Tested and fixed utility for truncating history data.

HistoryUtil.truncateHistory now actually works as intended. Care must be
taken not to interfere with the history data while it is being
truncated. This must be ensured externally.

A reference counter (AtomicInteger) was also added to ChartData to be
able to see how many users the ChartData has and to wait until it no
longer has any users. This is required to wait until all chart editors
have detached themselves from the history data.

refs #7622

Change-Id: I35863f5258da2cae193b3086500b5514c4699518

SCL Image Rule

refs #7657

Change-Id: I912bb432b45c06c25d242299924495f5cc59ea0f

Use java.util.Consumer instead of os.utils.datastructures.Callback

This removes lots of deprecation warnings from the DB codebase.

refs #7655

Change-Id: Ibdfbac83c69d5af3823a28447256176183ab335a

Merge changes I24f9af64,I97579b86

* changes:
  Fixed File SCL module documentation markdown flaws.
  Simplified diagram connection creation

Fixed File SCL module documentation markdown flaws.

refs #7396

Change-Id: I24f9af64143818b8952ef50dbdf131e9b4ffcfd5

Simplified diagram connection creation

With these changes diagram connections can be created with a single drag
operation when suitable by holding the first (left) mouse button down
until releasing it on top of the end terminal of the connection.

The same sequence also work for branching to/from an existing
connection.

refs #7653

Change-Id: I97579b86220d9ee1eacd9df5a1106524b35bf225

Fixed a bug related to as-pattern in list comprehension.

refs #7642

Change-Id: I7f9b3b45d545e2fe793fcaa93b9d392972f0e53b

More robust Simantics platform shutdown logic.

Added a JVM runtime shutdown hook to ensure that unless the JVM process
is killed forcibly, the JVM should attempt properly shutting down the
Simantics platform, even if the client code that started the platform
fails to do so for any reason.

Also marked both SimanticsPlatform.{startUp,shutdown} synchronized to
prevent concurrent access to either the start-up or shutdown logic.

refs #7650

Change-Id: I8c8022730ed973d80897fb364592881425b0a51f

Improve SCL Files API with parent and path resolving functions

refs #7647

Change-Id: I783fa3029e48c73d93ac6bb320068bd28572da1d

Copy-paste in SCL issues view

refs #7643

Change-Id: I3a417ccaba81e3df9a0dfa796756ebb9362603eb

Merge "ListUtils.create(WriteGraph, Iterable<Resource> elements) DelayedWritegraph fix"

ListUtils.create(WriteGraph, Iterable<Resource> elements)
DelayedWritegraph fix

fixes #7645

Change-Id: I699de77f346528234c7007639b01bcdbd72d4de4

Functions mapFst and mapSnd

refs #7644

Change-Id: Id95dca0a0d48d864c745e65b597fe91a9c92bb83

Fix NPE when user inputs empty string

fixes #7640

Change-Id: I44edaedd18185594965e2b2ce04b4931f3d6c724

Added function elemIndex to SCL Prelude

refs #7639

Change-Id: I927c447e0e5a1d6102172c8d99f36c4a79e9138a

New SCL completion implementation

refs #7638

Change-Id: I57d2ddc1628ff8da2421c4eda41ce5b83187543e

Merge "Corrected lifetime of clusters from Integer.MAX_VALUE to Long.MAX_VALUE"

Corrected lifetime of clusters from Integer.MAX_VALUE to Long.MAX_VALUE

refs #7637

Change-Id: Ia26059c496fae22538e7c398924c9294d638d248

Disabled old Team and Staging views that no longer work.

refs #7636

Change-Id: I6f155e4f129fc746708ec82915db7b49f3f92704

Wake up Acorn Core Main Program on commit

Without this fix undo operations take up to 5 seconds.

refs #7635

Change-Id: I5e1d5d05d27544f2c30a2d31cf038ce1a8a64e86

Revert of SCL context using try-finally

refs #7634

Change-Id: Icf20bfb365c8965fd1d8af960a0c82e14c45043f

Let the request processor handle the exceptions

Prior to this failed write transactions were not cancelled. For
consistency the read transactions are now handled the same way.
Also deprecated legacy implementations.

refs #7633

Change-Id: Ic301acc2d7f05bb8f42df3322e94cf56b1631203

Graph bookkeeping gets broken in SCL request API

Also re-throw DatabaseExceptions directly instead of wrapping them in
yet another DatabaseException in Simantics.apply* methods.

