Added more TransferableGraphs.writeTransferableGraph methods

* writeTransferableGraph(RequestProcessor,
                         TransferableGraphSource,
                         File,
                         TGStatusMonitor)
  writes the specified TG source into the specified file as a variant
  (i.e. datatype + data)
* writeTransferableGraphVariant(RequestProcessor,
                                TransferableGraphSource,
                                RandomAccessBinary,
                                TGStatusMonitor)
  writes the specified TG source into the specified output binary file
  as a variant (i.e. datatype + data)

refs #7758

Change-Id: Ia50a1ce9c461681ac10be73674fa0e5e9c22b404

Fixed index query regression in L0.Entity instance queries

L0.Entity queries no longer returned any results after the changes done
in #7415.

refs #7753

Change-Id: I7f24b200b410606f93b5f8be7dd0c50de4fd7097
(cherry picked from commit bd2e11cd11e6f5caca215c7546e870564d2c80d4)

Merge "Query control functions into Simantics/DB"

Query control functions into Simantics/DB

refs #7752

Change-Id: I6de90fddcf5cb3b1834a096c8238f63ea6a7d33a

Fixed org.simantics.modeling.tests to be a normal plug-in

Previously Tycho's pomless build seems to have thought
of it as a test-plugin automatically because of its name.

refs #7422
refs #7712

(cherry picked from commit cd63fe4ecc67014d294685faeb1bd4334b74d658)

Added org.simantics.modeling.tests to org.simantics.sdk.feature

refs #7422
refs #7712

Merge "(refs #7751) Added orElseM"

(refs #7751) Added orElseM

Change-Id: I365c89a1d4ad60b1763854b6d6cd0a3a94e1ab49

Another version of shared ontology import which returns the roots (SCL)

refs #7749

Change-Id: I01079e807e23efa123d3ac025ddc793f663b8017

Merge "Customisable selection padding on diagrams"

Customisable selection padding on diagrams

refs #7747

Change-Id: I884be9b927a35e77ef23167c06eb7b836297002d

(refs #7746) Fixed applications with intermediate effects

Change-Id: Ida2b7c8e96cbfd45361838e69900a7307e69e343

More options for SCL progress monitoring

#7744

Change-Id: I10169845aa780ce6f351ea54fde814d8d2f0eee8

AbstractResponseHandler uses wrong identity

refs #7743

Change-Id: I3faabdf8b096758a5fd67c5229a011601083de49

Fixed yet another fallout bug caused by commit b9b77f42

refs #7742

Change-Id: I2a267c11e5e9a151352d08beab38b604368fbdc1

Fix rollingFileAppender fileNamePattern in logback.xml

refs #7740

Change-Id: Ibcc6f3b19f4d159ee75a42640f000299061ac5c9

Add SubMonitor features to UI/Progress SCL-module

refs #7738

Change-Id: Id65d40a133f443b005f8dbe93c015d6c6150f6ee

Fix opening of SCL-definitions

refs #7733

Change-Id: Iffab8f3330d2b491c6ec29728271c2f1a260d3b4

Fixed leftover problems in unification of *Array and Vector types

The fix was to remove the leftover `Show DoubleArray` instance from
Prelude.

ConstraintEnvironment.reduce now produces better error output in cases
where reduction cannot be completed due to multiple remaining matches.

refs #7734

Change-Id: Id970c1090f5bf951c94e99e645664e86b1adb42d

Fix TG export regression caused by commit b9b77f42

refs #7728

Change-Id: I37bba678fbc756484b8b58514461f68f9b12e5f6

Safely set part name and tooltip in ResourceEditorPart

refs #7737

Change-Id: I5704e9189d18baf449f419026a1876cca3c02870

Getting rid of *Array and replace with Vector * (SCL)

refs #7734

Change-Id: Ibc97edbd65de8363dcd77e141ac518287a07bff2

Adding getBytes for String in SCL

refs #7732

Change-Id: Ic340712ffbbc6944c0b31e2420f6adfacce29eaf

Fix annoying editor focus jumping with Ctrl+Shift+D/M

refs #7733

Change-Id: Ie3fd1bb97b67de77b3a6e82bc5690835caec08e2

Added syncActivateModel function for deterministic SCL script execution

syncActivateModel works directly by invoking the old activeModel
function and then waiting until all related activities are finished by
using the old trusty Simantics/Misc/syncGraph function.

