Combination of Simantics-platform related changes and fixes for district

Some platform changes for district

Change-Id: Ib7aa44432f3e468ca11542debf33191b8403c742

Some more fixes to platform for district

Change-Id: Ifd718c20d5a98806e93c365b45ce3bdd003b4118

(refs #7375) export visitors package

Change-Id: Ic3e4199f2e3b0a657c57b62b43077319fd6a9717

TreeGridWidget improvements

refs #7381

Change-Id: I79a2650fef07142cc95c6bd31e901e062baeba75

isImmutable can NPE

refs #7380

Change-Id: I8b1eac67b58664f0986dfeea5315f791721d8393

(refs #7375) Fixed implementation of collectEffects

Change-Id: I25ebbb6b35e8d1828f36da5c55de8763364c8dd3

(refs #7375) Replaced collectVars method by a visitor

Change-Id: I4838702fadeca47449433693dae9630d5cac895d

(refs #7375) Replaced collectFreeVariables method by a visitor

Change-Id: I89817b8a075d6261b351fbbd70c40d9f9ccc59cc

Merge "(refs #7375) Replaced collectEffects by CollectEffectsVisitor"

Preventing unnecessary ModuleSource compilation in SCL-editor

Current toTextualModuleSource() is called quite extensively when
isModifiable() is called. The module source can be cached as the input
of the editor does not tend to change

refs #7369

Change-Id: I671af197750301f8bffbb9624f58c5bab656e08b

(refs #7375) Replaced collectEffects by CollectEffectsVisitor

Change-Id: I41b489ad872140bf7a0f0a83714a50431b48c3a6

Merge "possibleVariable into Simantics/Variables"

possibleVariable into Simantics/Variables

#7379

Change-Id: I2fdfb4ed186f08262d0f220f112a29f0f825c401

Merge "(refs #7375) Replace collectRefs by CollectRefsVisitor"

(refs #7375) Replace collectRefs by CollectRefsVisitor

Change-Id: I77bf548a062bb365f43284778845678fb50341d5

Merge "(refs #7375) Replaced forVariables by a visitor"

(refs #7375) Replaced forVariables by a visitor

Change-Id: I5737e75491a1341711f89fbcf9749ee88d953c92

Use single SCLOsgi.MODULE_REPOSITORY for ModelledSTSTest.run()

refs #7378

Change-Id: Ib4a2b38cad5dbb275c2bdc69e89879878da72605

Builtins and JavaModule SCL modules may leak memory

Still needs a better fix though

refs #7352

Change-Id: I9206376349bedf4a92763094b2859230dbf69f77

Merge "CHR query translation and support for assignment in CHR bodies"

Set sonar project version to 1.30.

CHR query translation and support for assignment in CHR bodies

refs #7377

Change-Id: Ia9adf1cf52670c7a5de50210d7c155ff8bc4bf8d

(refs #7377) Refactoring CHR query parsing

Change-Id: Ia0e2e4589180505c02fabeb5b1dd2267825e3255

(refs #7375) Replaced ExpressionDecorator by ExpressionTransformer

Change-Id: I4396a632a63902afd38065834d9c96c159bba9c1

SCL REST API server

refs #7374

Change-Id: I24cf990d717cdc6bb3fc5bc44d4afdd39aade864

Uncommon Acorn deadlock fix

refs #7373

Change-Id: Ica31908fca0b70da87bbcf75deb2476bdf305cde

(refs #7374) Created CommandSessionWithModules

Change-Id: I6706caaf92018e4ccbf4ad11bd9a58789085fb6a

Merge "(refs #7371) Support for select keyword for CHR constraints"

Implementing Java camelCase breaking in SCL module editor

This feature enables the behavior familiar from Eclipse's Java-editor
where CTRL (SHIFT) + RIGHT_ARROW/LEFT_ARROW navigate text

[EDIT] add missing MANIFEST.MF

refs #7369

Change-Id: I7c9a37107ad9530bd421360fe35479960cce4d28

(refs #7371) Support for select keyword for CHR constraints

Change-Id: Ie23a1cd698b230f9be05ff38c937cfcbd13d658b

Merge "AbstractCompileStructuralValueRequest uses wrong RuntimeEnvironment"

Increase the version number of org.simantics.document.server.io

Increase the version number to fix simupedia git build problems

refs #6712 refs #7019

Change-Id: I45cd2268b8e24aea479c1901c30984e5b4464251

(refs #7365) Fixed the bug in the test CHR11.scl

Change-Id: I961c3ae92013ec4085fe61eee9021a3cc0aff6e4

(refs #7365) Unit test for the bug

"CHR constraint from an included ruleset is activated multiple times"