refs #7624

Change-Id: I2e33164dc8f4782f97e796a3f7bd14f0da0a37c3

Better error reporting when graph module does not have URI

refs #7626

Change-Id: I4c140ef09a13e2951b23557e086dc8baed7d7b34

renderSVG fails if a SingleElementNode does not contain a resource

refs #7625

Change-Id: I5c0eee38a060207c2a31078586a4c4c85b2c902f

TreeGridWidget performance

refs #7623

Change-Id: I6853827a98b3663d16d292e89741667c6be95014

Added utility for truncating collected history data

The utility also supports an approximate truncation of the dynamic
CollectorState structure related to an active Collector instance.

refs #7622

Change-Id: I0041f26ca53250f3bed22f32de6c789f80a607c5

Merge "(refs #7621) Fixed handling of $ in application ignoring return value"

(refs #7621) Fixed handling of $ in application ignoring return value

Change-Id: Id605cb22cb195d353970cc5ce8c45eecc2428841

Export org.simantics.ui.workspace.tracker.IWorkbenchSizeTrackerConstants

refs #7618

Change-Id: Ibbce58a704374c500dcff394cbe5c39b8d231e13

Minor cleanup for workspace size tracking code.

refs #7617
refs #7618

Change-Id: I836bf9bcb9bb50115a308ff3487a98772d5d6f11

Merge "(refs #7619) Better parenthese in derived show"

Merge "(refs #7607) Fixed handling of SCLContext in asynchronous requests"

(refs #7619) Better parenthese in derived show

Change-Id: Ia0ce420d8958395f787f08926a14e7bfd6fc2bcd

(refs #7607) Fixed handling of SCLContext in asynchronous requests

Change-Id: I3956ee1fa00a8e42a9531aab43b9ba63461ac353

Added org.simantics.ui.workspace.tracker for tracking workspace size

Both org.simantics.filesystem.services and
org.simantics.ui.workspace.tracker must be included in a product to get
the trim contribution working.

refs #7618

Change-Id: Iad7d7c9393ecb236700f6981c527b2e5e5f05e6b

Added org.simantics.filesystem.services

Contains DirectorySizeService for tracking the size of filesystem
directories.

refs #7617

Change-Id: I08e7c9297046c66c6d2b9bbbcb6122e370103c83

Improved Simantics/SCL module SCL module/script functionality

* Added new functions create{SCLModule,SCLScript,PGraph}R that return
  the created resource instead of returning ().
* Added new functions createSCL{Module,Script}WithDefinition for
  directly creating modules/scripts with a specific definition
* Added new functions set{SCLModule,SCLScript,PGraph}Definition for
  setting the definition specific to each entity.
* Added preliminary documentation for the module
* Deprecated create{SCLModule,SCLScript,PGraph} functions in favor of
  create...R

refs #7616

Change-Id: Ia2d97682eb184f5b0edd849f564ca05561938cb4

Added preference for Import dependencies in generic model import/export

Also fixed the model import wizard to replace L0.ExternalEntity
instances with the imported dependencies.

refs #7572

Change-Id: Ia68eb5afc3e835821f17bf96cc48205d9372a013

Added StringIO.readContentsWithCharset

refs #7615

Change-Id: I8dd435df65cb8273d2be28db47cd3fef8ed60d7d

Merge "Added function createSCLScript to Simantics/SCL API"

Merge "(refs #7614) Assign type-checked expression back to list comprehension"

Added function createSCLScript to Simantics/SCL API

refs #7450

Change-Id: Ie1ed6a809bd897e055789c66d8c62bb44edfeac0

Merge "(refs #7613) Removed some module sources as declarative services"

(refs #7614) Assign type-checked expression back to list comprehension

Change-Id: Id964cb53d85b0a8e5ec95f472d1f9afe7dc45160

(refs #7613) Removed some module sources as declarative services

Change-Id: I5e7c8a2921c945d802d38baa458d784270373d93

Fixed NPE when disposing uninitialized SCL module editor

refs #7612

Change-Id: I1dbd37b199034caa288a95012f2cbb9b4385c00c

Workaround to fix performance problems when opening log view

refs #7611

Change-Id: I15579e23de2ec1b5f217021dc8ef06cc1dfbe5e4

Deprecating old API:s and inventing new ones for ICanvasContext in SCL

refs #7608

Change-Id: I89aa437ca8c98df7fd2644afffc037030fff2fd7

Add <Proc> to dispose-function of IScenegraphProvider

refs #7608

Change-Id: I950fa4642f355d0b8eca21baacb5e37f465373db

Merge "(refs #7607) Async module for running functions asynchronously"

Merge "(refs #7606) Timing with task name (Debug module)"

(refs #7607) Async module for running functions asynchronously

Change-Id: I4870aefa0c965bd0cf4ada19c01fa9b01efca171

(refs #7606) Timing with task name (Debug module)

Change-Id: I05aee8105315ac0bb8f6eefdca52334b42ce3149

Moved license page from developer wiki to git repository.

