Fixed org.simantics.lz4 to use bundle data area when running in OSGi

Previously org.simantics.lz4 would always extract the native LZ4 dynamic
library to java.io.tmpdir which is plain stupid. Now when running in
OSGi environment, we simply extract the file once to the data area and
reuse it from there.

Further development could even use the MD5 sum of the lz4 DLL to extract
every version of the DLL only once to java.io.tmpdir but I'm saving this
for later.

refs #7578

Change-Id: I50566999749b20cca6d56ab52e59101ec3a7b6f6

New graphSessionGarbageCollector.gc method with progress mon + ReadGraph

refs #7579

Change-Id: Id550fa67c90d1cf02d7b5f3e707b5e770dce9eae

Prevent StringIndexOutOfBoundsException when resolving issue path

refs #7577

Change-Id: Iaeac31b4d83a972fbcef8f3742321b9c0af219aa

Collect model dependencies in reversed topological order

The Previous implementation did not produce reversed topological order
for the following dependencies: Model->A, Model->B, A->B, if B was by
chance visited before A.

Also made the dependency collector public.

refs #7572

Change-Id: I4056edc6b011f76911932dea1f79404c96deaaab

Merge "(refs #7574) Trivial implementation of resolve in EAmbigious"

Merge "(refs #7573) Provide typeable with functions with three effects"

Merge "Add character highlighting to SCL module editor"

Merge "Support dependency embedding in generic model export/import"

Support dependency embedding in generic model export/import

refs #7572

Change-Id: Ia839aaecccf1a100b2141f518ad787d3f8d19884

(refs #7574) Trivial implementation of resolve in EAmbigious

Change-Id: I0fb8abdb5e35d263d2c341183aff4c546b4efac6

(refs #7573) Provide typeable with functions with three effects

Change-Id: Ieb45cab86a20080ac3c453c6e5cf37edb665cad4

(refs #7570) Don't write change metadata for virtual properties

Change-Id: Ib91b260eeba072a3e515fe3102ae98be521d90d4

(refs #7571) Fixed incorrect handling of effects in edo

Change-Id: I6ba1b4d8690a726d08abf4be62309b51555f9743

Add character highlighting to SCL module editor

refs #7569

Change-Id: Ic97b0fc3a1c262cfe1a46a13a7ffc6462950a314

Skip archive creation for P2-repository builds

There is no point in creating an archive of the P2
repositories created for repository and product builds.
This shaves a few seconds off of the total SDK build time.

refs #7396

(refs #7568) Reinitialize diagram editor when element is switched

Change-Id: Id8fe0e1b0704fae35336525263b76c7c540489f0

Merge "(refs #7567) Added throw function to builtins"

(refs #7567) Added throw function to builtins

Change-Id: I273e5c85b4a842e0ce4dc1603800742f9fbb6ea5

Wait for pending transactions when loading scene graph provider

Prior to this asynchronously applied styling was missing from exported
diagrams.

refs #7566

Change-Id: I2fd927ef2b65831fa9fc431a7430a2df7ac8ed6d

Declare asyncCount volatile since it is accessed from multiple threads

refs #7565

Change-Id: Ibea9155356882beb74e330ec8ed8b03bee3cbb15

Merge "Minor fix and optimization for exporting TG and Pgraph with sharedlib"

Minor fix and optimization for exporting TG and Pgraph with sharedlib

refs #7547

Change-Id: I99cd747639430fa195dafdd1923a3257eb72be43

(refs #7562) Procedural SCL modules

Change-Id: I299d723990673d945e67d46615edf90b55c6e8e6

Closing svg tag not added by SCLScenegraph

refs #7558

Change-Id: If6ee7826972165584f93e2ee5acc60b1a9286324

Merge "Generate tidier SVG from diagrams"

Merge "Workaround for missing selection highlights on SVG diagrams"

Generate tidier SVG from diagrams

Also moved rendering hints to more appropriate class.

