Async utilities for SCL

* scheduleAtFixedRate
* scheduleWithFixedDelay
* schedule

gitlab #23

Change-Id: I72ab85f4458a17a83fa4de95bc668d8fadac1d50

Allow ExecutorWorker thread pool shutdown

Also made the pool spawn daemon threads to allow shutdown regardless of
whether the pool is shut down or not.

gitlab #29

Change-Id: I680e15407c0fd0586070a212d291efd44dc28f5d

Reinitialize visible diagrams after shared library migration

gitlab #28

Change-Id: Ie3f8f5c90ed98490e2f03f1c955995d30b9a3923

Prefer methods with more parameters when resolving importJava

gitlab #27

Change-Id: Idd6ec1a08f127a503c456cea45f5bda7dbf9703a

HistorySampler.sample(HistorySamplerItem2, ...) now uses mipmapped data

Implemented selection of sampled history data source based on the
seconds/pixel (= timeWindow / maxSamples) ratio provided to the sampler.
This is one way to attempt not sampling too much data for trend views
that cannot inherently handle large amounts of data.

gitlab #9

Change-Id: I8c67068d6e832d33d4ac3adef270d31f1cb0e722

Upper bound to ANTLR version range

gitlab #24

Change-Id: I23967ea9b3e4bc6960f83b6d22bd3f3a80e3b43b

Fix ANTLR package versions

gitlab #24

Change-Id: I9c9cdbe4fe3f27364f7248822942bca75a268525

Removed org.simantics.ltk[.antlr] bundles, exact import for antlr

gitlab #24

Change-Id: I582628d505edcec5565e768a42b984fdb3e096fb

Removed extra debug/timing prints from graph compiler

gitlab #25

Change-Id: Ibeb73046154a53595acd3bb31e51551c4b5c9fe5

Restricted version of imported ANTLR packages, compile with 3.5.2

gitlab #24

Change-Id: Ie5bace3044f290d400a17c2bbe97774429c86ba8

Improvements to Lucene indexing

refs #7750

Change-Id: Ie93ff3058882bc61835d25d72440031c240be494

New implementation of server state based on StandardNodeManager

gitlab #20

Change-Id: I51e56095fb1e76b4c67945eead07d1e9da54eed4

Modernized release engineering instructions.

Worked around Windows FS problems in IndexedRelationsSearcherBase

See https://blogs.msdn.microsoft.com/oldnewthing/20120907-00/?p=6663/

gitlab #19

Change-Id: Ia12c848aa75836597121eadec05061ea23bb1240

Prevent NPE if the path to the module source cannot be found

gitlab #18

Change-Id: Iac92cfae81f8caffa5c8dfba129e3e9868801e82

Fix for empty cancelled write transactions leaving scheduled updates

gitlab #15

Change-Id: I844dab6a59df56f2097a507bcd6b6d3ec75124b1

Bumped master versions to 1.35.0

gitlab #16

Change-Id: Iafe0abeaffca3d15c35c629f7fe2eb4aaac437a5

Use SLF4J Logger in SessionRequestManager.

gitlab #14

Change-Id: Ia79a0fd4b895f02f98c6113cd1ca9fe95104c9d0

Merge "Fixes to thread safety problems in SCL compiler"

Fixes to thread safety problems in SCL compiler

gitlab #12

Change-Id: I0b0aec3bb71138a5033ae2337178c86ff04f5e59

Improvements to SCL HTTP client

Add missing Proc effect to buildClient function. Function to read
content length from response. Function to read headers from response.
Option to add read / write progress callback functions.

gitlab #11

Change-Id: Iaff99e05e35a494b154d7d5b04bd936bb95b0407

Fixed ComponentCopyAdvisor to account for L0.TypeWithIdentifier properly

The previous fix done for the same problem in Simantics redmine issue
7842 and commits
c912edf13bf5a91b2f6dc855f54d8728aa0a64f5,
803c42fd316859809eaeb3dc6a88b22cbf86b4b6 and
0cfc6a9b8b186ba432bc6758c089726b1471fd1f was simply wrong. Using
ModelingUtils.needsIdentifier is the most proper way to fix this.

gitlab #10

Change-Id: Id7cdc32a6596588154913fced742d751ce6ba864
(cherry picked from commit 290c3cfc8bf5a7b2cc6e8532f124512e0bf10517)

Merge "Added another sampling method to HistorySampler"

Added another sampling method to HistorySampler

This intentionally doesn't replace the original history
sampling function since it might be used elsewhere.

gitlab #9

Change-Id: Ie7ea8f37f29a5a277a6678e7716e340884d30e69

GraphList: List interface to linked lists in Simantics database

gitlab #8

Change-Id: I87a1dc12d84c7875db075dec09ad08a60d8e40d1

Merge "Fix column width issues on HiDPI displays. KeyTiSelection fixes."