Change-Id: If24b6b3251ad563ccc8f9db9c97c71279f688325

AbstractCompileStructuralValueRequest uses wrong RuntimeEnvironment

refs #7363

Change-Id: I4b60a5cc4aefc65c86b88ff93fe8951f40bd1238

(refs #7362) Creation of new SCL modules in SCL module browser

Change-Id: Ieb99edbd22db8092edd62449b739f6ae2b5824ab

Markdown to HTML generator has now genration options

Change-Id: Ifcb03519f497f32f2cbd870743ba3e349887cdab

Updated CommonMark specification, used only for tests

Change-Id: Ib1f51968ea008a36d1b1492c57d5b9750d29c1e0

Dynamic terminals and connections

Change-Id: I15242c8bf58a5b16529f924987fd8bf51cf69d0b

Merge "OptionGroup: fixed Names field & ListItem disabled / selected flags"

OptionGroup: fixed Names field & ListItem disabled / selected flags

refs #7351

Change-Id: I5bcd192a1785eacdf9731d33d865981ad181d4e6

Merge "Fixed diagram copy/paste implementations to re-identify diagram elements"

Merge "Added memory leak test and fixed the leak by removing references"

Fixed diagram copy/paste implementations to re-identify diagram elements

Previously copying elements within or between diagram editors and also
copying diagrams in the model browser would preserve GUID identifiers
for the diagram ordered set structure itself and all its elements. The
correct behavior is now implemented which is to force the system to
generate new GUID identifiers for all copied structures that have
identifiers.

refs #7348

Change-Id: I811bb4a118ffb9321577ef46f6651459379cdd08

(refs #7322) Implemented visitors for CHRStatement

Change-Id: I2f1b3b48fbb2060ba894cf209a9053a42bdf6560

Added memory leak test and fixed the leak by removing references

refs #7352

Change-Id: Idc412759d49314f3226e6b1648881aaab8248fe9

Delete temporary files after use in delayed writes and model TG export

Also, delayed writes no longer create temporary files for commits that
create under 512KB of committed data.

refs #7091
refs #7092

Change-Id: Iff75738b9cc41a52eb88df32b51ddc7cd8af812d

Fixed changes made in commit 3a10ce85.

refs #7339

Change-Id: Ib47a5eb67c83a716d82526a5f61c303d9e34f235

Merge "Add hashcodes from URI's as id if no component is found for SVG print"

Add hashcodes from URI's as id if no component is found for SVG print

Change-Id: If278ef81d6006aff9ac487e2d34f014e0b671f28

Fixed ResourceEditorSupport.scheduleEditorClose wrong thread invocation

Now using safer means to gain access to an editor's containing shell
than previously.

refs #7349

Change-Id: I0c5ff9711703608fd34a17cc474ed9490e5ab4d5

RouteGraphUtils.readConnectionStyle returns default value if necessary

Fixed problems in casting to BasicConnectionStyle introduced in commit
e571f799.

refs #7323

Change-Id: I22a74322c44764da6fba61d6af5c16a4f71c712e

Ignore ModuleCompilationOptions

for now until UnsupportedOperationException in CHR is fixed..

Change-Id: I701cc6156a2f02b6eb2b5f84949f961a340dd286

Diagram to SVG enhancements and stabilization

* Introducing the possibility to map component identifiers from default
to something else in order to stabilize SVG printing of same diagrams in
different databases

refs #7340

Change-Id: I2338703a4b0e04fe1680854f749c9e8a28db134e

(refs #7346) Give a proper error message about unresolved relations

Change-Id: I0819c0cbc1c58e1090ac79f8457bcf308796cd23

Reduce the amount of annoying Retry mutex acquire print

refs #7175

Change-Id: If9505ec6b79aeee38971f523bb6f1909493abd81

Merge "View for used SCL expressions"

View for used SCL expressions

refs #7344

Change-Id: Ic2e902fc9742afce80e1ead764528e8eb35704a6

Polling and pollingfunction fixes

Added primitivevaluevariable and handles polling function issues.