refs #7557

Change-Id: If97b08ae82db111858b8350266b446b56114a30b

(refs #7561) Allow extra parameters to the application of type alias

Change-Id: I02da6fe19a96d110bfcd43516c893fea40082cf1

(refs #7560) Deprecated Extras/HashMap

Change-Id: I52d47de5eb16ce29720fdcf346356d5940dbf403

(refs #7559) Fixed location information for import declarations

Change-Id: I4c8af1bf5cfef9ab7d65e06d95a7fa139b92eab9

SceneGraph NodeEventHandler should work in headless environments

refs #7556

Change-Id: I4c217d20cc1b96357276e72c59a228120ec5a607

Workaround for missing selection highlights on SVG diagrams

refs #7555

Change-Id: I6ebd46e449f0cd165b9c2b49a95ddb9a62d63d15

Cluster loading problem fix made by Antti

It was possible that at first a proxy cluster was created and that was
used after the initial cluster was created. Therefore ensure that
proxied clusters are actually loaded. More technical details from Antti

refs #7554

Change-Id: I2867eddb69addba7f24b7c5d1bd4825c94f7aa75

Mark Lucene Index Creator threads daemons

Also protect against a potential NPE in
IndexedRelationsSearcherBase.initializeIndexImpl.

refs #7553

Change-Id: I516eecfa758b532b824693e9c6a2449a18a65a69

Only validate adapter definitions against schema in development mode

refs #7552

Change-Id: I107e25931fecc922b73586b97ce9be1cda4ecb7a

Improved tracking and disposal robustness of DirectorySizeTracker

refs #7551

Change-Id: I2844c5d53a365d2f69aee169772e97e09dbda815

Adding Marker-support to Logging-module

refs #7549

Change-Id: Iaaccb4eb6b127753b2f0fed261fef6e0e3821cff

Added Eclipse-BundleShape MANIFEST.MF directive where needed

refs #7550

Change-Id: Id2a86fae1c5b98e5cb740b2b09258dfeb2735034

Option for exporting tg and pgraph with sharedlibrary

refs #7547

Change-Id: I3cf58e84c05d2ea220bc41a47956c7c56142dca0

Diagram to SVG was rendering removed elements

fixes #7546

Change-Id: Icf6121c4d9792fc32b155bc2f68549e615970b7e

ConstantLabelDecorationRule to avoid Display in creating FontDescriptors

refs #7545

Change-Id: I921a8f43129cb9710f6c5db0842c174ee802ab81

Fixed NPE in TimeSeriesEditor.ActiveRunListener

refs #7544

Change-Id: Id9ba7f7d698b3a98b44cae80173fb686971658c0

Merge "possibleVariable from resource into SCL"

possibleVariable from resource into SCL

refs #7543

Change-Id: Id0720a95bdc912043c2ecebe69ca7192098731ee

Configured platform build to produce pack200 artifacts

This improves download times of platform artifacts from platform
sdk P2 repositories for all consumers.

refs #7396

Added qualifier to org.simantics.sdk version

This change was required to make the Simatnics SDK contents update after
the SDK contents are changed in some way. Otherwise local bundle pools
will not get updated easily.

refs #7542

Change-Id: I00d3df96eab2aedc690beb58551b4a71d537ad2c

Added .qualifier to feature version to force the features to update

The contents of the features have changed in the past but the version of
the feature has not updated so users' local bundle pools still contain
old version so the feature bundle.

This touches org.apache.lucene4 and com.lowagie.text features.

refs #7542

Change-Id: I2d5c50f0eaca55b907a0233c9e405e12a91aa336

Merge "(refs #7541) Added support for module deprecation"

Merge "(refs #7508) Edo and modified mdo under edo feature"

(refs #7541) Added support for module deprecation

Change-Id: I61eac59be8891aabc00e0142f6ef812c6ddba922

(refs #7508) Edo and modified mdo under edo feature

Change-Id: I37c9a0e09ef436f29a5fcd92d7f10f14671059c0

Merge "Listenable queries in SCL"

Listenable queries in SCL

refs #7540

Change-Id: Ibd25a6ac59316ad5a4876881a3af43551e740223

Support using a DB baseline for faster program startup.

