Include Jaxen in org.simantics.scl.feature to keep JDom2 happy

refs #7833

Change-Id: I3848de2b6118dc2cde2da19e762af1a99c809762

Included Jaxen in the platform's external-components

JDom2 requires Jaxen in its classpath to perform non-validating XML
parsing and it is not available at the moment in its classpath.

refs #7833

Change-Id: I961370f9c09c10dd61fe49f0147cd32716f010ef
(cherry picked from commit 7552ff1578c53bb92e7bba8af9d69d50dcdc2f29)

IndexedRelationsSearcherBase possible deadlock with semaphore

refs #7805

Change-Id: I0a3e7d03b648d2b03b187baf171c0c95b4b7abb9
(cherry picked from commit 3826e289058a51d09310b7ba1251e959dc0ed3d0)

Fixed race condition in getValues/Relations/EntityTypes

refs #7826

Change-Id: I30842b6fe067b58c6916679804f56ed20b821ada
(cherry picked from commit 9ea5cf59a4d87c3db3a486e86d7b54efffd5516d)

Export org.simantics.modeling.ui.scl package from os.modeling.ui

refs #7823

Change-Id: I299da65fed3a7670ead3fae1b02ea6166124100b
(cherry picked from commit 3e4f9c4926e49efb26785e47a234de013a7ef15e)

Added more createRun utility functions to ExperimentRuns

The new functions directly take WriteGraph as input to allow clients to
create an experiment run within one write transaction and still work on
it afterwards.

refs #7790

Change-Id: I49c86df960ec9a42d7dfa3fdba95315398ec6f65
(cherry picked from commit 52f757730dc0355e187d36e745cb7b57375766ee)

Fixed InvertBasicExpressionVisitor.invert to keep inverted value type

Previously the code would convert all Number-values to Double instead of
passing the inverted value to Variable.setValue in the same type the
original non-inverted value was in.

refs #7777

Change-Id: I78771698d3e2222ede47969e3cceea2166c23a75
(cherry picked from commit 4f743d81482d51262a7bc07d2a4874cdd0856a17)

(refs #7771) Fixed invalid inline

Change-Id: I7b28d6915e792bc9fe858c701d1138f9082dcea3
(cherry picked from commit cc611d5d42a8d44c967dccdc201e0569b692e0c9)

Remove fixed "testlog" as client id and read from system property

refs #7768

Change-Id: I673f29eccc06c8375811fe5da557d506737209c2
(cherry picked from commit 59fb587c2dae32a2e865c9198aa20ffcad7f3c7f)

Fixed SCL Console Clear Console active-state when imports are erroneous

Current imports were set too early in SCLConsoleView which before the
SCLConsoleListener that enables the buttons is registered.

refs #7727

Change-Id: I7cb0645bea5dc48a4ad54f2147c83cb8dfb2f35f
(cherry picked from commit dbe0a77f0869111219b69d412d0bb90d17c391c1)

Added syncActivateModel function for deterministic SCL script execution

syncActivateModel works directly by invoking the old activeModel
function and then waiting until all related activities are finished by
using the old trusty Simantics/Misc/syncGraph function.

refs #7730

Change-Id: Ib75bc3c33e1dcf6b5c46d61dffdcd106f451730a
(cherry picked from commit a0c282689925d3b29dbb5239426163decc61689d)

Fix opening of SCL-definitions

refs #7733

Change-Id: Iffab8f3330d2b491c6ec29728271c2f1a260d3b4
(cherry picked from commit bcf2330da2396b0fab4d01e0e41cb8cb8fee84ac)

Fix annoying editor focus jumping with Ctrl+Shift+D/M

refs #7733

Change-Id: Ie3fd1bb97b67de77b3a6e82bc5690835caec08e2
(cherry picked from commit de6536eb0ff08cf9b3f75a25b35ff44b33a6038b)

Fix rollingFileAppender fileNamePattern in logback.xml

refs #7740

Change-Id: Ibcc6f3b19f4d159ee75a42640f000299061ac5c9
(cherry picked from commit a4db45c33974b536813afb60c3f7f0f1a8bfc9fa)