refs #7730

Change-Id: Ib75bc3c33e1dcf6b5c46d61dffdcd106f451730a

Clean up and support internal seed resources in tg export

refs #7728

Change-Id: I95abd44fe4dea1ec639c4b8a328bdbfb0de3d4ae

Fixed SCL Console Clear Console active-state when imports are erroneous

Current imports were set too early in SCLConsoleView which before the
SCLConsoleListener that enables the buttons is registered.

refs #7727

Change-Id: I7cb0645bea5dc48a4ad54f2147c83cb8dfb2f35f

Removed graphviz dependency from org.simantics.browsing.ui.model

refs #7721

Change-Id: Ie4aec36287f8f37d11a75d560180350b283fbad4

Fixing Logger fallout from commit 1dfeb7d5

refs #7719

Change-Id: I1aa2844d7c794d5e162cf1d98d4b73f19dd5ec22

Moved org.simantics.issues.ui.ontology to org.simantics.issues.feature

org.simantics.issues.common depends on org.simantics.issues.ui.ontology
now anyway, and the ontology plug-in, albeit is UI related, does not
have any direct dependency to any UI code anyway.

refs #7720

Change-Id: Ie42682895cb7de1a455f849f2ea481317144b4f7

Add RollingFileAppender to default logback configuration

refs #7719

Change-Id: I2e04f76b3b5ce13f984e796901bf76ac81f8766a

Replace System.err and System.out with SLF4J Logging

refs #7719

Change-Id: Iae42f94b542b17bc2e1aa839f506a6e1a46928ae

Added migration step implementation for changing InstanceOf statements

refs #7717

Change-Id: I0f427b5f222feae9b74d9e2d3d82becb0cda46af

Use transient listener caching for NodePropertyTester requests

refs #7718

Change-Id: I6ccb4ef720c4fe8677c78e58fe7ee273caa7ddae

Added Variable/Resource type information for DnD'd entities to JSON

refs #7715

Change-Id: I238e9b036a9c781ef8910bd5d6125b220e32f41e

Export auditlogging package & fix server address prefix check

refs #7684

Change-Id: I8d6cb285256d9fa909cae7c458b04be4290db54a

Minor NPE fix for auditlogging

refs #7684

Change-Id: I86f892bf133b1965d9631ce82ddf02b78ec88a5a

Updated release engineering instructions

refs #7712

Change-Id: I511149845a69a686832665bcc95ac854ee00bbe4

Bumped master target and org.simantics.sdk versions to 1.33.0

refs #7712

Change-Id: Ifd56d8887366e0988b9b148dfe663fb09904e830

Improved exception message

refs #7422

Change-Id: I5179ed29a7b660f4574101f5358820a860e66c72

Fixed MigrationUtils.importTo root activation to use virtual graph

Also made the activation optional based on the new migration state key
MigrationKeys.ACTIVATE_ROOT_IF_NONE_ACTIVE.

refs #7686

Change-Id: I8b7c5868231c3b258bb1ad7f63fa96ba42390f24

AuditLogging improvements for easier unit testing

refs #7684

Change-Id: I6f4b10d2344b4588582f2558b9fda75f6d20145a

Fixing duplicate entries from SCL search result page

refs #7683

Change-Id: Ie57502323d18be7106f1264688b2a500bc37465d

claimWithInverse & possibleInverseOf function to DB.scl

refs #7709

Change-Id: I2869df644ca01b77212d34ffbf11af85c3da7946

write method to Files.scl

refs #7707

Change-Id: I9c7e249461da388b94d3b12af48f17523cddddf5

CDATA support to Data/XML

#7708

Change-Id: I6a2e9e05b4f79e83a11b4051658832053feadff9

List SCL references in order of reference location in search results

refs #7683

Change-Id: I8842ffad7133a4dddf98e691f741ba8dbe48a95c

Add more Throwable & Exception handling functionality to Prelude

refs #7705

Change-Id: Ie335d3e8f7dacb0da66d0bb1491862fb054c61cb

Added <Proc>-effect for function pmap in Async module

refs #7703

Change-Id: I435c69382b0e7a242c393f8529fd6ca40b4a68ed

Added a new function pmap to Async module

refs #7703

Change-Id: I848203393d115a0c8f9bbbfbf80e47f35f17616d

Fall back to HasName if HasResourceName not available for GraphFile

Also adding watching of externally opened files and writeback for data
changed by the external editor

Now with hashed URI based filename

refs #7699

Change-Id: I2eadb539d599b0e55840e0fd7f141e44004833fc

Merge "Print console messages to IDE by default"