From now on only this license.html will be kept up-to-date.

refs #7605

Change-Id: I3b2abe627a3e22d623a2bf005a4fb6d7c12721bc

(refs #7604) Improvements to graph handling in SCL source modules

This commit also improves exceptions printed by CommandSession.

Change-Id: Ifda4468ae31b8ea08656b2dd60f4255c19d11ee3

Fixed migrating import temporary folder creation to prevent name overlap

Previously model imports could fail if they were small and contained one
or more shared libraries imported at the same time because the imports
could be done within the same second which triggered the folder name
overlap.

refs #7603

Change-Id: I0f559f2fe2e7bdb1a8852e7cd7a74cecd7bb6055

Removed unnecessary getPossibleRepresents invocation

refs #7525

Change-Id: I78dc128df39f74a7798705a2ebf21b7a5832256b

(refs #7601) Wildcard syntax for SCL records

Change-Id: Ia044ce4598d0897bbd7416527707b49211aba9e3

Use java.file.nio API Files.createDirectories instead of File.mkdirs

This should at least provide better diagnostics in case of unexpected
failure.

refs #7600

Change-Id: Ib5fb10798257cd35d3d8c3c533574b17a62e715b

Some fixes/cleanup for cluster table size caching logic.

The previous code was not keeping the cached size properly up-to-date
which resulted in the DB client thinking that the consumer cluster
memory size is larger than it actually is and eventually winding up in a
state where the LRU importanceMap is constantly almost empty and the
code keeps throwing away clusters whenever the next cluster is loaded
due the misconception of used cluster memory.

The code is still not perfect/totally functional - I was still able to
get the thrashing situation to reproduce with A6 model imports, but not
as heavily as originally. I was able to import models with much more
initial conditions stored than previously without these changes.

refs #7598

Change-Id: I039fa2062908c05a61efb28e695daec01afd1725

Clear subtask from progress monitor after TG to DB import completes

refs #7599

Change-Id: I991509752544bf85f1a054a46ad0411daec79027

(refs #7597) Allow side-effects in the function given to indexBy

Change-Id: Id1f7f257b4b91dbcb47cea1d0f15350a1956ab17

(refs #7595) Started SCL/Reflection module

Change-Id: I9c7d798ddfb9d39a8dfc8f7bdd31eb2e3399a172

Progress monitoring to users Pgraph compilation

refs #7576

Change-Id: I98004732bb8d3e1171dbd846bd2c476e00fd9f72

DefaultMouseListener was added twice in GraphExplorerComposite

Changed ExpandNodeHandler double click action to perform its search for
editor adapters based on the input object provided in the double click
event instead of the NodeContext potentially contained by the input
object. This makes it use the same logic as OpenDefaultEditor adapter.

refs #7434

Change-Id: Ic22bbd98406f61df55817e76e5b2feabe0aedd5e

Allow overriding issue hidden-ness/hiding logic in inheriting ontologies

Changed the way issues are modelled by adding two new
function-properties: hider & hidden. hider is used to change the
hidden-state of issues and hidden is used to query the state. This
allows e.g. fully variable-based dynamic issue hierarchies to support
hiding as well.

refs #7594

Change-Id: Ieba88fb4ffd3142dc4371fa941fd5f31d6eaf93f

Fixed SCLScriptAnnotationModel script validation threading

Previously the code performed the script validation directly in the DB
listener thread, which is essentially QueryThread-0 without putting the
related ReadGraph into the current SCLContext while doing so. This
caused the validation code to crash because the validation code tries to
start a new database transaction from within the transaction thread
calling the listener.

The solution schedules the validation to a BUILD priority Job thread.

refs #7450

Change-Id: I01c030be032890638919c3800e04e14670f8726c

Fixed databoard set binding getAll indexing bug

All *SetBindings were missing a simple i++ increment which caused
serialization of a TreeSet<..> structure to fail with NPE when the set
contained more than 1 elements.