Add RollingFileAppender to default logback configuration

refs #7719

Change-Id: I2e04f76b3b5ce13f984e796901bf76ac81f8766a
(cherry picked from commit f8324fc5a564f6eb45af8318471cb7197490f74e)

(refs #7746) Fixed applications with intermediate effects

Change-Id: Ida2b7c8e96cbfd45361838e69900a7307e69e343
(cherry picked from commit e515d1fda563f0fa3b8b71f9099696cf49a06d25)

Fixed index query regression in L0.Entity instance queries

L0.Entity queries no longer returned any results after the changes done
in #7415.

refs #7753

Change-Id: I7f24b200b410606f93b5f8be7dd0c50de4fd7097

Fixed org.simantics.modeling.tests to be a normal plug-in

Previously Tycho's pomless build seems to have thought
of it as a test-plugin automatically because of its name.

refs #7422
refs #7712

Added org.simantics.modeling.tests to org.simantics.sdk.feature

refs #7422
refs #7712

(cherry picked from commit 2d4412b39adec45db06b74948ba835ea1449b699)

Moved org.simantics.issues.ui.ontology to org.simantics.issues.feature

org.simantics.issues.common depends on org.simantics.issues.ui.ontology
now anyway, and the ontology plug-in, albeit is UI related, does not
have any direct dependency to any UI code anyway.

refs #7720

Change-Id: Ie42682895cb7de1a455f849f2ea481317144b4f7
(cherry picked from commit 91469ec9b9d3fea2767f44adb75fe3bc009efbe3)

Added migration step implementation for changing InstanceOf statements

refs #7717

Change-Id: I0f427b5f222feae9b74d9e2d3d82becb0cda46af
(cherry picked from commit c13c4179bda758e77fe1f2032d3c4268bb9e3120)

Use transient listener caching for NodePropertyTester requests

refs #7718

Change-Id: I6ccb4ef720c4fe8677c78e58fe7ee273caa7ddae
(cherry picked from commit 72186a982dc8b076bef48313fbbd22ecc78c08bc)

Added Variable/Resource type information for DnD'd entities to JSON

refs #7715

Change-Id: I238e9b036a9c781ef8910bd5d6125b220e32f41e
(cherry picked from commit f94662db8f48e79c706844ace3692734dd6c2f48)

Export auditlogging package & fix server address prefix check

refs #7684

Change-Id: I8d6cb285256d9fa909cae7c458b04be4290db54a
(cherry picked from commit 5d11e5fb4cbf16686caa91a4ae7df7c1116ee87e)

Minor NPE fix for auditlogging

refs #7684

Change-Id: I86f892bf133b1965d9631ce82ddf02b78ec88a5a
(cherry picked from commit aaa0aa90d9fdfc8350e36da4e0629c3f5916f68c)

Configured release/1.32.0 branch for SDK builds

refs #7422

Change-Id: Idc14a640e531768df289e3f6eacfae52d9431166

Improved exception message

refs #7422

Change-Id: I5179ed29a7b660f4574101f5358820a860e66c72

Fixed MigrationUtils.importTo root activation to use virtual graph

Also made the activation optional based on the new migration state key
MigrationKeys.ACTIVATE_ROOT_IF_NONE_ACTIVE.