Fix column width issues on HiDPI displays. KeyTiSelection fixes.

gitlab #7

Change-Id: I03a51472f2e9d38a78e38b92617d0e9f975f6c54

Deprecate duplicate functionality in SimanticsUI

gitlab #4

Change-Id: I0f4482a8c2d482e59d0e1641de65a3936a03f1eb

Filter also history items in resource search dialog

refs #7864

Change-Id: I5d9dac3fc1dd43c21ff4a63d9e7ecab0081c3dcb

Merge "Support for edge widths in rendering"

Support for edge widths in rendering

Change-Id: I079ad59d7997a4a17abaf7835f7d71ce8c006085

Merge "Fixed record constructor resolving from namespaces"

Fixed SCLCompletionProposal.validate to allow complete matches as well

This fixes a case where the SCL module editor stops showing content
proposals once they fully match with the typed word, which is really
annoying.

gitlab #3

Change-Id: I7b1119bff4cb08063a838a441a628a785344220b

Fixed record constructor resolving from namespaces

Change-Id: Ib8b40c416672bcc97ec7ec24c97e1a0df08a8730

Added SCL functions for exporting event log contents to CSV

gitlab #2

Change-Id: I14423646d035e02f0ec6149a87d170ebb3c01bae

New solver for SCL effects inequalities

In particularly, solving of cyclic inequalities.

Change-Id: I5d5734e9f029bf694221db2d7fc994d16d8d607a

New method to Prelude: indexSet

Change-Id: I06affe3386f014ae098c31416503fd941f3c7d36

New SCL syntax <<effects>>

Change-Id: Iec61620d424e583b854a743ccc4ac37dc8e8f56f

Function to read and write bytes from streams

Change-Id: I5aa133cbdda3acaf36ed4cb0d7175a7ec1e8caff

Create HTTP(s) client in SCL with certificate verification disabled

Also fixed buildClient function to actually use the provided
ClientBuilder.

refs #7870

Change-Id: Ie0d7ae420fc3b96df607efacb64a8bc8384ec717

Merge "Some SCL functions to control graphical debugger"

Some SCL functions to control graphical debugger

Possibility to set statement filter and add resources with a function.

refs #7869

Change-Id: Ifb5cc1fb09d3120ea73302d0b1195bc00ec2949e

Test equality of ObjectVariants using Objects.equals

refs #7865

Change-Id: I331d7696662709cdabaa9808d07071b079fc853e

System.currentTimeMillis to "Simantics/Misc" SCL-module

refs #7867

Change-Id: Ib7a26a7e982dca3de316cb203763a0f720a12b84

Better fix for ClusterTable maps going out of sync

ClusterSmall.toBig was not copying importance over to the constructed
ClusterBig causing importanceMap to go out of sync on the first call to
ClusterSmall.toBig.

refs #7724

Change-Id: I6e56b7f94962de3ec243a9d50775e649f930d0d2
(cherry picked from commit 980d21d8a26dddd2e57dbffdc8f320a76aa0973e)

Fixed ClusterTable cluster hash/importance map book-keeping problem

The main problem was that importance values should have been started
from 1 and 0 is considered an invalid importance value. This prevents
ClusterTable.replaceCluster from making mistakes in importanceMap.

refs #7724

Change-Id: Ie15a2d11bef2b8bdbcee2f5baba47633faa97826
(cherry picked from commit f59872e129c2d1b84fe322ae120fbeac22a94f88)

Merge "Refactoring CHR handling code"

Refactoring CHR handling code

refs #7866

Change-Id: If2b2a08c740c93d1a4b01830ab0e6de3c014fbec

Merge "(refs #7866) Better error location for the NPE in compilation"