Use by specifying the JVM argument

    -Dorg.simantics.db.baseline=<path to baseline zip file>

where the baseline zip file must contain two directories:
* db/ which contains the initial database version
* .metadata/.plugins/org.simantics.db.indexing which contains the
  initial database index

During baseline initialization, the specified zip file is extracted
directly at the root of the workspace directory.

The baseline file is hard-linked/copied under the workspace root as a
file called `.baseline`. If this file exists, it indicates that the
workspace has already been initialized from a baseline archive and
should not be initialized/updated anymore.

Limitations:
* Automatic ontology updates or installation of new ontology plugins is
  disabled when a database baseline is in use.

refs #7211

Change-Id: Id67156c65047b429af71e0eab83b31a5d2fd5117

(refs #7536) Implemented deconstruct in CallJava for static fields

Allow use of uppercase static fields (and enums) imported from Java to
be used in pattern matching

Change-Id: Ifb647c18fe66904c190ffc3b27ca65e606333435

Add support for dependency changes in SCL

refs #7534

Change-Id: Ia5a28f64d5b9f3cec12642fcacd364db8e14db3a

Remove merge semantics of CommandContext keys

refs #7533

Change-Id: I2b1ff40aa64fbb10d215641962866dad634df472

Merge "(refs #7535) Allow only selecting models in the model export"

(refs #7535) Allow only selecting models in the model export

Change-Id: I5bf76ab83e9556b9eed580bee3f68dadcdc5f0f0

(refs #7532) Changed the context of FunctorM from Functor to FunctorE

Change-Id: I3d4e4d430a79f118d5b69426d02a24ccbbf345ce

Merge "(refs #7531) Functions first and last to Prelude"

More robustness fixes for editing of texts inside SVG elements.

refs #7458

Change-Id: I5cd30ed29229147b2dd1adf3862f1cd2cea99f60

(refs #7531) Functions first and last to Prelude

Change-Id: Ic8839efc97a619658e570f435c23ac0c1d9b3e18

Fixed incorrect interaction of EAmbigious and TMetaVar.setRef

refs #7530

Change-Id: I6b06e164861fd5eaf7dba9377311106133dd775f

Removed interrupt button from SCL Script Output console

The button is useless since it can only support commands executed with
the console's own CommandSession and in this case commands are always
executed with other fresh CommandSessions.

refs #7528

Change-Id: I75091b4664fc055880a6c66ae7ee0737915aa311

Made SCL Console font configurable through preferences

The implementation is in AbstractCommandChannel so it touches all SCL
console, SCL Script Output console included.

The default font is now Courier New-regular-11 which is one size smaller
than before.

refs #7529

Change-Id: I421c3fc299d37c15ea05aa469b7163d4aec66624

Added SCL Script Output console view.

refs #7528

Change-Id: I2a6230c39ca4f292866125911b2b5c74da6362ff

Merge "(refs #7508) Added missing effects in the simplification of EBind"

(refs #7508) Added missing effects in the simplification of EBind

Change-Id: I648db6332ebc7d6501dd07c44271bab0b5ab7857

Updated release engineering instructions for 1.31.0 release.

refs #7396

Change-Id: I7bc6ec740e48407f4fe4495b62a97f6bb67199bc

Fixed NPE problem from org.simantics.browsing.ui.swt.widgets.Button

Also fixed
org.simatnics.modeling.ui.chart.property.BooleanPropertyFactory to not
return null as Boolean selected.

refs #7527

Change-Id: I5f641141ce23ae214b775ccdf57cf55193491a61

Merge "(refs #7526) Allow population of UC to diagram directly"

(refs #7526) Allow population of UC to diagram directly

Change-Id: I23b480f326107baaf0996e9da8c2670caab0585f

One more dependency for SCL REST server (JAXB annotations)

refs #7374

Change-Id: Ic70f7842bde3da2ad5d439efc381a5c15decd9eb

Add missing dependencies for REST server and include to desktop-feature

refs #7374

Change-Id: I3c86f071820657d5582bb1240b19db9527497ee3

Merge "(refs #7519) Added old constructor back to ConnectionVisuals."