refs #7686

Change-Id: I8b7c5868231c3b258bb1ad7f63fa96ba42390f24

AuditLogging improvements for easier unit testing

refs #7684

Change-Id: I6f4b10d2344b4588582f2558b9fda75f6d20145a

Fixing duplicate entries from SCL search result page

refs #7683

Change-Id: Ie57502323d18be7106f1264688b2a500bc37465d

claimWithInverse & possibleInverseOf function to DB.scl

refs #7709

Change-Id: I2869df644ca01b77212d34ffbf11af85c3da7946

write method to Files.scl

refs #7707

Change-Id: I9c7e249461da388b94d3b12af48f17523cddddf5

CDATA support to Data/XML

#7708

Change-Id: I6a2e9e05b4f79e83a11b4051658832053feadff9

List SCL references in order of reference location in search results

refs #7683

Change-Id: I8842ffad7133a4dddf98e691f741ba8dbe48a95c

Add more Throwable & Exception handling functionality to Prelude

refs #7705

Change-Id: Ie335d3e8f7dacb0da66d0bb1491862fb054c61cb

Added <Proc>-effect for function pmap in Async module

refs #7703

Change-Id: I435c69382b0e7a242c393f8529fd6ca40b4a68ed

Added a new function pmap to Async module

refs #7703

Change-Id: I848203393d115a0c8f9bbbfbf80e47f35f17616d

Fall back to HasName if HasResourceName not available for GraphFile

Also adding watching of externally opened files and writeback for data
changed by the external editor

Now with hashed URI based filename

refs #7699

Change-Id: I2eadb539d599b0e55840e0fd7f141e44004833fc

Merge "Print console messages to IDE by default"

Fixed a bug related to the extent of variable frames (see test case)

refs #7698

Change-Id: I18879f6cffb9f796f673f697711249c962b1e073

Print console messages to IDE by default

#7697

Change-Id: Ibb08764c4d41f17cd7bc084b6d1b99ed2af09bdd

Move scaling of SelectionNodes to upper g-element with transform

refs #7696

Change-Id: Ibc4502c9adad9be6fb71801b042ec8464baac283

Add missing feature requirement from o.s.tests.modelled.ui.feature

refs #7694

Change-Id: I70eaafce289ec07dc77282f239798da4e53d2022

Compilation of SCL expressions from SCL

refs #7695

Change-Id: I053be9e6d4197ad563a31f09e21c6bea89c3e5ed

Generic HTTP REST Client/Server AuditLogging framework

refs #7684

Change-Id: Ia861758f0e23a4bc55edeffd946030fff4e52121

Use listener as listener in TimeoutingRequest

refs #7692

Change-Id: I94aafae16131f3d7a9c688d3861db5b3f56dea1b

Read previous BTree modification count from the graph

Modification count is used when generating unique names for the
resources. We should continue from the previous modification count
whenever creating new BTree object to work on.

refs #7690

Change-Id: I446af8ad22157a1c64c984071ae6c36cae374935

Fix possible NPE in SCLExpressionIssueProvider

refs #7689

Change-Id: If7c4cad3b5ae238d90dd03e1d40f2aec2f597276

nameOfFile into File module

refs #7687

Change-Id: Ieebb374f811c3d9641065fdd3d8e34c631988eb7

Fixing missing eclipse.search references.

refs #7688

Change-Id: I047e913267620c2c3fc59ddd311f87f022b957ee

Disable model activation during model migration

refs #7686

Change-Id: Ide98ff661dba6b863923ebe4ca795bf03d77a2e1

Find SCL references in SCLModuleEditor with Ctrl+Shift+G

Add missing .project-file to org.simantics.scl.ui.feature

refs #7683

Change-Id: I2faf6c39b74a011e841704a6c7ff54aa0fdf9763

Find SCL references in SCLModuleEditor with Ctrl+Shift+G

refs #7683

Change-Id: I553e61518a16f2b711b82f41576e07b3f99df1ba

DB client state gets corrupted

refs #7685

Change-Id: Ic6a8b7f2f9e327c8aba774a86f834d160a9c4c66

First test on Simantics documentation using gitbook

Only few parts transferred and somehow quickly reformatted for now.
Lots of work remaining.

refs #7674

Change-Id: I1cf8b6a3da5ec14064f79d0a0c765899be1d8872

Replace OrientationRestorer TimerTask usage with ScheduledExecutor

Timer can exhaust the system with TimerTask-runnables that are queued up
e.g. during computer hibernate and sleep. According to documentation:

If an execution is delayed for any reason (such as garbage collection or
other background activity), two or more executions will occur in rapid
succession to "catch up." In the long run, the frequency of execution
will be exactly the reciprocal of the specified period

With heavy tasks this is very bad

refs #7682

Change-Id: I5a097c8bc5e1ea2a5abe30905b2a46fa8b8386f8

HTTP/Client SCL module for HTTP requests

Also adding builtin type for Class in SCL

refs #7681

Change-Id: Id794bfce7ff5deb3e13127dfa9107bc31aceef30

Merge "Added MMap.clone"

Added MMap.clone

refs #7680

Change-Id: I4ed5c23709f5f0fc02937deba9af0f58eca3ea5d

Fixed CompilePGraphsAction that gave a NullPointerException

A worker thread with a null displayed tried to compile the pgraph for
ontology definition files. Ensuring that a default display is used in
such cases fixed the issues.