(refs #7866) Better error location for the NPE in compilation

Change-Id: I3027ac4cd1061edefed6b46ddf1c79773d03caca

Allow changing DisposingPolicy max queue length

Needed to suppor preference-configurability of diagram editor background
disposal.

refs #7863

Change-Id: Ibf9f29dde2c06f5b055bfd42f989368c7573f327
(cherry picked from commit 56a44956cc6cf02ee85b7cfd55c8d3cbfb80a82f)

Use unpack in hdf.hdf5lib

Unpack helps on Linux, since otherwise libhdf5_java.so cannot find
libhdf5.so.101.

refs #7858

Change-Id: I8946d5e30b2b4c8ac98a5555f8869399b516fdca

Upgraded HDF5 library to 1.10.2 and added linux support

Amend by Miro:
Ran patchelf -set-rpath \$ORIGIN libhdf5_java.so and updated README

refs #7858

Change-Id: Ibe6d56443b8d02c4e2896adaed9b76f86e042f6e

Fixes the dpi value in SVGSalamander to 96

If SVG file defining symbol graphics does not contain unit information,
it is converted from points to pixels using a dpi-value. The value is 96
in most cases but in some machines differs from this default. This makes
the symbol graphics scaled compared to originally drawn graphics which
is undesirable.

refs #7860

Change-Id: I1f858ec0703a6f4dba9547fed2aca0438172248b

A utility class for recursive search in cyclic graph

refs #7859

Change-Id: Idba80d0a6a42ab06fa774da1933ffd1d636085f1

Fixing problems in the database unit testing environment with Acorn

* Removed static map from org.simantics.acorn.FileIO.
  Moved the map into a session service as org.simantics.acorn.FileCache
* Changed org.simantics.db.testing.common.Tests utilities to use Acorn
  instead of ProCore (AcornTestHandler). Did not introduce abstraction
  for this for now.

refs #7855

Conflicts:
bundles/org.simantics.acorn/src/org/simantics/acorn/FileIO.java

Change-Id: Iec42395cc71b30a4c376a44778b358e3807e6ec9
(cherry picked from commit 03fac449ec81e88669169d671bb386eb93ac060d)

Finalizing improve startup time for fresh or rollback'd session

Finally fixed the long-sought InputStream reading bug from
TransferableGraphFileReader.InputChannel.read(ByteBuffer).

The ByteFileReader implementation expected the provided
ReadableByteChannel to always provide a full buffer of data unless EOF
was encountered and the InputChannel.read implementation was not taking
care of that.

Also added simpler utilities for reading TG's from files/InputStreams
directly using static TransferableGraphFileReader.read(File/InputStream)
methods.

PlatformUtil.readTG can now finally use TransferableGraphFileReader for
maximal performance.

refs #7835

Change-Id: I170986bf271a409f9205fad808ae029becc1d3a4

Show imports of nonexistent modules as errors

Previously there was a separate error category IMPORT_ERROR for all
import errors that was sorted with WARNINGS. Now IMPORT_ERROR category
is also used for import failures whose reason is compilation problem in
the upstream module (although this is fatal for compilation, the problem
is not located in the current module).

refs #7857

Change-Id: Id9227a69d045b68a3e94c1562eb6d24f70d7aaa1

Streaming serialization of values, debugger for corrupted values

refs #7856

Change-Id: If9d7bdb84c46c3b3626241f9a63e582fe0a15004

Support diagram profile activity store/restore in model export/import

Diagram profile selections are stored in the "profiles" workspace
persistent virtual graph. They cannot be done in the persistent database
because we do not want the profile selections to be part of the database
version/undo history. This just doesn't fit the current way of using
diagram profiles.