(refs #7519) Added old constructor back to ConnectionVisuals.

Change-Id: I3eecd6e8cd8099f5c48e4096136e41bcf9670dff

Allow special category treatment for any predicate

refs #7525

Change-Id: I69b3e64d2d01bd7688f689b4f6facab96a87f127

Supply SVG text editor with element measurement context

refs #7520

Change-Id: Iea98f28077efb628fee588df4d8cab64906add30

Merge "Supply SVG text editor with element measurement context"

Merge "Adding SCL REST server feature and including to SDK"

Adding SCL REST server feature and including to SDK

refs #7374

Change-Id: Icca0e7e5cf57004d7400ed8984632f5cca036562

Supply SVG text editor with element measurement context

refs #7520

Change-Id: Ie72bc282f98b2545fed14ff6bd55fb10198e0151

Merge "(refs #7521) Added FunctionalRelation types to properties in graphfile"

Merge "(refs #7524) Set Refresh automatically as default in SCLConsole"

(refs #7521) Added FunctionalRelation types to properties in graphfile

Change-Id: I7309b87a7c2fa5f9fda4601eb29fb8278371cd9a

(refs #7524) Set Refresh automatically as default in SCLConsole

Change-Id: Iddeb05a729d49be1238aa895d5ecc0e17fdb7d53

Update diagram element graphics when symbol graphics change

refs #7523

Change-Id: Ia600c55dbf607a657dee4ad1adb8a02c488205c0

(refs #7522) Added isPersistent to Simantics/DB

Change-Id: Ib7e405641d30380d668ed9d618776eca3e15adab

(refs #7521) DIA.HasModCount should be functional

Change-Id: If2bbad3e1c631db5c34137afcdf5e2961e8964d2

(refs #7519) Configurable branch point radius

Change-Id: I0fc188f24ef6d9308bef6836595792348a38f603

Stop click event propagation if something was selected

refs #7518

Change-Id: I78466af81c8d7215c198293c016ea641707dc3b1

Fixed event mask of org.simantics.diagram.elements.TextGridNode

In order to function properly TextGridNode needs to listen to MouseMoved
and MouseButtonReleased events, which were missing from the event mask.

refs #7517

Change-Id: I301de9812ab9427a3ef037884c89b7cb4e7b0abe
(cherry picked from commit 7e1c0263ce7496c044e0de710b5db37a749df4f3)

Merge "Exclude fully weak relations to external resources in model TG export"

Exclude fully weak relations to external resources in model TG export

refs #7516

Change-Id: I63759780310eab31f3b7f8417c8c48080857bfa9

Improvement of index and group implementations and indexGroup(By)

(refs #7514)

Change-Id: I0c3d6a08f17ba7f9028d0a7df515fec8abd04734

Introduced possibleUriOf for Browsable class in Simantics/DB

Imported possibleUriOfResource for Browsable Resource implementation.
Browsable Variable uses the same uri implementation for both uriOf and
possibleUriOf since Variables always have a URI.

Also added yet another utility function possiblePredicateByNameFromType
to Simantics/DB.

refs #7512

Change-Id: I2363aed7ed67ba84bd992847187fe8ac6c7b6bce

Splash screen for Simantics Desktop product

refs #7396

Change-Id: Iaed2e3a56b2b0114f62ca75583dd2d047c36b4c1

New type class MonadE and corresponding monad syntax with edo keyword

Utilizing edo in GShow, also possibleCurrentModel in DB.

refs #7508

Change-Id: I9d1fd551ef61dc7f81f74203bf83017b40dc9664

Merge "Allow creation of SCL modules to folders that are also module names"