refs #7592

Change-Id: Ic0f10324dfbfbafe527c624d7d092928a2f10bb7

Fixing wrong value types

refs #7575

Change-Id: I53f96c6e0e5189df524cf20ef65f9d02ed4c9693

Add logging by default to adapters exception-methods

refs #7581

Change-Id: I753043d4afc65318af59ff48e71485fc70b04dfe

Fixed problems in shared libraries view

refs #7589

Change-Id: I1435330e0ce84118c246e4f99234a9e404fea6f4

Create separate requests for validating SCL values

refs #7575

Change-Id: I47f9402407c0084e6a5f4859c7b05ef5557619b6

Removed a workaround converting universal variables to existential

refs #7575

Change-Id: Ia43fb4d69ddd3798685557916c3d3bb907a6be18

(refs #7588) Support for existential type variables with syntax ?v

Change-Id: I418a9d260c02c7082e7a7359b90659ea2c3a96d4

Don't recompile all expressions if only one is modified

in SCLExpressionIssueProvider

refs #7575

Change-Id: I5e27b164f79320ad6a54215f9aaef6dbe77f2fa5

More ValueType modifications to satisfy compilation of SCL-expressions

refs #7575

Change-Id: I7da9ab35813a47d5c27e98d9eca84d6cf6fc14f9

More DB ListenerAdapter abstract to force isDisposed implementation

This forces the user of the adapter to still handle the life-cycle of
the listener, which should never be neglected.

refs #7581

Change-Id: I1d30f6ed8b1a3d861185b7ea36ecbab38f07171a

ValueType modifications to satisfy compilation of SCL-expressions

Also adding a validator for plain ServerSCLValueRequest (DOC.SCLValue)

refs #7575

Change-Id: Ib34fbd9c53ec2003680b9546e7344506100a01b0

Improved tracking robustness with temporary files

refs #7551

Change-Id: I51d36a7f5ad10d627d791638c4c6320a634ec0e8

Merge "(refs #7586) Allow always conversion to Object in SCL-Java interface"

Merge "Change universal type variables to existential in requested value types"

Merge "Remove http:.. prefix from logging in SCL"

(refs #7586) Allow always conversion to Object in SCL-Java interface

Change-Id: Ia35b1f4dd2b31fc1e218f0321acdd8ac72f03694

(refs #7562) Better handling of exceptions in procedural modules

Change-Id: I7f8f4c14d34afe781984f7b1f5b037bef87d3a85

Merge "(refs #7585) Added MList.set"

(refs #7585) Added MList.set

Change-Id: I05a1946d3dd00454a0f91ae34c807d53f5655a11

Change universal type variables to existential in requested value types

refs #7575

Change-Id: If6d1ce540b22b0bb34239427fbfe7579fc0413ae

Remove http:.. prefix from logging in SCL

refs #7549

Change-Id: Id730ceddab04756aabb3669edf2b93c15aac07f1

Add checking of expected type in SCL expressions to SCL issues view

refs #7575

Change-Id: Idb20ac002995052c21d5f32215f2f4d7009c1a4c

SCL expressions to SCL Issues view

refs #7575

Change-Id: Ic962c2e77a02dec079e6e0b3d5225a62ad734cee

Made DB ListenerAdapter abstract to force isDisposed implementation

This forces the user of the adapter to still handle the life-cycle of
the listener, which should never be neglected.

refs #7581

Change-Id: I1a54b3f130dfe5f82fcdf01eb799ac96b31e7636

Means to handle connection selections without configuration component

refs #7583

Change-Id: I7e8f77aaf54156bdb187f3220d0191db0a77f7e8

SVGNode assignments are not always applied in rendering

refs #7580

Change-Id: Ib9cc914ea37466825bbec964393083e17deab5b4

Still minor cleanup for generic model import/export code

refs #7572

Change-Id: I012071bcf94fd5e35485918c0ee6ca4096e47f1d

Minor cleanup for performing default actions

refs #7575

Change-Id: I3bac53c06c89d5f1794876c365a0ea15e621dab2

Prevent NPE in InvertBasicExpressionVisitor

More specifically in method
possibleInvertibleExpressionReferencedProperty

refs #7582

Change-Id: Idf03985905b6b39ce74f885bab41eee3d14e552f

Fixed org.simantics.lz4 to use bundle data area when running in OSGi

Previously org.simantics.lz4 would always extract the native LZ4 dynamic
library to java.io.tmpdir which is plain stupid. Now when running in
OSGi environment, we simply extract the file once to the data area and
reuse it from there.

Further development could even use the MD5 sum of the lz4 DLL to extract
every version of the DLL only once to java.io.tmpdir but I'm saving this
for later.

refs #7578

Change-Id: I50566999749b20cca6d56ab52e59101ec3a7b6f6

New graphSessionGarbageCollector.gc method with progress mon + ReadGraph

refs #7579

Change-Id: Id550fa67c90d1cf02d7b5f3e707b5e770dce9eae

Prevent StringIndexOutOfBoundsException when resolving issue path

refs #7577

Change-Id: Iaeac31b4d83a972fbcef8f3742321b9c0af219aa