The code introduced in this commit needs to be put to use in
product-specific custom export/import logic and copy/paste handlers to
take advantage of it.

refs #7854

Change-Id: Ib996144f1afa376a1563e4309fe41421ee4da529
(cherry picked from commit 95e05b3cc3208ec57118e8167a090c9b90edfaf2)

Use synchronized hash map instead of ConcurrentHashMap in LazyModule

refs #7826

Change-Id: I660f5f3312a7d1db49441f02d55864e36c950d74

Cleaning up some bloat from CompilePGraphs

refs #7852

Change-Id: Ie3cfe8d7873f9c687bffca776054c626cc65497b

Race condition fix caused deadlock, allow parallel recomputation

refs #7826

Change-Id: Ib0515c2ae7d3e6d1474f991965307969a439baf7

Escape the dot in regular expression

refs #7848

Change-Id: Iffbdcdc50150f24e4f6517fd8154a5a47bbf8eb0

Reset SVGNode's data hash on clean up

AnimatedSVGNode assumes that its diagram cache is initialized if data
hash is not null.

refs #7851

Change-Id: Id143816210c7905a772e2c391a32026bf838f8e6

Fail-safe import can now be disabled with a system property

Use the system property -Dorg.simantics.tg.import.failOnMissingEntities@
to disable fail-safe import by settings its value to true.

refs #7850

Change-Id: I2c29d1795ba0c04b16be1798c237651556326bd9
(cherry picked from commit f7c2f46c7c411c5c9dd3323d3cec3a4b8b6a3bbe)

Improved subscription CSV export wizard page initial selection handling

Now it supports chart/chart group/chart item selections as well to
initialize the subscription item selection.

refs #7849

Change-Id: Idbfbd979116b932f0d54958a63b01142401366a6
(cherry picked from commit b6f0f7aa4de4c172a830ef9087749e38185a8edf)

Fixed invalid comparison from AcornBackupProvider.RestoreCopyVisitor

Also removed unnecessary Files.exists checks.

refs #7847

Change-Id: I67d9d5a500824a275f4412ef2ecb7c2860f7f1c7

Removed redundant Files.exists/isDirectory checks

refs #7847

Change-Id: Id2f5936a801ece1828c13e29662c15d61b04abaa

Fixed compilation problems and SWTAWTComponent focus problem with Java9+

refs #7848

Change-Id: If166f7864d05c67f4c58b87018b273a36f085801

Use searchByTypeShallow in ModelingUtils.createMissingGUIDs

refs #7845

Change-Id: Idf9c33687c53a9725821911fce59d9cf7287ce9c

Improved network-drive-resilience in index directory creation

In a product, the removed Files.exists(p) && !Files.isDirectory(p) code
threw an exception because the examined path was not guaranteed to be in
a coherent state at the time of examination but Files.createDirectories
would still take care of throwing any exceptions if there were any
problems in creating the directory.

The worst thing was that this exception was hidden and not even logged.
Luckily a problem case forced the find.

refs #7845

Change-Id: Id44c5118ad97fbb83dcec87f77717185d3e402a1

Prevent NPEs in ViewUtils layout loading code

refs #7843

Change-Id: Ia34be3d08b8a368ed314c56e3af0b4e39aa45cec

Only claim new identifier if instance L0.TypeWithIdentifier

Fixed long-standing bug from CopyComponentAdvisor which added
identifiers for non-STR.Component instances which has started causing
problems in team server products in version comparisons.

refs #7842

Change-Id: Iac3e604993ec579cd8feb443843af944a8fa01f3
(cherry picked from commit c912edf13bf5a91b2f6dc855f54d8728aa0a64f5)

Adding FileSystem and FileSystems to Files SCL-API

refs #7841

Change-Id: I8b2a02b68c29bb5be724def3e0c2d67b2b6c51e6

Improved usability of shared library export wizard

Now allows selection of the exported shared library from the combo box
and does not allow the user to export any model-browser-selected
resource but only shared ontologies.

refs #7130

Change-Id: I19356805e37242967cb3bec7f26bb96689248d89
(cherry picked from commit bd8834c00c213045b3967794f5841f5f33bd809c)