Fixed a bug related to the extent of variable frames (see test case)

refs #7698

Change-Id: I18879f6cffb9f796f673f697711249c962b1e073

Print console messages to IDE by default

#7697

Change-Id: Ibb08764c4d41f17cd7bc084b6d1b99ed2af09bdd

Move scaling of SelectionNodes to upper g-element with transform

refs #7696

Change-Id: Ibc4502c9adad9be6fb71801b042ec8464baac283

Add missing feature requirement from o.s.tests.modelled.ui.feature

refs #7694

Change-Id: I70eaafce289ec07dc77282f239798da4e53d2022

Compilation of SCL expressions from SCL

refs #7695

Change-Id: I053be9e6d4197ad563a31f09e21c6bea89c3e5ed

Generic HTTP REST Client/Server AuditLogging framework

refs #7684

Change-Id: Ia861758f0e23a4bc55edeffd946030fff4e52121

Use listener as listener in TimeoutingRequest

refs #7692

Change-Id: I94aafae16131f3d7a9c688d3861db5b3f56dea1b

Read previous BTree modification count from the graph

Modification count is used when generating unique names for the
resources. We should continue from the previous modification count
whenever creating new BTree object to work on.

refs #7690

Change-Id: I446af8ad22157a1c64c984071ae6c36cae374935

Fix possible NPE in SCLExpressionIssueProvider

refs #7689

Change-Id: If7c4cad3b5ae238d90dd03e1d40f2aec2f597276

nameOfFile into File module

refs #7687

Change-Id: Ieebb374f811c3d9641065fdd3d8e34c631988eb7

Fixing missing eclipse.search references.

refs #7688

Change-Id: I047e913267620c2c3fc59ddd311f87f022b957ee

Disable model activation during model migration

refs #7686

Change-Id: Ide98ff661dba6b863923ebe4ca795bf03d77a2e1

Find SCL references in SCLModuleEditor with Ctrl+Shift+G

Add missing .project-file to org.simantics.scl.ui.feature

refs #7683

Change-Id: I2faf6c39b74a011e841704a6c7ff54aa0fdf9763

Find SCL references in SCLModuleEditor with Ctrl+Shift+G

refs #7683

Change-Id: I553e61518a16f2b711b82f41576e07b3f99df1ba

DB client state gets corrupted

refs #7685

Change-Id: Ic6a8b7f2f9e327c8aba774a86f834d160a9c4c66

First test on Simantics documentation using gitbook

Only few parts transferred and somehow quickly reformatted for now.
Lots of work remaining.

refs #7674

Change-Id: I1cf8b6a3da5ec14064f79d0a0c765899be1d8872

Replace OrientationRestorer TimerTask usage with ScheduledExecutor

Timer can exhaust the system with TimerTask-runnables that are queued up
e.g. during computer hibernate and sleep. According to documentation:

If an execution is delayed for any reason (such as garbage collection or
other background activity), two or more executions will occur in rapid
succession to "catch up." In the long run, the frequency of execution
will be exactly the reciprocal of the specified period

With heavy tasks this is very bad

refs #7682

Change-Id: I5a097c8bc5e1ea2a5abe30905b2a46fa8b8386f8

HTTP/Client SCL module for HTTP requests

Also adding builtin type for Class in SCL

refs #7681

Change-Id: Id794bfce7ff5deb3e13127dfa9107bc31aceef30

Merge "Added MMap.clone"

Added MMap.clone

refs #7680

Change-Id: I4ed5c23709f5f0fc02937deba9af0f58eca3ea5d

Fixed CompilePGraphsAction that gave a NullPointerException

A worker thread with a null displayed tried to compile the pgraph for
ontology definition files. Ensuring that a default display is used in
such cases fixed the issues.

An error message mentioned missing dependencies if the ontology file
containers syntax errors. Thie message now mentioned problems in the
ontology file instead.

refs #7679

Change-Id: Icd483835462ec3cd27c16ca751eaee3d7b3dbdd2

Style support in IListItem

refs #7671

Change-Id: I3d112cfe967b1be1cf25388b828c84426e64ea1d

Added Edit main menu to all Simantics Desktop based applications

refs #7667

Change-Id: Ie4f41081f6eb070031d0f3b56f9cd1418f72e353

Bumped master target and org.simantics.sdk versions to 1.32.0

refs #7422

Change-Id: Ic0f25ca2e4571cbb13a36307017fcf8b57f56ab4

Helper script for doing release train related project branching and tagging.

refs #7396

Fixed regression in IndexedRelationsImpl.replace return value.