Amend: Removed syserr printline and put stackstace to logger.

refs #7342

Change-Id: Iba326499fe5bc00d6a512fc290420ba735d62642

Layer0Utils.addL0Identifier to prevent possible differentiation of code

refs #7339

Change-Id: Idfe7a61e1baacbeb782317f0cc0688ee5d0c4a9b

Use parent name in JUnit STS test identifiers

Previous implementation groups all tests under
ModelledSTSTestRunner.class.getName() which is not desired with modelled
STS tests

refs #7338

Change-Id: Iead3594ef081fa82071ccc30a9f4a33dcd3d7ceb

Layer0Utils.claimAdaptedValue does not support type adapting

refs #7336

Change-Id: I31cf518661eaf30dd1484bdba812c4c3b0d9db4d

CommonDBUtils possibleRelatedString/Integer were not "possible"

refs #7335

Change-Id: Ia71f156e7c3b047582d5568343d8782003af7025

Fixing Shared libraries property tab to list shared libraries

Due to changes made in #7303 shared libraries were not listed in Shared
libraries property tab

refs #7334

Change-Id: I0c7d33237157005d06ce70ee3968b781ab1207cd

Added two missing features to org.simantics.sdk feature

The two missing features are org.apache.lucene4 and com.lowagie.text
which are included by org.simantics.db.client org.simantics.modeling
features respectively.

refs #7332

Change-Id: I60265627d442ce62720c859b593feb207e679e0b

Added README for target platform definition files

refs #7263

Change-Id: Idc8b8a8d87cc1b38be8cd2b963ba577a2fa30b05

Merge "Ordering of RouteGraphs RouteLines is nondeterministic"

Added DirectorySizeTracker for tracking total size of a directory tree

The implementation is based on the Java 7 NIO WatchService API.

refs #7330

Change-Id: I257649ed1ea88f53f88c45ac3177dce544527ade

Ordering of RouteGraphs RouteLines is nondeterministic

refs #7320

Change-Id: Ibac54bc6d16578e812542360573cb0836db7deab

Fixed URIDocumentRequest to work also without IConsoleSupport.

refs #7329

Change-Id: Ie84d3ae1e2213fe7656c30e573f71bceda3c1b96

Allow external customization fo TG Root type URIs.

The customization happens by writing the type URIs into
TransferableGraphConfiguration2.RootSpec instances which then get
translated into TG Root identity definitions by
ModelTransferableGraphSource.

refs #7328

Change-Id: I3ba23ac39009ecc6486b4ef55ead4d5971e5f130
(manually picked from commit f0546930e05223a2575b37ff9a6de08322542b5c)

(refs #7326) Better handling of exceptions in Java->SCL interface

Change-Id: I31573bc72f48d601c7f92faa491e59594eefdf59

(refs #7325) Fixed incorrect call of write in FilterCRWriter

Change-Id: Ifecf88cd5239301b25a19846fec8fa39f6821857

Fixed org.simantics.data feature to include two missing dependencies

org.simantics.databoard depends on org.apache.commons.collections
[3.2.1,) and gnu.trove3.

refs #7324

Change-Id: Ie06ea17fc92a3df4ce584612a18748307ad7186b

RouteGraphUtils.readConnectionStyle returns default value if necessary

Previously the code would crash with NPE if the ontology/model was not
created to contain STR.HasConnectionType information accordingly. Now it
will just return ExampleConnectionStyle if there is no modelled
information available.

refs #7323

Change-Id: I3d5b5ba6a4e615d7ae120e42aa003c787617b8d0

Print AssertionError to SCLReportingHandler

refs #7319

Change-Id: Idb97cbec59532d8a48db8f5e412a7df036a2c510

Add .gitkeep files to ontology plugins src-folders

refs #7317

Change-Id: Iad353904a36c1832837feb0b0f235e87962bd9d1

More meaningful debug printing to PrettyPrintTG

Also removing commented out code

refs #7276

Change-Id: I1aee2b8424444a7ee0b3a08be31dbc3375b3e21f

Merge "(refs #7316) Improved error locations for invalid field access"

(refs #7316) Improved error locations for invalid field access

Change-Id: Ie901cd59e0cf45ece1c99932d44ac1863da97565

Fixes to SCLLabelRule definitions

refs #7315

Change-Id: I9e1ae08ab39a440c60e5abf3d37edfeb4419e96f

Fixed diagram profile monitor DnD regression.

