> 127) are written directly as is into the escaped output.

The main effect of this change is that Simantics database URIs will
contain much less escaped characters than before. Since we always deal
with Java String (Unicode) character sequences in Simantics and these
URIs are only valid within Simantics, this approach doesn't really cause
any problems for us.

This implementation is not in accordance with RFC 2396 - Uniform
Resource Identifiers (URI): Generic Syntax but it works for us.

refs #6673

Change-Id: I5279f68993a087b856d58c36d63427562ea1d1e4

Fixed og.simantics.backup.ontology/build.properties

It contained an extra plugin.xml row which doesn't exist.

refs #6475

Added missing bundles to pom.xml.

Missing: org.simantics.acorn, org.simantics.backup{,.db,.ontology}.

refs #6475

Merge "Some Acorn improvements"