The return value was always false which caused index query listeners to
never be fired upon index replace operations. This in turn caused
potentially invalidated query results to be returne for database
clients.

The regression was introduced in commit 702195f3 for release/1.28.0.

refs #7665

Change-Id: I9103f0fd9001ffc42f85633bc6a11d77ed863613

Fixed Map & Set equals implementations in CollectionSupportImpl

refs #7654

Change-Id: I9bb10c8b529b705ad8a34a6793a002296a6bea06

Merge "Use Consumer interface instead of deprecated Callback interface"

Use Consumer interface instead of deprecated Callback interface

Also removed some compilation warnings at the same time.

refs #7655

Change-Id: I8e84652fd50853d598ddec299fc1fc6e30776bc2

Fixed CollectionSupportImpl.ResourceList iteration order

Implemented CollectionSupportImpl.ResourceList#listIterator methods.

Removed use of the deprecated Callback interface in
org.simantics.db.ResourceMap.

refs #7654

Change-Id: I22ee6da55326bf884b24e63eb2d9ed30fc242771

Merge "Potential fix for diagram scene graph screw-up regression"

Potential fix for diagram scene graph screw-up regression

refs #7663

Change-Id: I092889d83fcfd653647e4de38984304461649b3f

Improved scaling of diagrams rendered into selectable SVG. (refs #7593)

Merge of change 1184.

Change-Id: I27ad59665d0be021a1fcd8d68e6d4eca0edc3fda

Removed a clash between two nameOf functions

refs #7662

Change-Id: I49845c132c6c2eb5d9e3ae1c34c9d0349a9f4144

Collect reference hierarchy for SCL values

refs #7662

Change-Id: I4bf296f8c676fdc5c3387d496a898a364ca78a7b

Tested and fixed utility for truncating history data.

HistoryUtil.truncateHistory now actually works as intended. Care must be
taken not to interfere with the history data while it is being
truncated. This must be ensured externally.

A reference counter (AtomicInteger) was also added to ChartData to be
able to see how many users the ChartData has and to wait until it no
longer has any users. This is required to wait until all chart editors
have detached themselves from the history data.

refs #7622

Change-Id: I35863f5258da2cae193b3086500b5514c4699518

SCL Image Rule

refs #7657

Change-Id: I912bb432b45c06c25d242299924495f5cc59ea0f

Use java.util.Consumer instead of os.utils.datastructures.Callback

This removes lots of deprecation warnings from the DB codebase.

refs #7655

Change-Id: Ibdfbac83c69d5af3823a28447256176183ab335a

Merge changes I24f9af64,I97579b86

* changes:
  Fixed File SCL module documentation markdown flaws.
  Simplified diagram connection creation

Fixed File SCL module documentation markdown flaws.

refs #7396

Change-Id: I24f9af64143818b8952ef50dbdf131e9b4ffcfd5

Simplified diagram connection creation

With these changes diagram connections can be created with a single drag
operation when suitable by holding the first (left) mouse button down
until releasing it on top of the end terminal of the connection.

The same sequence also work for branching to/from an existing
connection.

refs #7653

Change-Id: I97579b86220d9ee1eacd9df5a1106524b35bf225

Fixed a bug related to as-pattern in list comprehension.

refs #7642

Change-Id: I7f9b3b45d545e2fe793fcaa93b9d392972f0e53b

More robust Simantics platform shutdown logic.

Added a JVM runtime shutdown hook to ensure that unless the JVM process
is killed forcibly, the JVM should attempt properly shutting down the
Simantics platform, even if the client code that started the platform
fails to do so for any reason.

Also marked both SimanticsPlatform.{startUp,shutdown} synchronized to
prevent concurrent access to either the start-up or shutdown logic.

refs #7650

Change-Id: I8c8022730ed973d80897fb364592881425b0a51f

Improve SCL Files API with parent and path resolving functions

refs #7647

Change-Id: I783fa3029e48c73d93ac6bb320068bd28572da1d

Copy-paste in SCL issues view

refs #7643

Change-Id: I3a417ccaba81e3df9a0dfa796756ebb9362603eb

Merge "ListUtils.create(WriteGraph, Iterable<Resource> elements) DelayedWritegraph fix"

ListUtils.create(WriteGraph, Iterable<Resource> elements)
DelayedWritegraph fix

fixes #7645

Change-Id: I699de77f346528234c7007639b01bcdbd72d4de4

Functions mapFst and mapSnd

refs #7644

Change-Id: Id95dca0a0d48d864c745e65b597fe91a9c92bb83