An error message mentioned missing dependencies if the ontology file
containers syntax errors. Thie message now mentioned problems in the
ontology file instead.

refs #7679

Change-Id: Icd483835462ec3cd27c16ca751eaee3d7b3dbdd2

Style support in IListItem

refs #7671

Change-Id: I3d112cfe967b1be1cf25388b828c84426e64ea1d

Added Edit main menu to all Simantics Desktop based applications

refs #7667

Change-Id: Ie4f41081f6eb070031d0f3b56f9cd1418f72e353

Bumped master target and org.simantics.sdk versions to 1.32.0

refs #7422

Change-Id: Ic0f25ca2e4571cbb13a36307017fcf8b57f56ab4

Helper script for doing release train related project branching and tagging.

refs #7396

Fixed regression in IndexedRelationsImpl.replace return value.

The return value was always false which caused index query listeners to
never be fired upon index replace operations. This in turn caused
potentially invalidated query results to be returne for database
clients.

The regression was introduced in commit 702195f3 for release/1.28.0.

refs #7665

Change-Id: I9103f0fd9001ffc42f85633bc6a11d77ed863613

Fixed Map & Set equals implementations in CollectionSupportImpl

refs #7654

Change-Id: I9bb10c8b529b705ad8a34a6793a002296a6bea06

Merge "Use Consumer interface instead of deprecated Callback interface"

Use Consumer interface instead of deprecated Callback interface

Also removed some compilation warnings at the same time.

refs #7655

Change-Id: I8e84652fd50853d598ddec299fc1fc6e30776bc2

Fixed CollectionSupportImpl.ResourceList iteration order

Implemented CollectionSupportImpl.ResourceList#listIterator methods.

Removed use of the deprecated Callback interface in
org.simantics.db.ResourceMap.

refs #7654

Change-Id: I22ee6da55326bf884b24e63eb2d9ed30fc242771

Merge "Potential fix for diagram scene graph screw-up regression"

Potential fix for diagram scene graph screw-up regression

refs #7663

Change-Id: I092889d83fcfd653647e4de38984304461649b3f

Improved scaling of diagrams rendered into selectable SVG. (refs #7593)

Merge of change 1184.

Change-Id: I27ad59665d0be021a1fcd8d68e6d4eca0edc3fda

Removed a clash between two nameOf functions

refs #7662

Change-Id: I49845c132c6c2eb5d9e3ae1c34c9d0349a9f4144

Collect reference hierarchy for SCL values

refs #7662

Change-Id: I4bf296f8c676fdc5c3387d496a898a364ca78a7b

Tested and fixed utility for truncating history data.

HistoryUtil.truncateHistory now actually works as intended. Care must be
taken not to interfere with the history data while it is being
truncated. This must be ensured externally.

A reference counter (AtomicInteger) was also added to ChartData to be
able to see how many users the ChartData has and to wait until it no
longer has any users. This is required to wait until all chart editors
have detached themselves from the history data.

refs #7622

Change-Id: I35863f5258da2cae193b3086500b5514c4699518

SCL Image Rule

refs #7657

Change-Id: I912bb432b45c06c25d242299924495f5cc59ea0f

Use java.util.Consumer instead of os.utils.datastructures.Callback

This removes lots of deprecation warnings from the DB codebase.

refs #7655

Change-Id: Ibdfbac83c69d5af3823a28447256176183ab335a

Merge changes I24f9af64,I97579b86

* changes:
  Fixed File SCL module documentation markdown flaws.
  Simplified diagram connection creation

Fixed File SCL module documentation markdown flaws.

refs #7396

Change-Id: I24f9af64143818b8952ef50dbdf131e9b4ffcfd5

Simplified diagram connection creation

With these changes diagram connections can be created with a single drag
operation when suitable by holding the first (left) mouse button down
until releasing it on top of the end terminal of the connection.