CTRL+dragging diagram profile monitor values from diagram to Model
Browser chart/subscription nodes now works again. The code now processes
also dragged data that contains an RVI in String format.

refs #7313

Change-Id: I0154414df73ea96c29a8e5aa44881781f5d62675
(cherry picked from commit b9d4701787a7aba852ec02aaef6149b8203344b3)

DocumentRequest performance enhancements (Simupedia)

refs #7303

Change-Id: I719ac5a0c0c1dc02850d5ed140e7234ae280cdf6

Merge "Revert "Default property editing restores assertions""

Revert "Default property editing restores assertions"

This reverts commit c4c152bf639475b85efad1e8bd6ea007c08a9e1f.

Reason: If user has set the value of a property to X, he expects it to stay as X until all eternity instead of the value changing when the assertions in the ontology change.

refs #7302

Change-Id: I5cd33d17413b118f522456b37b27df757f42861b

Merge "Default property editing restores assertions"

Fixing exclude filter bug & adding query cache flushing

refs #7305

Change-Id: I16b48b8d0aa4cb19a1cbc60084d046ec83d20187

Fixing PrettyPrintTG to not concatenate strings in logging

However, creates unnecessary Object[] now..

refs #7276

Change-Id: Icc78a9c39f147f52f5b75ed5b7fcedf200293ea8

Merge "(refs #7307) Added features field to SCL module header"

(refs #7307) Added features field to SCL module header

SCL language features are now enabled in the module header with syntax
module { features = [chr, fields] }
instead of
module { chr, fields }

Change-Id: Ibc533bc246efb29313e66576988913b09839b380

TransferableGraphUtils.getObjects2 for fixing not-found handling

refs #7306

Change-Id: I1d8dfefb51d579b1cb5ca9e15df82c0a8e347619

Lots of fixes for PrettyPrintTG

* Ordering predicates alphanumerically for deterministic ordering
between two databases
* Filtering L0.identifier statements
* Hash-based naming for blanks for ordering output print

Still needs some optimiziations to improve performance lost with these
changes..

refs #7276

Change-Id: I6848b319094863a8c85e4deca91df721b1642ce7

Add inclusion filter to modelled STS tests

refs #7305

Change-Id: Iad8b19ceddaad0c493a2b8a8b5d267ab0abb0a8a

Some minor fixes for pretty printing TG

#7276

Change-Id: I838c99e0151c68e8efc9c54189cc1c94e26f55c2

Default property editing restores assertions

refs #7302

Change-Id: I6e3b189cae025bcea85ae1265b4c80ade2dc9d16

Merge "(refs #7298) Automatic refresh to SCL Console"

(refs #7298) Automatic refresh to SCL Console

Change-Id: I2799a6d1afa3d3e4724c55dda81ef88cc06b975e

Improved PDF diagram export wizard user experience

* Page number addition is now an option in the wizard page
* The diagram selection tree no longer automatically expands itself
  fully when any node is (un)checked. Automatic expansion is only done
  up to the second node level only.
* The diagram filter now works with a 500ms quiet time delay which means
  writing in the filter shouldn't slow down the UI like it used to.
* Initial selection is more properly taken into account when
  initializing the wizard page. The containing model/index root is
  always sought based on the selection and the diagrams contained by the
  selected resource are then initially selected for that model in the
  diagram list.
* The Select/Deselect Visible buttons have been removed and Expand and
  Collapse buttons have been added instead for expanding and collapsing
  the selected tree nodes.
* The Select All and Deselect All buttons now work differently. If any
  filter is applied to the current tree view, only the diagrams shown in
  the tree are selected/deselected when either button is pressed. If no
  filter is applied, all diagrams will be selected/deselected.

refs #7297

Change-Id: I078a80528ba91c337f9921422d08a75c95cad45f

Added URIUtil.encodeFilename2 which encodes only necessary characters.

The new method uses the same '%' URI style encoding as
URIUtil.encodeFilename but encodes only characters that cannot be
present in Windows file names, i.e. the following: <>:"/\|?*

This method can be used to convert arbitrary user-given names to valid
file names in wizards etc.

refs #7301

Change-Id: Ia7e264e5304ff0533376c73f5ae9312e197ccf15

Use proper URI encoding/decoding in fail-safe import

Earlier implementation didn't handle correctly cases where missing
resources had slashes in their names. Also fixed error reporting logic
to not remove error messages from sibling resources with matching
prefix.

refs #7300
Change-Id: Ia3ff0b09e592ff63fbb2872fa9329c3a471ed382

Fixed URI of the root resource in fail-safe import

URIStringUtils.splitURI returns root URI in non-standard format, so fix
it manually as a workaround. Otherwise ExternalEntities cannot be
created under the root resource.

refs #7299
Change-Id: Ie548eebba5c267617cb845df684b025b59c069f5