Show instance for SafeDynamic

refs #7839

Change-Id: Ib84dceb46e1d43666b8f089e75c79e52f7bc3390

Ctrl+Shift+G support for finding also expressions from properties

refs #7834

Change-Id: I24ba4188bbe3b2ba412a9e42fc762f21f76aca55

Remove duplicate string/regex functionality from Simantics/Misc

refs #7836

Change-Id: I485f09891cb0bd60f2e3b53209a3aaa47e5f7d24

Allow client-logic in component type interface property name editing

refs #7838

Change-Id: I17cebd2f303b2713444eeba5b4480657e3fba057

Minor fixes for product build information querying

refs #7828

Change-Id: Ibddcc305bce0d4e84f3fc684c80f3f65592374b6

Introduce QueryIndexUtils in favor of bloated ModelingUtils

Usage of ModelingUtils requires dependency for the whole modeling-plugin
which brings in a lot of unwanted stuff for simple query indexing

refs #7837

Change-Id: I1d2c4c7881b21904ad72c101acc12b9d61169994

Include Jaxen in org.simantics.scl.feature to keep JDom2 happy

refs #7833

Change-Id: Ic55cec2e2cd94d49206dc6324974bc798cf6a98b

Merge "Included Jaxen in the platform's external-components"

Included Jaxen in the platform's external-components

JDom2 requires Jaxen in its classpath to perform non-validating XML
parsing and it is not available at the moment in its classpath.

refs #7833

Change-Id: I961370f9c09c10dd61fe49f0147cd32716f010ef

SCL-functionality for build information querying

refs #7828

Change-Id: Ic4b02ce9a205309a7f9a3fd38b0842c6b0597087

Minor updates to Document/All.scl and Prelude.scl

"show" is able to type cast a ByteArray without the additional
specification in Prelude.scl. Show is unable to be used on ByteArrays if
Prelude.scl contains an implementation for it, as "show" cannot
determine which implementation to use: the general, or the ByteArray
specific. Thus, ByteArray has been removed from Prelude.

getTuples returns a list of tuples that can be of any format: they do
not necessarily have to all be the same. As a result, [a] specification
doesn't correctly reflect the data that can be fetched with getTuples,
but [Dynamic] does.

refs #7830
refs #7831

Change-Id: Ib9912e9479838df2c8d32c621936e8fdecef2d7b

Included ANT build file to generate buildinfo.properties

The file contains three properties:
* simantics-platform.branch
* simantics-platform.commit
* simantics-platform.build.id

refs #7828

Merge "Added a function to read the module source text"

Added a function to read the module source text

refs #7811

Change-Id: I62a37e226b1f7b531d69e8446bbff805c67825ec

Removed apparent debugging code from org.simantics.utils.Development

refs #7719

Change-Id: If5e3366a390f7c2cae581d7d0994f85a404a326d

Fixed index changed indicator regression caused by commit 8b8630b9

refs #7785

Change-Id: I4fc56d823f825c65c9fbece81d26d30d0cb9f16d

Fixed various bugs in TG readers

Added primary install-location based relative path resolution to
database baselining logic. Secondary relative baseline resolution logic
still uses working directory.

refs #7825

Change-Id: I154528e674e6d478ea4bdb1de4d38c38d5097fdf

Fixed race condition in getValues/Relations/EntityTypes

refs #7826

Change-Id: I30842b6fe067b58c6916679804f56ed20b821ada

Export org.simantics.modeling.ui.scl package from os.modeling.ui

refs #7823

Change-Id: I299da65fed3a7670ead3fae1b02ea6166124100b

Disable parallel graph.tg/header read, serializer ctor not thread-safe

Having parallel() here caused random platform startup problems and
doesn't account for any major speedup in normal use anyway.

refs #7806

Change-Id: I37b26a3df622d4ad3b2ad744e43e2f08cf0284ff

Added graph.tg hash caching to FixExportedOntology

Moved generic database baselining code to DatabaseBaselines from
SimanticsPlatform and added new utility functions to DataContainers and
cleaned up existing methods therein using resource-try statements.

Also note org.simantics.graph.refactoring.TransferableGraphHasher that
can be used for adding hash values to graph.tg files.

refs #7806

Change-Id: I7f54cfb0db68a8a5602fc2a8d9651cb305a8136d

SingleObjectWithType was broken in the previous change

refs #7803

Change-Id: I4ad3281195144f5f70dd0cc86e2348663d0d1c02

Added a handler for data format sharedLibrary:1

refs #7806

Change-Id: I2994b32318d665aed3f84077da8ce89286e3b3bc

Fixed platform startup ontology update hash checking to work

There was a typo in the Extensions class constant that identified cached
hash value in the DataContainer metadata map compared to the maven graph
builder plug-in.

refs #7806

Change-Id: I21e99108adfa2b1e9307127ffd4be7127f852812