The same sequence also work for branching to/from an existing
connection.

refs #7653

Change-Id: I97579b86220d9ee1eacd9df5a1106524b35bf225

Fixed a bug related to as-pattern in list comprehension.

refs #7642

Change-Id: I7f9b3b45d545e2fe793fcaa93b9d392972f0e53b

More robust Simantics platform shutdown logic.

Added a JVM runtime shutdown hook to ensure that unless the JVM process
is killed forcibly, the JVM should attempt properly shutting down the
Simantics platform, even if the client code that started the platform
fails to do so for any reason.

Also marked both SimanticsPlatform.{startUp,shutdown} synchronized to
prevent concurrent access to either the start-up or shutdown logic.

refs #7650

Change-Id: I8c8022730ed973d80897fb364592881425b0a51f

Improve SCL Files API with parent and path resolving functions

refs #7647

Change-Id: I783fa3029e48c73d93ac6bb320068bd28572da1d

Copy-paste in SCL issues view

refs #7643

Change-Id: I3a417ccaba81e3df9a0dfa796756ebb9362603eb

Merge "ListUtils.create(WriteGraph, Iterable<Resource> elements) DelayedWritegraph fix"

ListUtils.create(WriteGraph, Iterable<Resource> elements)
DelayedWritegraph fix

fixes #7645

Change-Id: I699de77f346528234c7007639b01bcdbd72d4de4

Functions mapFst and mapSnd

refs #7644

Change-Id: Id95dca0a0d48d864c745e65b597fe91a9c92bb83

Fix NPE when user inputs empty string

fixes #7640

Change-Id: I44edaedd18185594965e2b2ce04b4931f3d6c724

Added function elemIndex to SCL Prelude

refs #7639

Change-Id: I927c447e0e5a1d6102172c8d99f36c4a79e9138a

New SCL completion implementation

refs #7638

Change-Id: I57d2ddc1628ff8da2421c4eda41ce5b83187543e

Merge "Corrected lifetime of clusters from Integer.MAX_VALUE to Long.MAX_VALUE"

Corrected lifetime of clusters from Integer.MAX_VALUE to Long.MAX_VALUE

refs #7637

Change-Id: Ia26059c496fae22538e7c398924c9294d638d248

Disabled old Team and Staging views that no longer work.

refs #7636

Change-Id: I6f155e4f129fc746708ec82915db7b49f3f92704

Wake up Acorn Core Main Program on commit

Without this fix undo operations take up to 5 seconds.

refs #7635

Change-Id: I5e1d5d05d27544f2c30a2d31cf038ce1a8a64e86

Revert of SCL context using try-finally

refs #7634

Change-Id: Icf20bfb365c8965fd1d8af960a0c82e14c45043f

Let the request processor handle the exceptions

Prior to this failed write transactions were not cancelled. For
consistency the read transactions are now handled the same way.
Also deprecated legacy implementations.

refs #7633

Change-Id: Ic301acc2d7f05bb8f42df3322e94cf56b1631203

Graph bookkeeping gets broken in SCL request API

Also re-throw DatabaseExceptions directly instead of wrapping them in
yet another DatabaseException in Simantics.apply* methods.

refs #7624

Change-Id: I2e33164dc8f4782f97e796a3f7bd14f0da0a37c3

Better error reporting when graph module does not have URI

refs #7626

Change-Id: I4c140ef09a13e2951b23557e086dc8baed7d7b34

renderSVG fails if a SingleElementNode does not contain a resource

refs #7625

Change-Id: I5c0eee38a060207c2a31078586a4c4c85b2c902f

TreeGridWidget performance

refs #7623

Change-Id: I6853827a98b3663d16d292e89741667c6be95014